More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_2481 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 197 aa  385  1e-106  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  72.19 
 
 		 181 aa  271  4.0000000000000004e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  49.41 
 
 		 187 aa  158  6e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  49.41 
 
 		 171 aa  157  8e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  51.91 
 
 		 200 aa  156  1e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  45.29 
 
 		 170 aa  144  7.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  45.56 
 
 		 170 aa  141  7e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  43.37 
 
 		 184 aa  140  8e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  45.24 
 
 		 171 aa  139  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  45.18 
 
 		 174 aa  139  3e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  46.11 
 
 		 172 aa  137  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  43.11 
 
 		 167 aa  130  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  45.45 
 
 		 182 aa  129  4.0000000000000003e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  46.9 
 
 		 177 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  43.27 
 
 		 194 aa  128  7.000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  42.22 
 
 		 180 aa  127  9.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  40.86 
 
 		 188 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  42.78 
 
 		 180 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  44.58 
 
 		 181 aa  125  3e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  43.86 
 
 		 184 aa  125  3e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  40.11 
 
 		 179 aa  124  8.000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  40.83 
 
 		 169 aa  123  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  37.56 
 
 		 225 aa  115  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  41.52 
 
 		 173 aa  115  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  39.05 
 
 		 176 aa  115  5e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  38.73 
 
 		 173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  38.73 
 
 		 173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  38.73 
 
 		 173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  39.53 
 
 		 172 aa  111  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  43.1 
 
 		 174 aa  111  7.000000000000001e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  42.77 
 
 		 214 aa  110  9e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  40.74 
 
 		 182 aa  109  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  36.63 
 
 		 172 aa  108  6e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  37.14 
 
 		 199 aa  106  3e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  34.55 
 
 		 210 aa  104  8e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  35.26 
 
 		 173 aa  104  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  38.07 
 
 		 176 aa  101  6e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  38.1 
 
 		 172 aa  101  7e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  39.53 
 
 		 182 aa  100  2e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 		 176 aa  97.4  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  34.71 
 
 		 176 aa  96.7  2e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 179 aa  95.9  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  38.6 
 
 		 172 aa  95.5  4e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 		 176 aa  94.7  8e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  31.9 
 
 		 168 aa  93.2  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 179 aa  93.2  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 		 172 aa  92.8  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 179 aa  92.4  4e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  34.55 
 
 		 204 aa  92  5e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 179 aa  91.3  9e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 		 171 aa  90.9  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  32.32 
 
 		 177 aa  89.4  3e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 		 171 aa  89  4e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  38.6 
 
 		 176 aa  89.4  4e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 171 aa  89  4e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  37.66 
 
 		 167 aa  89  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 		 171 aa  88.6  6e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 		 171 aa  88.6  6e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 		 171 aa  88.6  6e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 		 171 aa  88.6  6e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  31.4 
 
 		 176 aa  87.8  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  32.96 
 
 		 233 aa  87.4  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 		 171 aa  86.3  3e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 		 167 aa  85.9  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  32.57 
 
 		 176 aa  85.9  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 		 171 aa  86.3  3e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  34.62 
 
 		 167 aa  85.1  6e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0967  16S rRNA processing protein RimM  37.25 
 
 		 167 aa  83.6  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000740944  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  29.95 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  35.71 
 
 		 173 aa  82.4  0.000000000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 		 181 aa  81.6  0.000000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 		 173 aa  81.3  0.000000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 		 180 aa  81.3  0.000000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 		 167 aa  80.9  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  29.9 
 
 		 208 aa  80.5  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 		 167 aa  80.9  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  32.72 
 
 		 200 aa  79.7  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  30.67 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  29.45 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  32.4 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  33.15 
 
 		 217 aa  79.3  0.00000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  32.1 
 
 		 170 aa  79  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  32.92 
 
 		 189 aa  78.6  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  32.92 
 
 		 189 aa  78.6  0.00000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  32.39 
 
 		 184 aa  77.8  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 		 191 aa  77.8  0.00000000000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  31.29 
 
 		 188 aa  77.4  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 		 176 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  35.19 
 
 		 179 aa  76.6  0.0000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  30.38 
 
 		 168 aa  76.6  0.0000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  33.77 
 
 		 168 aa  76.6  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  34.78 
 
 		 189 aa  76.6  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  34.94 
 
 		 169 aa  77  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  31.87 
 
 		 185 aa  75.9  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  29.82 
 
 		 177 aa  75.9  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 		 173 aa  75.5  0.0000000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  35.58 
 
 		 180 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  31.12 
 
 		 235 aa  74.3  0.000000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.375973 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>