More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Achl_2221 on replicon NC_011886
Organism: Arthrobacter chlorophenolicus A6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
181 aa  360  6e-99  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  72.19 
 
 
197 aa  255  2e-67  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09170  16S rRNA processing protein RimM  56.9 
 
 
200 aa  169  1e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  50 
 
 
171 aa  160  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  46.78 
 
 
170 aa  152  2.9999999999999998e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  47.59 
 
 
184 aa  151  5e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  46.93 
 
 
174 aa  149  2e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  47.13 
 
 
187 aa  149  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  46.15 
 
 
170 aa  142  2e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  47.31 
 
 
172 aa  136  1e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  42.86 
 
 
171 aa  135  3.0000000000000003e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  44.31 
 
 
167 aa  134  6.0000000000000005e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1169  16S rRNA processing protein RimM  44.44 
 
 
181 aa  133  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  43.5 
 
 
179 aa  131  6e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  42.22 
 
 
180 aa  130  9e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1472  16S rRNA processing protein RimM  41.52 
 
 
188 aa  130  9e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0696089 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  48.28 
 
 
177 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  41.11 
 
 
180 aa  128  3e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  44.85 
 
 
182 aa  129  3e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  42.13 
 
 
194 aa  128  5.0000000000000004e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  43.86 
 
 
184 aa  127  7.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  45.4 
 
 
174 aa  125  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2538  16S rRNA processing protein RimM  42.59 
 
 
182 aa  120  9.999999999999999e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.139064  normal  0.135293 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  41.28 
 
 
172 aa  119  1.9999999999999998e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23730  16S rRNA processing protein RimM  44.44 
 
 
214 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.659902  normal  0.204427 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  39.05 
 
 
169 aa  119  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  41.52 
 
 
173 aa  118  4.9999999999999996e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  38.95 
 
 
173 aa  112  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  38.07 
 
 
199 aa  112  3e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  38.95 
 
 
173 aa  112  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  38.95 
 
 
173 aa  112  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  39.31 
 
 
173 aa  110  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1150  16S rRNA-processing protein RimM  33.96 
 
 
225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0280728 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  37.21 
 
 
172 aa  107  9.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  36.63 
 
 
176 aa  101  5e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2085  16S rRNA processing protein RimM  40.35 
 
 
172 aa  100  9e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.817011  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  38.01 
 
 
176 aa  97.8  8e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12921  16S rRNA-processing protein RimM  33.71 
 
 
176 aa  97.1  1e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.368366 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  35.67 
 
 
182 aa  93.2  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  36.09 
 
 
172 aa  93.2  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  37.97 
 
 
204 aa  93.6  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  28.9 
 
 
179 aa  91.3  6e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
210 aa  89.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 
172 aa  88.2  6e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0366  16S rRNA-processing protein RimM  31.36 
 
 
198 aa  87.8  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.875502  normal  0.464938 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  33.91 
 
 
176 aa  87  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
176 aa  86.7  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  36.02 
 
 
189 aa  85.9  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
176 aa  85.9  3e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  34.12 
 
 
180 aa  85.9  3e-16  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 
179 aa  85.5  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  34.78 
 
 
189 aa  84.7  6e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  34.78 
 
 
189 aa  84.7  6e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 
233 aa  84.7  7e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
181 aa  84.3  9e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 
185 aa  84  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
176 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
171 aa  82  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  31.68 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 
179 aa  81.3  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  31.68 
 
 
176 aa  80.9  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  34.68 
 
 
176 aa  80.9  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
199 aa  79.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  33.9 
 
 
184 aa  79.3  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  79  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  78.6  0.00000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
167 aa  77.8  0.00000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  27.88 
 
 
168 aa  77.8  0.00000000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
167 aa  77.8  0.00000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  31.4 
 
 
167 aa  77.8  0.00000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  32.73 
 
 
191 aa  77.4  0.0000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  28.64 
 
 
208 aa  77.4  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  27.65 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  32.1 
 
 
200 aa  76.6  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  29.17 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 
176 aa  76.3  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  30.43 
 
 
173 aa  75.9  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  30.97 
 
 
167 aa  75.5  0.0000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  28.24 
 
 
182 aa  75.1  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38467  predicted protein  32.82 
 
 
235 aa  75.1  0.0000000000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.375973 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
177 aa  74.7  0.0000000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  32.08 
 
 
188 aa  74.3  0.0000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  31.68 
 
 
168 aa  73.9  0.000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  31.13 
 
 
177 aa  73.6  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
185 aa  73.6  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
167 aa  73.9  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  30.36 
 
 
182 aa  73.6  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  34.59 
 
 
189 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  28.16 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  30.3 
 
 
169 aa  72  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  27.59 
 
 
169 aa  71.2  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>