More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3353 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_3353  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
173 aa  338  2e-92  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.170561 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  58.71 
 
 
199 aa  174  7e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  50.87 
 
 
185 aa  144  5e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 
182 aa  140  8e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  48.8 
 
 
204 aa  140  8e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  45.96 
 
 
173 aa  138  3.9999999999999997e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  46.43 
 
 
198 aa  137  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  46.99 
 
 
176 aa  137  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  47.27 
 
 
176 aa  137  8.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  47.59 
 
 
176 aa  136  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  47.85 
 
 
173 aa  136  2e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  48.41 
 
 
169 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  49.04 
 
 
169 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  45.81 
 
 
188 aa  128  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  44.71 
 
 
200 aa  129  3e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  46.5 
 
 
169 aa  124  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  43.93 
 
 
231 aa  124  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  45.22 
 
 
167 aa  123  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3681  16S rRNA-processing protein RimM  47.2 
 
 
176 aa  122  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0131034 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  42.51 
 
 
223 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  42.51 
 
 
223 aa  119  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  43.71 
 
 
224 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  42.68 
 
 
187 aa  115  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  41.67 
 
 
171 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  45.7 
 
 
212 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  43.95 
 
 
166 aa  112  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  41.94 
 
 
201 aa  111  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  34.81 
 
 
168 aa  106  2e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  43.14 
 
 
189 aa  105  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  43.14 
 
 
189 aa  105  3e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  43.14 
 
 
189 aa  104  6e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  37.65 
 
 
188 aa  103  1e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  42.86 
 
 
189 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  42.21 
 
 
189 aa  102  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  40.46 
 
 
221 aa  100  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
175 aa  97.4  9e-20  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
173 aa  96.7  1e-19  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  37.87 
 
 
185 aa  96.7  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  37.66 
 
 
191 aa  88.2  5e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  40.26 
 
 
206 aa  87  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2152  16S rRNA processing protein RimM  40.83 
 
 
169 aa  85.1  5e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.523891  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0201  16S rRNA processing protein RimM  29.03 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000521632  normal  0.064349 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  32.48 
 
 
175 aa  78.6  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  33.76 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  35.95 
 
 
172 aa  77.8  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  31.37 
 
 
170 aa  76.3  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  30.57 
 
 
176 aa  75.5  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 
170 aa  75.1  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  31.82 
 
 
182 aa  75.5  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  38.73 
 
 
163 aa  75.1  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  31.41 
 
 
182 aa  75.1  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  32.48 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  32.03 
 
 
170 aa  74.7  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  35.22 
 
 
172 aa  74.3  0.0000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  31.82 
 
 
164 aa  74.3  0.0000000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  32.05 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  32.05 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  33.12 
 
 
182 aa  73.9  0.0000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  29.3 
 
 
176 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  34.9 
 
 
178 aa  73.6  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2018  16S rRNA processing protein RimM  28.75 
 
 
177 aa  72.8  0.000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0112237  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  30.57 
 
 
176 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  32.91 
 
 
180 aa  73.2  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  36 
 
 
177 aa  72.8  0.000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  33.11 
 
 
166 aa  72.8  0.000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  33.12 
 
 
210 aa  72.4  0.000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2321  16S rRNA processing protein RimM  28.12 
 
 
177 aa  72  0.000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  40.13 
 
 
157 aa  72  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  33.12 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  31.21 
 
 
182 aa  70.9  0.000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  31.21 
 
 
182 aa  70.9  0.000000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
182 aa  70.9  0.000000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  31.21 
 
 
182 aa  70.9  0.000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
182 aa  70.9  0.000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  70.9  0.000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  70.9  0.000000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
182 aa  70.9  0.000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  32.69 
 
 
187 aa  70.5  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  29.3 
 
 
176 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
182 aa  70.5  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  28.3 
 
 
176 aa  70.5  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  28.3 
 
 
176 aa  70.1  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 
176 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
183 aa  69.7  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  31.79 
 
 
189 aa  69.3  0.00000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  28.21 
 
 
174 aa  68.9  0.00000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  28.03 
 
 
176 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  31.21 
 
 
182 aa  68.2  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  37.07 
 
 
217 aa  68.2  0.00000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  27.39 
 
 
176 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  29.68 
 
 
175 aa  67.8  0.00000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  29.3 
 
 
182 aa  67.8  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 
184 aa  67.4  0.00000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  30.67 
 
 
178 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  30.67 
 
 
178 aa  67.4  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  30.67 
 
 
178 aa  67  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>