More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_2726 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
163 aa  327  6e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  60.74 
 
 
157 aa  192  2e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  60.25 
 
 
166 aa  185  2e-46  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  45.58 
 
 
198 aa  115  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  48.67 
 
 
185 aa  115  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  42.76 
 
 
176 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 
212 aa  110  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  41.77 
 
 
176 aa  106  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 
173 aa  106  2e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  41.56 
 
 
187 aa  105  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  43.51 
 
 
169 aa  104  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 
169 aa  104  6e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  40.94 
 
 
182 aa  103  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  42.76 
 
 
176 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  41.5 
 
 
173 aa  103  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  44.3 
 
 
167 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  41.22 
 
 
171 aa  102  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  38.85 
 
 
189 aa  100  6e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  42.94 
 
 
185 aa  100  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  41.83 
 
 
221 aa  99.8  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  41.18 
 
 
166 aa  98.2  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  41.29 
 
 
169 aa  94.4  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 
189 aa  94.4  7e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  36.42 
 
 
189 aa  94.4  7e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  38 
 
 
201 aa  91.3  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  41.03 
 
 
200 aa  90.9  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  35.37 
 
 
191 aa  90.5  9e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 
189 aa  88.2  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  38.71 
 
 
188 aa  86.3  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 
189 aa  85.5  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  37.42 
 
 
199 aa  84.7  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  34.51 
 
 
171 aa  82.4  0.000000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  33.78 
 
 
168 aa  81.3  0.000000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  34.29 
 
 
160 aa  80.9  0.000000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2782  16S rRNA processing protein RimM  37.12 
 
 
172 aa  80.9  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  35.76 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  35.76 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  35.76 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  34 
 
 
169 aa  79.3  0.00000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  36.84 
 
 
171 aa  79  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  37.2 
 
 
231 aa  79.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  30.25 
 
 
172 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  35 
 
 
172 aa  78.6  0.00000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  34.18 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  35.53 
 
 
170 aa  75.9  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  35.76 
 
 
206 aa  76.3  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  39.6 
 
 
170 aa  75.9  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  29.45 
 
 
173 aa  75.5  0.0000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  32.17 
 
 
169 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1485  16S rRNA-processing protein RimM  35.11 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0783305  normal  0.767745 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  30.26 
 
 
170 aa  74.3  0.0000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  37.25 
 
 
182 aa  73.6  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  31.54 
 
 
183 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 
189 aa  73.6  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  38.46 
 
 
176 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  31.54 
 
 
183 aa  73.2  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  36.54 
 
 
184 aa  73.6  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  31.54 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  31.54 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  35 
 
 
194 aa  72.8  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  31.54 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  32.89 
 
 
172 aa  72.4  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  31.54 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  31.54 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  36.6 
 
 
172 aa  72.8  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  31.54 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  31.54 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 
170 aa  72  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  29.66 
 
 
175 aa  71.6  0.000000000004  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  29.59 
 
 
176 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  34.42 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
178 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  31.87 
 
 
172 aa  71.2  0.000000000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
180 aa  70.9  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  32.48 
 
 
174 aa  70.9  0.000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  29.63 
 
 
166 aa  70.9  0.000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  35.82 
 
 
170 aa  70.9  0.000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  35.62 
 
 
204 aa  70.9  0.000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  28.95 
 
 
176 aa  70.5  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  28.95 
 
 
176 aa  70.5  0.000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  29.22 
 
 
182 aa  70.1  0.00000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  32.1 
 
 
170 aa  70.1  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  29.01 
 
 
172 aa  70.5  0.00000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
178 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  29.14 
 
 
179 aa  69.3  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  36.91 
 
 
167 aa  69.7  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  29.38 
 
 
178 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
187 aa  68.9  0.00000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  26.99 
 
 
171 aa  68.9  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
170 aa  68.6  0.00000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  27.1 
 
 
176 aa  68.9  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  31.48 
 
 
210 aa  68.9  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  27.1 
 
 
176 aa  68.9  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  29.22 
 
 
178 aa  68.6  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>