More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tfu_0664 on replicon NC_007333
Organism: Thermobifida fusca YX



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
170 aa  325  2.0000000000000001e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  69.64 
 
 
171 aa  230  6e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  66.27 
 
 
172 aa  218  3.9999999999999997e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  66.27 
 
 
170 aa  216  8.999999999999998e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  64.07 
 
 
171 aa  203  9e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  52.94 
 
 
172 aa  167  7e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  52.66 
 
 
187 aa  166  1e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  53.63 
 
 
180 aa  166  2e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  53.63 
 
 
180 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  55.75 
 
 
174 aa  164  4e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  52.05 
 
 
173 aa  160  6e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  50.86 
 
 
179 aa  160  1e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  53.29 
 
 
181 aa  157  5e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  51.74 
 
 
172 aa  157  8e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  52.69 
 
 
167 aa  156  1e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  50.89 
 
 
169 aa  157  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  52.91 
 
 
173 aa  154  7e-37  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  46.78 
 
 
181 aa  152  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  50.89 
 
 
176 aa  152  2.9999999999999998e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  51.16 
 
 
173 aa  151  4e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  51.16 
 
 
173 aa  151  4e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  56.02 
 
 
177 aa  151  4e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  51.16 
 
 
173 aa  151  4e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  50.9 
 
 
184 aa  147  7e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  53.89 
 
 
174 aa  145  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  44.13 
 
 
225 aa  144  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  47.67 
 
 
184 aa  141  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  53.22 
 
 
172 aa  139  9.999999999999999e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  52.38 
 
 
188 aa  139  3e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  53.29 
 
 
214 aa  138  3.9999999999999997e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  45.29 
 
 
197 aa  134  5e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  48.57 
 
 
176 aa  130  6e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  49.39 
 
 
182 aa  130  9e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  47.02 
 
 
194 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  49.09 
 
 
182 aa  123  1e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  45.29 
 
 
200 aa  114  5e-25  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  35.06 
 
 
179 aa  102  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 
199 aa  100  7e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
172 aa  100  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  38.55 
 
 
171 aa  98.2  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  38.55 
 
 
171 aa  97.8  6e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  38.55 
 
 
171 aa  97.8  6e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  38.55 
 
 
171 aa  97.8  6e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  41.67 
 
 
210 aa  97.8  6e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  38.55 
 
 
171 aa  97.8  6e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  41.71 
 
 
169 aa  97.4  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  38.82 
 
 
172 aa  96.7  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
167 aa  95.9  3e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  34.48 
 
 
179 aa  95.9  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  41.14 
 
 
169 aa  95.9  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 
176 aa  95.5  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  37.95 
 
 
171 aa  95.1  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
171 aa  95.1  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  38.01 
 
 
182 aa  94.7  5e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 
171 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 
171 aa  92.8  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  33.91 
 
 
179 aa  92.4  3e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  37.43 
 
 
204 aa  92  3e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  34.32 
 
 
182 aa  92  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  36.2 
 
 
185 aa  91.3  6e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  34.48 
 
 
179 aa  90.9  8e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 
171 aa  90.1  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  36.81 
 
 
168 aa  89  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  41.42 
 
 
176 aa  89  3e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  36.02 
 
 
198 aa  88.2  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  38.12 
 
 
186 aa  88.2  5e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  36.87 
 
 
233 aa  88.2  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
182 aa  87.8  6e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  38.24 
 
 
185 aa  87.8  6e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  37.65 
 
 
176 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 
181 aa  85.9  2e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
176 aa  86.3  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  37.93 
 
 
182 aa  85.9  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
176 aa  85.5  3e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  39.76 
 
 
169 aa  85.5  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  37.57 
 
 
186 aa  85.1  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  37.42 
 
 
199 aa  85.1  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  37.14 
 
 
179 aa  84.3  6e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  38.24 
 
 
201 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
182 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 
217 aa  84  0.000000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  39.63 
 
 
167 aa  84  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  34.59 
 
 
174 aa  82.8  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  37.66 
 
 
212 aa  83.2  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  31.18 
 
 
182 aa  82  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  35.29 
 
 
179 aa  82  0.000000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 
176 aa  82  0.000000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 
169 aa  82  0.000000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  29.09 
 
 
166 aa  81.3  0.000000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 
187 aa  81.6  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  38.69 
 
 
166 aa  81.3  0.000000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  36.31 
 
 
188 aa  81.3  0.000000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  35.4 
 
 
176 aa  80.9  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  38.54 
 
 
235 aa  81.3  0.000000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
223 aa  80.9  0.000000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  30.46 
 
 
169 aa  80.9  0.000000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
223 aa  80.5  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  34.62 
 
 
191 aa  80.1  0.00000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
169 aa  80.5  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  30.06 
 
 
176 aa  79.3  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>