More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PMT9312_1698 on replicon NC_007577
Organism: Prochlorococcus marinus str. MIT 9312



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
179 aa  338  2e-92  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  87.71 
 
 
179 aa  306  6.999999999999999e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  86.03 
 
 
179 aa  301  2.0000000000000002e-81  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  68.16 
 
 
179 aa  243  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  46.37 
 
 
176 aa  162  2.0000000000000002e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  43.58 
 
 
176 aa  155  3e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  43.58 
 
 
176 aa  154  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  41.9 
 
 
181 aa  149  2e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  44.39 
 
 
186 aa  144  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  39.66 
 
 
180 aa  143  1e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  41.48 
 
 
182 aa  142  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  44.39 
 
 
186 aa  142  3e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  41.01 
 
 
180 aa  131  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  38.04 
 
 
233 aa  129  2.0000000000000002e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  39.29 
 
 
177 aa  126  2.0000000000000002e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  37.32 
 
 
208 aa  124  6e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  35.92 
 
 
207 aa  123  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  36.96 
 
 
217 aa  123  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  34.48 
 
 
170 aa  95.9  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  32.02 
 
 
170 aa  93.6  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  30.81 
 
 
171 aa  92.8  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  31.35 
 
 
180 aa  90.5  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  28.96 
 
 
201 aa  89.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  33.33 
 
 
235 aa  89.7  2e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  30.29 
 
 
172 aa  88.6  5e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  32.37 
 
 
171 aa  88.6  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  31.69 
 
 
180 aa  87.8  8e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  31.07 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 
187 aa  86.3  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 
181 aa  85.5  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 
197 aa  85.5  4e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  30.41 
 
 
168 aa  84  0.000000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
173 aa  82.8  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
173 aa  82.8  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
173 aa  82.8  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
167 aa  82.4  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  28.88 
 
 
176 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
172 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  26.16 
 
 
199 aa  80.1  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  29.89 
 
 
179 aa  79.7  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 
167 aa  79.3  0.00000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
167 aa  78.6  0.00000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
174 aa  79  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
167 aa  78.6  0.00000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  28.98 
 
 
176 aa  78.6  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
172 aa  78.2  0.00000000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  29.14 
 
 
169 aa  77.4  0.00000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  26.44 
 
 
166 aa  77.4  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  24.04 
 
 
169 aa  77.4  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  25.28 
 
 
188 aa  77.4  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  29.48 
 
 
168 aa  77  0.0000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  26.82 
 
 
179 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  28.41 
 
 
176 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  26.01 
 
 
176 aa  76.6  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
167 aa  76.3  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  27.91 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  28.81 
 
 
173 aa  75.1  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  28.82 
 
 
200 aa  75.5  0.0000000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  26.86 
 
 
174 aa  74.7  0.0000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  30.11 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 
178 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 
178 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  23.43 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  27.27 
 
 
188 aa  73.6  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43626  predicted protein  30.26 
 
 
341 aa  73.2  0.000000000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00000259713  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  28.96 
 
 
177 aa  73.2  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 
178 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  23.86 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 
185 aa  72.8  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 
199 aa  72  0.000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 
172 aa  72  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
178 aa  72.4  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  27.53 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  29.05 
 
 
176 aa  72  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
175 aa  71.6  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  31.64 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
176 aa  72  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
176 aa  72  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
176 aa  72  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  28.98 
 
 
176 aa  72  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
169 aa  71.6  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  26.55 
 
 
169 aa  71.6  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  28.42 
 
 
181 aa  71.6  0.000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  25.88 
 
 
168 aa  71.6  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  27.33 
 
 
181 aa  71.2  0.000000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  30.99 
 
 
173 aa  71.2  0.000000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  25.9 
 
 
164 aa  71.2  0.000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  27.59 
 
 
184 aa  70.9  0.000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  27.87 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 
171 aa  70.9  0.000000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  35.23 
 
 
172 aa  70.9  0.000000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 
171 aa  70.9  0.000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 
171 aa  70.9  0.000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 
171 aa  70.9  0.000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  27.32 
 
 
183 aa  70.5  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  27.87 
 
 
183 aa  70.9  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>