More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TBFG_12921 on replicon NC_009565
Organism: Mycobacterium tuberculosis F11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
176 aa  340  5e-93  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  67.23 
 
 
173 aa  221  4e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  67.23 
 
 
173 aa  221  4e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  67.23 
 
 
173 aa  221  4e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  66.1 
 
 
173 aa  209  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  64.2 
 
 
172 aa  208  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  55.37 
 
 
173 aa  179  2.9999999999999997e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  50.84 
 
 
174 aa  163  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  52.3 
 
 
171 aa  158  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  48.57 
 
 
170 aa  153  1e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  48.57 
 
 
172 aa  152  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  54.29 
 
 
172 aa  151  4e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  51.41 
 
 
171 aa  151  5e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  48.04 
 
 
180 aa  145  3e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  48.57 
 
 
170 aa  145  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  47.49 
 
 
180 aa  144  7.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  46.55 
 
 
172 aa  144  9e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  42.61 
 
 
176 aa  139  3e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  42.94 
 
 
187 aa  137  7.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  42.53 
 
 
167 aa  134  7.000000000000001e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  42.61 
 
 
169 aa  129  3e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  44.02 
 
 
179 aa  126  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  42.06 
 
 
225 aa  127  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  47.13 
 
 
177 aa  115  3e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  44.38 
 
 
184 aa  111  6e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  41.95 
 
 
181 aa  108  5e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  42.37 
 
 
174 aa  106  2e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  36.36 
 
 
181 aa  99.4  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  40.23 
 
 
200 aa  96.3  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
168 aa  95.5  3e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  34.91 
 
 
176 aa  94.7  6e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  35.23 
 
 
194 aa  94.7  6e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 
172 aa  91.3  6e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  39.56 
 
 
214 aa  91.3  6e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  36.57 
 
 
184 aa  90.5  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
171 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
171 aa  89.4  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
171 aa  89.4  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
171 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
171 aa  89.7  2e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  34.09 
 
 
197 aa  89  3e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  34.02 
 
 
204 aa  88.2  5e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 
171 aa  88.2  5e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  41.14 
 
 
188 aa  87.8  6e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
171 aa  87.8  7e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  38.15 
 
 
182 aa  86.7  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  37.58 
 
 
177 aa  87.4  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  34.3 
 
 
182 aa  87  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
171 aa  86.3  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  38.18 
 
 
189 aa  86.3  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  32.79 
 
 
199 aa  85.5  4e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
171 aa  85.1  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 
169 aa  85.1  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  36.52 
 
 
180 aa  84.7  6e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  29.61 
 
 
174 aa  83.6  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  35.84 
 
 
210 aa  82  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  35.36 
 
 
180 aa  80.5  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  27.84 
 
 
167 aa  80.1  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  26.4 
 
 
179 aa  80.1  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  33.68 
 
 
186 aa  79.3  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  25.84 
 
 
179 aa  79  0.00000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  34.34 
 
 
174 aa  78.6  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  35.39 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  36.16 
 
 
182 aa  78.6  0.00000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  28.32 
 
 
175 aa  78.2  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  32.97 
 
 
233 aa  78.2  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
172 aa  77.4  0.00000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  29.48 
 
 
167 aa  77  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  36.57 
 
 
201 aa  77  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  27.59 
 
 
169 aa  77.4  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  26.74 
 
 
166 aa  77  0.0000000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  33.16 
 
 
186 aa  76.6  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  28.9 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 
181 aa  76.3  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  35.06 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  28 
 
 
176 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  27.53 
 
 
179 aa  75.9  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  27.91 
 
 
188 aa  75.1  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 
179 aa  75.1  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  35.67 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 
166 aa  74.3  0.0000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  32.2 
 
 
176 aa  74.3  0.0000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
167 aa  73.6  0.000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  30.51 
 
 
183 aa  73.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  30.59 
 
 
185 aa  73.6  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  30.51 
 
 
183 aa  73.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  30.51 
 
 
183 aa  73.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
177 aa  73.6  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  30.51 
 
 
183 aa  73.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  30.51 
 
 
183 aa  73.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  27.33 
 
 
166 aa  73.2  0.000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  35.03 
 
 
179 aa  73.2  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  27.1 
 
 
166 aa  73.2  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 
184 aa  73.2  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
166 aa  72.4  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  29.38 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  33.73 
 
 
164 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  29.38 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  29.38 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>