More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2144 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  353  7.999999999999999e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  56.9 
 
 
210 aa  202  2e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  53.49 
 
 
176 aa  191  7e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  48.21 
 
 
168 aa  153  1e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  40.45 
 
 
182 aa  132  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
182 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  35.09 
 
 
172 aa  104  6e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
171 aa  104  7e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
171 aa  103  9e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
171 aa  103  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
171 aa  103  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
171 aa  103  1e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
171 aa  103  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
171 aa  101  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
171 aa  101  6e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
171 aa  100  8e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
171 aa  96.7  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  40.72 
 
 
170 aa  96.7  1e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  38.6 
 
 
173 aa  92.8  2e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  35.09 
 
 
172 aa  92.8  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  34.88 
 
 
181 aa  91.7  5e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 
172 aa  91.3  6e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  36.84 
 
 
174 aa  91.3  7e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  37.28 
 
 
173 aa  90.5  1e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  35.47 
 
 
176 aa  89.4  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  33.72 
 
 
177 aa  89  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  41.42 
 
 
170 aa  89  3e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  39.88 
 
 
172 aa  89  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  37.28 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  37.28 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  37.28 
 
 
173 aa  88.2  5e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  35.23 
 
 
176 aa  87.8  7e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  34.83 
 
 
217 aa  87.4  9e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  37.13 
 
 
171 aa  87.4  9e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  38.6 
 
 
176 aa  87  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  33.91 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  35.96 
 
 
180 aa  86.7  2e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  35.33 
 
 
172 aa  85.5  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
168 aa  83.2  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  34.83 
 
 
180 aa  82.8  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
182 aa  82.4  0.000000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.11 
 
 
233 aa  80.5  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  35.67 
 
 
185 aa  80.5  0.00000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
167 aa  79.3  0.00000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  33.94 
 
 
179 aa  79.3  0.00000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  37.35 
 
 
171 aa  79.7  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
197 aa  79.3  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  34.68 
 
 
194 aa  79.7  0.00000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  33.75 
 
 
212 aa  78.2  0.00000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  28.16 
 
 
176 aa  78.2  0.00000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  32.77 
 
 
180 aa  78.2  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  33.75 
 
 
174 aa  77.8  0.00000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  27.06 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  33.73 
 
 
169 aa  77.8  0.00000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 
181 aa  76.3  0.0000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  31.95 
 
 
174 aa  75.9  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  31.43 
 
 
181 aa  75.5  0.0000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 
187 aa  75.1  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  35.5 
 
 
184 aa  75.1  0.0000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0365  16S rRNA processing protein RimM  28.31 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000438185  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 
167 aa  74.7  0.0000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  29.31 
 
 
173 aa  73.6  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  30.54 
 
 
179 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  33.96 
 
 
221 aa  72.4  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  26.9 
 
 
180 aa  72.8  0.000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  27.53 
 
 
179 aa  72.4  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  25.29 
 
 
174 aa  72.4  0.000000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  29.14 
 
 
173 aa  72.4  0.000000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  28.88 
 
 
186 aa  72  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  31.79 
 
 
186 aa  71.6  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  32.56 
 
 
170 aa  71.6  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  26.79 
 
 
169 aa  72  0.000000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3855  16S rRNA processing protein RimM  36.19 
 
 
106 aa  71.6  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.46605e-63 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  27.53 
 
 
179 aa  71.2  0.000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  30.91 
 
 
170 aa  70.9  0.000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
167 aa  70.9  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
167 aa  70.9  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  29.34 
 
 
173 aa  70.1  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  29.01 
 
 
177 aa  70.1  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  26.14 
 
 
176 aa  69.7  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  33.96 
 
 
189 aa  69.7  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  31.36 
 
 
170 aa  68.9  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  26.14 
 
 
176 aa  69.3  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  28.34 
 
 
186 aa  69.3  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  28.65 
 
 
184 aa  69.3  0.00000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 
179 aa  68.6  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  68.9  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  68.9  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  31.21 
 
 
175 aa  68.6  0.00000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  30 
 
 
177 aa  68.2  0.00000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  25.88 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 
175 aa  67.8  0.00000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  32.02 
 
 
179 aa  67  0.0000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  33.55 
 
 
189 aa  67.4  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 
176 aa  66.2  0.0000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
177 aa  66.6  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 
177 aa  66.6  0.0000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>