299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_11060 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 182 aa  351  4e-96  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  50 
 
 		 171 aa  132  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  47.5 
 
 		 181 aa  131  5e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  49.39 
 
 		 170 aa  130  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  47.53 
 
 		 174 aa  129  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  44.85 
 
 		 181 aa  129  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  42.68 
 
 		 187 aa  124  8.000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  44.51 
 
 		 171 aa  123  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  44.31 
 
 		 170 aa  121  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  44.24 
 
 		 167 aa  120  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  44.85 
 
 		 197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 		 180 aa  116  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  43.58 
 
 		 180 aa  115  5e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  42.01 
 
 		 172 aa  114  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  40.12 
 
 		 184 aa  113  1.0000000000000001e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  44.12 
 
 		 194 aa  111  5e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  45.68 
 
 		 182 aa  110  9e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  41.62 
 
 		 184 aa  107  8.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  40.85 
 
 		 169 aa  107  9.000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  43.43 
 
 		 200 aa  106  2e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  43.98 
 
 		 188 aa  104  5e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  41.28 
 
 		 179 aa  104  7e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  42.5 
 
 		 214 aa  103  2e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  34.71 
 
 		 182 aa  100  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  38.1 
 
 		 172 aa  99.4  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  40.46 
 
 		 176 aa  97.8  8e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  38.83 
 
 		 204 aa  94.7  7e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  34.5 
 
 		 173 aa  92  4e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  41.5 
 
 		 177 aa  92  4e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 		 172 aa  90.5  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  38.76 
 
 		 199 aa  89.4  2e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  33.96 
 
 		 225 aa  89.7  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  36.2 
 
 		 212 aa  86.3  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 		 210 aa  86.3  2e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 171 aa  85.9  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 171 aa  85.5  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 171 aa  85.5  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 171 aa  85.5  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  35.8 
 
 		 182 aa  85.5  4e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 171 aa  85.5  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  37.79 
 
 		 174 aa  85.5  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 		 189 aa  84.7  6e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 		 189 aa  84.7  6e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  37.72 
 
 		 173 aa  84.3  8e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 171 aa  84.3  9e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  34.05 
 
 		 179 aa  84  0.000000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  38.46 
 
 		 172 aa  83.6  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  30.81 
 
 		 171 aa  84  0.000000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 171 aa  84  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  34.78 
 
 		 177 aa  84  0.000000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  29.82 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 		 176 aa  82.4  0.000000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 		 167 aa  82  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  34.55 
 
 		 176 aa  82  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 		 167 aa  82  0.000000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  34.71 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 		 182 aa  81.3  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 		 172 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  34.34 
 
 		 176 aa  80.9  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  34.13 
 
 		 172 aa  80.1  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 		 171 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 		 173 aa  79.3  0.00000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 		 173 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 		 173 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  34.91 
 
 		 173 aa  77.4  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 		 189 aa  76.6  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  32.1 
 
 		 198 aa  75.9  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 		 168 aa  74.3  0.0000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 		 173 aa  73.6  0.000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  33.7 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 204 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 176 aa  73.2  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  33.95 
 
 		 189 aa  72.4  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  34.78 
 
 		 173 aa  72.8  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  32.52 
 
 		 168 aa  72  0.000000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  34.1 
 
 		 180 aa  72  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 		 189 aa  71.2  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  31.46 
 
 		 199 aa  71.2  0.000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 		 167 aa  70.5  0.00000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 		 176 aa  70.5  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  27.81 
 
 		 174 aa  69.7  0.00000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  31.61 
 
 		 184 aa  69.7  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  28.99 
 
 		 174 aa  69.7  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  32.52 
 
 		 185 aa  69.3  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 		 186 aa  68.9  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 		 169 aa  68.9  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 		 176 aa  69.3  0.00000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  27.38 
 
 		 166 aa  68.9  0.00000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  34.86 
 
 		 223 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  34.1 
 
 		 181 aa  68.6  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  34.16 
 
 		 176 aa  67.8  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  27.17 
 
 		 184 aa  68.2  0.00000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 		 184 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  31.49 
 
 		 186 aa  67  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  35.14 
 
 		 168 aa  66.6  0.0000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  34.5 
 
 		 235 aa  66.6  0.0000000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 		 184 aa  66.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>