More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0344 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 166 aa  329  1e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  69.7 
 
 		 169 aa  223  7e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  66.27 
 
 		 171 aa  223  9e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  67.07 
 
 		 167 aa  222  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  64.85 
 
 		 187 aa  218  3e-56  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  68.48 
 
 		 169 aa  214  2.9999999999999998e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  68.48 
 
 		 169 aa  213  7e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  46.63 
 
 		 198 aa  146  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 		 173 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  46.63 
 
 		 173 aa  141  3e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  49.11 
 
 		 201 aa  141  4e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  50.31 
 
 		 200 aa  136  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 176 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  46.01 
 
 		 182 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  45.18 
 
 		 188 aa  134  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  45.91 
 
 		 176 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  43.21 
 
 		 176 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  44.17 
 
 		 185 aa  129  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  44.17 
 
 		 189 aa  125  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  44.17 
 
 		 189 aa  125  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  46.99 
 
 		 204 aa  125  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  46.11 
 
 		 224 aa  125  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  44.91 
 
 		 231 aa  122  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  45.45 
 
 		 176 aa  120  9e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  43.56 
 
 		 221 aa  120  9e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  42.68 
 
 		 212 aa  119  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  42.51 
 
 		 223 aa  116  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  43.9 
 
 		 199 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  42.51 
 
 		 223 aa  115  3e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  42.17 
 
 		 188 aa  109  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  38.36 
 
 		 189 aa  107  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 		 173 aa  107  7.000000000000001e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  39.02 
 
 		 185 aa  107  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 168 aa  106  2e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 		 175 aa  105  2e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  41.1 
 
 		 206 aa  106  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  43.95 
 
 		 173 aa  105  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  38.99 
 
 		 189 aa  105  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  38.99 
 
 		 189 aa  105  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 191 aa  104  4e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  41.18 
 
 		 163 aa  98.2  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  38.41 
 
 		 172 aa  92.4  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  38.56 
 
 		 166 aa  89.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 170 aa  89.4  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  38.18 
 
 		 167 aa  88.6  3e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  33.95 
 
 		 170 aa  89  3e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  38.01 
 
 		 174 aa  87  9e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  39.13 
 
 		 157 aa  87.4  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 		 191 aa  87  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  33.95 
 
 		 170 aa  86.3  2e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  34.38 
 
 		 167 aa  85.9  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  37.43 
 
 		 179 aa  85.5  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  32.08 
 
 		 189 aa  83.2  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  34.39 
 
 		 174 aa  82.4  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  33.96 
 
 		 171 aa  82  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  41.07 
 
 		 169 aa  81.6  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  40.35 
 
 		 172 aa  81.6  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  37.87 
 
 		 172 aa  81.6  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 		 176 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  38.69 
 
 		 170 aa  81.3  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  33.91 
 
 		 180 aa  81.3  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 231 aa  80.9  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  35.4 
 
 		 170 aa  80.5  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  37.85 
 
 		 172 aa  80.1  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  35.03 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  33.97 
 
 		 160 aa  80.1  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 		 175 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  37.14 
 
 		 170 aa  80.1  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 		 176 aa  79.3  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  33.74 
 
 		 168 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 		 175 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  32.94 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  34.83 
 
 		 180 aa  79  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  32.1 
 
 		 179 aa  78.6  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  34.66 
 
 		 169 aa  78.6  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 		 244 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 		 178 aa  79  0.00000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0505  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 		 177 aa  79  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  30.59 
 
 		 172 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  35.33 
 
 		 180 aa  78.2  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 		 180 aa  78.6  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 		 176 aa  78.2  0.00000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 		 175 aa  78.2  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 		 178 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  36.57 
 
 		 171 aa  78.2  0.00000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  33.75 
 
 		 175 aa  77.8  0.00000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  37.28 
 
 		 173 aa  77.8  0.00000000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 		 172 aa  77.8  0.00000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 		 175 aa  77.4  0.00000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  26.44 
 
 		 179 aa  77.4  0.00000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  31.36 
 
 		 173 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 248 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  34.66 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 		 189 aa  76.6  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 		 178 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  27.84 
 
 		 167 aa  76.3  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  27.84 
 
 		 167 aa  76.3  0.0000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>