More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cyan8802_4117 on replicon NC_013161
Organism: Cyanothece sp. PCC 8802



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
186 aa  375  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  99.46 
 
 
186 aa  372  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  56.86 
 
 
207 aa  223  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  55.98 
 
 
217 aa  211  2.9999999999999995e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  56.52 
 
 
233 aa  209  2e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  56.67 
 
 
182 aa  199  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  51.22 
 
 
208 aa  193  1e-48  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  52.25 
 
 
180 aa  178  4e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  45.95 
 
 
176 aa  172  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  45.95 
 
 
176 aa  172  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  47.57 
 
 
181 aa  171  5e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  48.15 
 
 
176 aa  171  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  44.79 
 
 
180 aa  157  1e-37  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  46.75 
 
 
177 aa  157  1e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  44.39 
 
 
179 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  42.25 
 
 
179 aa  143  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  42.78 
 
 
179 aa  142  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  43.65 
 
 
179 aa  138  6e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  37.5 
 
 
235 aa  105  3e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 
173 aa  94.7  7e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  35.56 
 
 
171 aa  89.4  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  38.12 
 
 
170 aa  88.2  6e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  35.96 
 
 
172 aa  88.2  7e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  32.39 
 
 
179 aa  87.8  9e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  34.81 
 
 
176 aa  87.4  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  36.07 
 
 
173 aa  84.7  7e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  32.79 
 
 
210 aa  84.7  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  36.07 
 
 
173 aa  84.7  7e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  36.07 
 
 
173 aa  84.7  7e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  34.27 
 
 
171 aa  84  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.87 
 
 
172 aa  83.6  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  29.28 
 
 
174 aa  82.8  0.000000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
173 aa  82.8  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  36.46 
 
 
170 aa  82.4  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  29.73 
 
 
202 aa  81.3  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  34.25 
 
 
176 aa  80.9  0.000000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  34.25 
 
 
187 aa  80.9  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43626  predicted protein  32.49 
 
 
341 aa  79.3  0.00000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.00000259713  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  30.22 
 
 
173 aa  77  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  30.22 
 
 
181 aa  77  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  29.67 
 
 
167 aa  77  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  33.7 
 
 
199 aa  77.4  0.0000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
184 aa  76.6  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 
199 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  33.52 
 
 
200 aa  76.6  0.0000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 
172 aa  76.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  32.79 
 
 
170 aa  77  0.0000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  34.25 
 
 
169 aa  75.9  0.0000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  35.36 
 
 
173 aa  75.5  0.0000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  27.51 
 
 
213 aa  75.5  0.0000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  33.92 
 
 
172 aa  75.1  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  31.28 
 
 
167 aa  74.7  0.0000000000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  32.79 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  30.98 
 
 
176 aa  73.2  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  28.04 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  27.37 
 
 
169 aa  73.2  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 
187 aa  73.2  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
189 aa  73.6  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  29.44 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  27.59 
 
 
177 aa  73.2  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  30.39 
 
 
176 aa  72.8  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  28.96 
 
 
170 aa  72.8  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  30.17 
 
 
172 aa  72  0.000000000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  32.22 
 
 
174 aa  72  0.000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  29.73 
 
 
179 aa  72.4  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  28.88 
 
 
176 aa  72  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 
187 aa  72  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
175 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  31.82 
 
 
166 aa  71.2  0.000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1301  16S rRNA processing protein RimM  28.24 
 
 
162 aa  70.9  0.000000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0244939  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
200 aa  70.9  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 
182 aa  70.9  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 
184 aa  70.9  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  29.05 
 
 
169 aa  70.9  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  32.02 
 
 
188 aa  70.5  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 
181 aa  70.1  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2874  16S rRNA processing protein RimM  31.72 
 
 
209 aa  70.5  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  26.97 
 
 
166 aa  70.1  0.00000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  31.32 
 
 
191 aa  69.7  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  35.47 
 
 
175 aa  70.1  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.24 
 
 
189 aa  69.3  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  30.48 
 
 
201 aa  69.3  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  28.25 
 
 
174 aa  69.3  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  32.54 
 
 
175 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  31.49 
 
 
182 aa  68.9  0.00000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  31.28 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  27.22 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  32 
 
 
182 aa  67.8  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  27.22 
 
 
171 aa  67.8  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  33.15 
 
 
181 aa  67.8  0.00000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  26.52 
 
 
170 aa  67.8  0.00000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  31.75 
 
 
180 aa  67.8  0.00000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  29.14 
 
 
182 aa  67.8  0.00000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  29.61 
 
 
172 aa  67.8  0.00000000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  31.15 
 
 
231 aa  67.8  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 
193 aa  67  0.0000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  29.57 
 
 
244 aa  67  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  27.93 
 
 
169 aa  67  0.0000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  29.14 
 
 
182 aa  67.8  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>