More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3580 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 		 173 aa  346  1e-94  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  86.05 
 
 		 173 aa  300  6.000000000000001e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  71.1 
 
 		 198 aa  255  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  72.62 
 
 		 176 aa  253  9e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  71.76 
 
 		 176 aa  252  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  69.23 
 
 		 182 aa  246  1e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  68.45 
 
 		 176 aa  243  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  50.59 
 
 		 187 aa  165  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  53.61 
 
 		 169 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  54.22 
 
 		 169 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  53.33 
 
 		 167 aa  160  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  51.23 
 
 		 199 aa  157  6e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  51.85 
 
 		 169 aa  155  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  50 
 
 		 185 aa  152  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  48.81 
 
 		 188 aa  148  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  47.77 
 
 		 212 aa  143  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  45.57 
 
 		 189 aa  142  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  46.63 
 
 		 166 aa  141  4e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  45.57 
 
 		 189 aa  136  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  45.57 
 
 		 189 aa  136  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  46.71 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  47.62 
 
 		 200 aa  135  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  47.8 
 
 		 221 aa  135  4e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  44.85 
 
 		 201 aa  134  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  47.62 
 
 		 204 aa  133  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  41.36 
 
 		 171 aa  131  3.9999999999999996e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 		 223 aa  130  9e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  44.13 
 
 		 189 aa  130  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 		 223 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  50.31 
 
 		 176 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 		 231 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  45.28 
 
 		 189 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  47.85 
 
 		 173 aa  127  7.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  41.1 
 
 		 185 aa  126  2.0000000000000002e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  47.17 
 
 		 206 aa  122  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  37.58 
 
 		 168 aa  118  4.9999999999999996e-26  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  35.29 
 
 		 173 aa  114  5e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  35.88 
 
 		 175 aa  112  3e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  43.95 
 
 		 166 aa  108  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  42.86 
 
 		 163 aa  106  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  36.65 
 
 		 191 aa  104  5e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  43.36 
 
 		 157 aa  100  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  40.74 
 
 		 170 aa  96.7  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  35.96 
 
 		 188 aa  95.5  3e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 		 179 aa  94.7  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 178 aa  94.4  7e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  36.42 
 
 		 199 aa  93.6  1e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 179 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 		 178 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 		 175 aa  91.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  39.41 
 
 		 172 aa  91.7  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  41.36 
 
 		 172 aa  91.3  6e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 		 175 aa  90.9  7e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  34.36 
 
 		 172 aa  89  3e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  29.19 
 
 		 176 aa  88.6  4e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 		 182 aa  87.4  8e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  37.5 
 
 		 167 aa  87.4  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  27.11 
 
 		 169 aa  87  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  37.93 
 
 		 180 aa  87  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 		 189 aa  86.3  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 		 173 aa  86.3  2e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  35.59 
 
 		 169 aa  85.5  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0124  putative 16S rRNA processing protein RimM  31.74 
 
 		 163 aa  85.9  3e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.87226  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  37.04 
 
 		 171 aa  85.5  3e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 		 176 aa  84.7  5e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  84.7  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 221 aa  84.7  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  32.2 
 
 		 220 aa  84.3  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  34.57 
 
 		 169 aa  84  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  33.92 
 
 		 191 aa  82.8  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  82.8  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  31.21 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  38.27 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  82  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  27.88 
 
 		 176 aa  81.6  0.000000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  35.71 
 
 		 174 aa  81.3  0.000000000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  81.3  0.000000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 170 aa  81.3  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  30.63 
 
 		 179 aa  81.3  0.000000000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  30.77 
 
 		 160 aa  80.9  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  34.34 
 
 		 189 aa  80.5  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 		 178 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  24.84 
 
 		 177 aa  80.5  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  36.78 
 
 		 180 aa  80.5  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 171 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  28.83 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  28.48 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  34.73 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 170 aa  79.3  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  31.85 
 
 		 175 aa  79  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  29.45 
 
 		 178 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  30.13 
 
 		 173 aa  79  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  28.83 
 
 		 178 aa  79.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  32.73 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  29.89 
 
 		 177 aa  78.2  0.00000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>