More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_0226 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 170 aa  319  9.999999999999999e-87  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  73.21 
 
 		 171 aa  231  3e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  74.7 
 
 		 172 aa  231  3e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  66.27 
 
 		 170 aa  216  8.999999999999998e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  67.66 
 
 		 171 aa  211  4.9999999999999996e-54  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  59.3 
 
 		 172 aa  185  2e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  59.17 
 
 		 169 aa  180  7e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  57.4 
 
 		 187 aa  179  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  57.31 
 
 		 173 aa  177  5.999999999999999e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  58.08 
 
 		 167 aa  176  1e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  55.31 
 
 		 180 aa  174  7e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  57.06 
 
 		 172 aa  173  9.999999999999999e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  56.4 
 
 		 173 aa  171  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  55.81 
 
 		 173 aa  169  2e-41  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  55.81 
 
 		 173 aa  169  2e-41  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  54.75 
 
 		 180 aa  169  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  55.81 
 
 		 173 aa  169  2e-41  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  58.08 
 
 		 174 aa  158  3e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  53.25 
 
 		 176 aa  158  4e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  54.02 
 
 		 174 aa  156  1e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  52.69 
 
 		 181 aa  153  1e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  56.63 
 
 		 177 aa  148  3e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  46.15 
 
 		 181 aa  142  2e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  50.29 
 
 		 179 aa  142  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  48.57 
 
 		 176 aa  141  4e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  44.6 
 
 		 225 aa  138  4.999999999999999e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  49.42 
 
 		 184 aa  137  4.999999999999999e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  54.49 
 
 		 214 aa  137  8.999999999999999e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  52.6 
 
 		 172 aa  136  1e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  51.79 
 
 		 188 aa  131  3e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  44.97 
 
 		 197 aa  129  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  44.91 
 
 		 184 aa  125  2.0000000000000002e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  47.88 
 
 		 182 aa  124  8.000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  44.31 
 
 		 182 aa  121  5e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  46.15 
 
 		 194 aa  120  6e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  40.34 
 
 		 199 aa  112  3e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  40.94 
 
 		 182 aa  108  5e-23  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  38.51 
 
 		 198 aa  100  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  41.76 
 
 		 210 aa  99.8  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 		 176 aa  99.4  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 		 172 aa  99.4  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  43.6 
 
 		 200 aa  98.6  4e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  39.75 
 
 		 176 aa  97.4  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  40.72 
 
 		 176 aa  96.7  1e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  40.74 
 
 		 173 aa  96.7  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  34.32 
 
 		 171 aa  97.1  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  38.82 
 
 		 181 aa  95.9  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 		 171 aa  94.7  6e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  37.04 
 
 		 176 aa  94.4  7e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 		 180 aa  93.6  1e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 171 aa  93.2  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  32.02 
 
 		 179 aa  93.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  32.53 
 
 		 171 aa  93.6  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 		 179 aa  94  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 171 aa  93.2  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 171 aa  93.2  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 171 aa  93.2  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 		 168 aa  93.2  2e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 		 171 aa  93.2  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  30.34 
 
 		 179 aa  92.8  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 		 172 aa  92.4  3e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  38.89 
 
 		 173 aa  90.9  7e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  36.53 
 
 		 176 aa  90.5  9e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  36.97 
 
 		 179 aa  90.5  9e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  36.02 
 
 		 176 aa  90.5  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  35.29 
 
 		 204 aa  90.5  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 		 167 aa  89.4  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  32.75 
 
 		 167 aa  89.4  2e-17  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  89.7  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  39.53 
 
 		 179 aa  89.4  2e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  34.55 
 
 		 168 aa  88.6  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  40.49 
 
 		 167 aa  89  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 		 171 aa  88.2  5e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  35.8 
 
 		 182 aa  87.4  8e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  36.84 
 
 		 191 aa  87.4  9e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  38.79 
 
 		 199 aa  87  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  37.82 
 
 		 189 aa  87  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 		 176 aa  87  1e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 		 170 aa  86.7  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  36.36 
 
 		 187 aa  86.7  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  37.82 
 
 		 189 aa  87  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  39.76 
 
 		 169 aa  87  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  31.93 
 
 		 182 aa  86.3  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  38.79 
 
 		 204 aa  86.3  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 		 176 aa  86.3  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  38.61 
 
 		 177 aa  85.9  2e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  34.48 
 
 		 176 aa  86.3  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  30.77 
 
 		 176 aa  85.5  3e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  29.21 
 
 		 179 aa  85.5  3e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  35.9 
 
 		 189 aa  84.7  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  39.43 
 
 		 169 aa  84.3  7e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  38.86 
 
 		 169 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  36.59 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 		 174 aa  83.6  0.000000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  39.74 
 
 		 221 aa  82.8  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  36.46 
 
 		 186 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 		 177 aa  83.2  0.000000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  35.84 
 
 		 191 aa  82  0.000000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  37.5 
 
 		 188 aa  82  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  36.69 
 
 		 189 aa  81.6  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>