More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mkms_2013 on replicon NC_008705
Organism: Mycobacterium sp. KMS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
173 aa  327  6e-89  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
173 aa  327  6e-89  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
173 aa  327  6e-89  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  76.16 
 
 
172 aa  254  5e-67  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  76.3 
 
 
173 aa  252  2.0000000000000002e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  64.16 
 
 
173 aa  221  6e-57  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  67.23 
 
 
176 aa  208  3e-53  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  59.06 
 
 
172 aa  178  2.9999999999999997e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  53.71 
 
 
174 aa  174  8e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  55.81 
 
 
170 aa  169  2e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  55.62 
 
 
172 aa  168  4e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  53.22 
 
 
172 aa  167  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  52.02 
 
 
171 aa  156  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  51.46 
 
 
171 aa  152  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  51.16 
 
 
170 aa  151  5e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  46.55 
 
 
187 aa  148  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  47.06 
 
 
167 aa  145  4.0000000000000006e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  48.6 
 
 
180 aa  144  4.0000000000000006e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  48.6 
 
 
180 aa  141  5e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  48.26 
 
 
169 aa  140  6e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  54.97 
 
 
177 aa  140  9.999999999999999e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  44.12 
 
 
176 aa  131  6e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  45.35 
 
 
184 aa  128  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  47.06 
 
 
174 aa  127  7.000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  39.72 
 
 
225 aa  125  3e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 
179 aa  123  1e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  47.06 
 
 
181 aa  123  1e-27  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  40.12 
 
 
194 aa  117  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  38.95 
 
 
181 aa  112  3e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 
197 aa  103  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  40.46 
 
 
184 aa  100  1e-20  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  42.11 
 
 
188 aa  96.3  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  39.64 
 
 
182 aa  96.3  2e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  34.08 
 
 
199 aa  93.6  1e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  38.82 
 
 
214 aa  93.2  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 
171 aa  92.8  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  36.9 
 
 
182 aa  92  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
171 aa  91.3  6e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  39.39 
 
 
189 aa  91.3  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  41.14 
 
 
200 aa  90.5  9e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  36.21 
 
 
180 aa  90.5  1e-17  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  33.68 
 
 
204 aa  89.7  2e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
171 aa  89.4  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  30.95 
 
 
169 aa  89.7  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  39.53 
 
 
210 aa  89.4  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
172 aa  89.7  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
171 aa  88.6  4e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  37.28 
 
 
176 aa  88.2  5e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
171 aa  88.2  6e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
168 aa  87.4  9e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  38.82 
 
 
169 aa  87  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
181 aa  87  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  34.3 
 
 
182 aa  86.3  2e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  39.31 
 
 
201 aa  86.3  2e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 
169 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  30.36 
 
 
166 aa  85.5  3e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
167 aa  84.7  6e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  36.07 
 
 
186 aa  84.7  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 
176 aa  84.3  7e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  34.86 
 
 
180 aa  83.6  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 
183 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 
183 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
176 aa  83.2  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
179 aa  82.8  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 
183 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 
183 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  34.34 
 
 
176 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  35.47 
 
 
182 aa  83.2  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  31.79 
 
 
183 aa  83.2  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 
185 aa  82.8  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  30.64 
 
 
182 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  30.64 
 
 
182 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  30.64 
 
 
182 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
182 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
183 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
182 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
183 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
182 aa  81.6  0.000000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
182 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  35.52 
 
 
186 aa  81.6  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  36 
 
 
178 aa  81.3  0.000000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  38.82 
 
 
182 aa  80.9  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  30.99 
 
 
176 aa  80.9  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
198 aa  80.1  0.00000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  35.76 
 
 
163 aa  80.1  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 
169 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 
168 aa  79.7  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  36.02 
 
 
177 aa  79  0.00000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  37.11 
 
 
221 aa  78.2  0.00000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  33.73 
 
 
176 aa  78.2  0.00000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  32.72 
 
 
174 aa  78.2  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  32.08 
 
 
212 aa  78.2  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  35.15 
 
 
176 aa  78.2  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  26.01 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
204 aa  77.8  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>