More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3257 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
184 aa  356  9.999999999999999e-98  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  56 
 
 
180 aa  171  5.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  55.43 
 
 
180 aa  168  3e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  52.57 
 
 
172 aa  160  9e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  52.6 
 
 
171 aa  157  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  51.74 
 
 
172 aa  153  1e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  45.98 
 
 
187 aa  151  5.9999999999999996e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  47.67 
 
 
169 aa  150  8.999999999999999e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  47.67 
 
 
170 aa  149  2e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  49.17 
 
 
174 aa  149  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  52.1 
 
 
167 aa  146  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  48.65 
 
 
194 aa  145  3e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  49.42 
 
 
170 aa  143  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  48 
 
 
173 aa  142  3e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  53.55 
 
 
177 aa  140  7e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  48.3 
 
 
171 aa  140  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  47.13 
 
 
176 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  46.82 
 
 
173 aa  137  1e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  45.61 
 
 
181 aa  137  1e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  48.07 
 
 
179 aa  135  4e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  48.12 
 
 
173 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  48.12 
 
 
173 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  48.12 
 
 
173 aa  135  5e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  44.19 
 
 
172 aa  133  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  47.43 
 
 
174 aa  128  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  45.51 
 
 
172 aa  125  2.0000000000000002e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  47.65 
 
 
181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  43.26 
 
 
197 aa  124  6e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  46.15 
 
 
200 aa  119  3e-26  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  48.24 
 
 
214 aa  118  3.9999999999999996e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  47.31 
 
 
188 aa  114  7.999999999999999e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  38.39 
 
 
225 aa  112  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  43.35 
 
 
182 aa  112  3e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  45.35 
 
 
182 aa  110  9e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  45.68 
 
 
176 aa  108  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  39.88 
 
 
184 aa  107  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  38.69 
 
 
177 aa  100  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  40.35 
 
 
185 aa  98.2  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  38.37 
 
 
210 aa  96.3  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  36.96 
 
 
199 aa  94.7  6e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  38.41 
 
 
198 aa  95.1  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 
191 aa  93.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  32.18 
 
 
172 aa  93.2  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 
171 aa  92.8  3e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 
171 aa  91.3  7e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 
171 aa  91.3  7e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 
171 aa  91.3  7e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 
171 aa  91.3  7e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 
171 aa  91.3  7e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 
171 aa  90.9  8e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  36.36 
 
 
176 aa  89.7  2e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  39.02 
 
 
176 aa  89  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
171 aa  88.6  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
171 aa  88.6  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 
171 aa  87.4  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  37.65 
 
 
176 aa  87  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 
176 aa  86.3  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  38.1 
 
 
231 aa  85.9  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
173 aa  85.5  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  29.48 
 
 
169 aa  85.1  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  35.82 
 
 
204 aa  84.7  6e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
172 aa  84.7  8e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  30.23 
 
 
166 aa  84.3  9e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
176 aa  83.6  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  38.85 
 
 
163 aa  84.3  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 
204 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  34.13 
 
 
187 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
169 aa  83.2  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 
176 aa  82.8  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  35.5 
 
 
184 aa  82.8  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  35.98 
 
 
176 aa  82  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 
167 aa  81.6  0.000000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  30.18 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
168 aa  80.5  0.00000000000001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  39.74 
 
 
177 aa  80.9  0.00000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  35.16 
 
 
182 aa  80.5  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  35.76 
 
 
182 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  32.16 
 
 
170 aa  80.5  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  36.05 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  34.52 
 
 
172 aa  79.7  0.00000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  25.29 
 
 
167 aa  79  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
176 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  25.29 
 
 
167 aa  79  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 
168 aa  79  0.00000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 
223 aa  79  0.00000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  36.47 
 
 
223 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  35.12 
 
 
199 aa  78.2  0.00000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  36.14 
 
 
189 aa  78.2  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  33.75 
 
 
170 aa  77.8  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  33.91 
 
 
174 aa  77  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  36.63 
 
 
167 aa  77.4  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  34.29 
 
 
191 aa  77.4  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  36.05 
 
 
224 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  35.09 
 
 
189 aa  76.3  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  28.33 
 
 
182 aa  75.9  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  31.79 
 
 
182 aa  75.9  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  35.54 
 
 
221 aa  75.5  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  28.65 
 
 
166 aa  75.5  0.0000000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  35.2 
 
 
221 aa  75.1  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 
169 aa  74.7  0.0000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>