More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_2485 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  335  1.9999999999999998e-91  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  37.21 
 
 
176 aa  93.2  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  38.6 
 
 
176 aa  87  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  39.26 
 
 
168 aa  87  1e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  35.8 
 
 
220 aa  85.9  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  40.68 
 
 
210 aa  84  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  34.09 
 
 
221 aa  83.2  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 
167 aa  82.4  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  31.74 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  29.24 
 
 
167 aa  77.4  0.00000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  29.24 
 
 
167 aa  77.4  0.00000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  36.13 
 
 
221 aa  77.4  0.00000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  35.15 
 
 
184 aa  77  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
173 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  39.29 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  35.37 
 
 
184 aa  76.3  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 
184 aa  76.3  0.0000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  33.95 
 
 
178 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  24.69 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  24.69 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
178 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
182 aa  75.1  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 
167 aa  75.1  0.0000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
223 aa  74.3  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  33.94 
 
 
184 aa  74.3  0.0000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 
231 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
223 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  34.19 
 
 
189 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  32.72 
 
 
178 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  28.22 
 
 
178 aa  72.8  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 
165 aa  72.8  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  34.15 
 
 
189 aa  72  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  36.97 
 
 
172 aa  72  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 
165 aa  72  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  37.29 
 
 
180 aa  72  0.000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  36.72 
 
 
180 aa  71.6  0.000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
189 aa  71.6  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
189 aa  71.6  0.000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  30.54 
 
 
172 aa  71.2  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 
179 aa  71.2  0.000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
191 aa  70.9  0.000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  33.13 
 
 
169 aa  70.9  0.000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
187 aa  70.5  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 
167 aa  70.1  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  31.14 
 
 
189 aa  69.7  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 
209 aa  69.3  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
166 aa  70.1  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  31.21 
 
 
189 aa  69.3  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  34.1 
 
 
224 aa  68.9  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
199 aa  69.3  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  27.84 
 
 
176 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  38.1 
 
 
170 aa  68.2  0.00000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  34.94 
 
 
176 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 
172 aa  68.2  0.00000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 
190 aa  68.2  0.00000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  27.88 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  27.88 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  26.7 
 
 
179 aa  67.8  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  27.88 
 
 
176 aa  67  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
201 aa  66.6  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
204 aa  66.6  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  32.3 
 
 
212 aa  66.6  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  28.22 
 
 
176 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  32.32 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  25.84 
 
 
179 aa  65.5  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 
179 aa  65.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  27.53 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  31.9 
 
 
178 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 
184 aa  65.5  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  30.54 
 
 
172 aa  65.5  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
182 aa  65.5  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  27.93 
 
 
184 aa  65.5  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 
223 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
171 aa  65.1  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  22.54 
 
 
173 aa  65.1  0.0000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  26.32 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
182 aa  64.7  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  32.34 
 
 
198 aa  64.7  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  31.33 
 
 
169 aa  64.7  0.0000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  26.99 
 
 
168 aa  64.7  0.0000000007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  29.3 
 
 
168 aa  64.3  0.0000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  32.74 
 
 
176 aa  64.3  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  26.44 
 
 
181 aa  64.3  0.0000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  26.47 
 
 
176 aa  64.3  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  29.3 
 
 
168 aa  64.3  0.0000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  36.11 
 
 
152 aa  64.3  0.0000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  25.71 
 
 
177 aa  63.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  27.84 
 
 
171 aa  63.5  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  29.34 
 
 
174 aa  63.2  0.000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
175 aa  63.5  0.000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  27.84 
 
 
171 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>