284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_0665 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
223 aa  427  1e-119  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  99.1 
 
 
223 aa  423  1e-118  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  85.71 
 
 
224 aa  367  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  62.34 
 
 
231 aa  243  9.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  61.54 
 
 
204 aa  228  7e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  65.27 
 
 
176 aa  213  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  49.41 
 
 
199 aa  152  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 
212 aa  146  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  48.5 
 
 
173 aa  141  8e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  45.24 
 
 
198 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  46.15 
 
 
176 aa  137  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  41.58 
 
 
221 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  44.79 
 
 
189 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  45.56 
 
 
176 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 
173 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  45.78 
 
 
167 aa  127  9.000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  46.01 
 
 
189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  46.01 
 
 
189 aa  127  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  44.44 
 
 
188 aa  127  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  44.31 
 
 
182 aa  126  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  44.91 
 
 
176 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  42.68 
 
 
189 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  40.54 
 
 
189 aa  122  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 
169 aa  121  8e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  45.51 
 
 
169 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  44.31 
 
 
169 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  40 
 
 
206 aa  117  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  41.33 
 
 
200 aa  116  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  41.36 
 
 
191 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  41.72 
 
 
185 aa  115  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  43.2 
 
 
166 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  42.51 
 
 
173 aa  113  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  41.42 
 
 
171 aa  112  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  39.78 
 
 
201 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  41.21 
 
 
187 aa  108  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 
168 aa  106  3e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  39.66 
 
 
185 aa  100  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  41.72 
 
 
172 aa  94.4  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  36.47 
 
 
167 aa  94.4  1e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 
175 aa  87  2e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  34.48 
 
 
188 aa  86.3  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  37.36 
 
 
174 aa  85.9  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  37.58 
 
 
176 aa  84.7  0.000000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  36.26 
 
 
169 aa  82.4  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  34.09 
 
 
173 aa  82.4  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  33.52 
 
 
180 aa  81.3  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  34.44 
 
 
178 aa  81.3  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  33.52 
 
 
180 aa  80.9  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  36.53 
 
 
170 aa  79.7  0.00000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  31.82 
 
 
187 aa  78.6  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 
171 aa  77.4  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 
172 aa  77.4  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  33.73 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  29.78 
 
 
189 aa  75.9  0.0000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
178 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
182 aa  74.3  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  35.09 
 
 
181 aa  74.3  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  35.93 
 
 
169 aa  74.7  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  36.42 
 
 
188 aa  74.7  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
194 aa  74.7  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
182 aa  74.3  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  36.47 
 
 
184 aa  74.3  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  34.68 
 
 
176 aa  73.9  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  34.71 
 
 
171 aa  73.2  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  26.52 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  25.97 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  26.44 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  27.22 
 
 
182 aa  72.4  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
176 aa  72.4  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  25.84 
 
 
182 aa  72  0.000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  25.29 
 
 
176 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  27.01 
 
 
176 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
173 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
176 aa  70.9  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
176 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
173 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
173 aa  71.6  0.00000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  28.73 
 
 
179 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  26.55 
 
 
182 aa  70.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  34.5 
 
 
179 aa  70.9  0.00000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 
183 aa  70.5  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  28.73 
 
 
179 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  31.46 
 
 
184 aa  69.3  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  35.03 
 
 
182 aa  68.9  0.00000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 
199 aa  68.9  0.00000000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  30.51 
 
 
174 aa  68.9  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 
181 aa  68.9  0.00000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  26.51 
 
 
182 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  26.51 
 
 
182 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  26.51 
 
 
182 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  26.51 
 
 
182 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  26.51 
 
 
182 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  26.51 
 
 
182 aa  68.6  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  26.51 
 
 
183 aa  68.6  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  26.51 
 
 
183 aa  68.6  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
176 aa  68.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  26.97 
 
 
183 aa  67.8  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  34.86 
 
 
182 aa  67.8  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>