245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0365 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0365  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
166 aa  333  5.999999999999999e-91  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000438185  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1301  16S rRNA processing protein RimM  34.78 
 
 
162 aa  76.3  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0244939  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  28.31 
 
 
176 aa  74.7  0.0000000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 
178 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 
178 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  26.47 
 
 
176 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  36.84 
 
 
176 aa  70.1  0.00000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  27.49 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  36.84 
 
 
176 aa  70.1  0.00000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
166 aa  70.1  0.00000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  28.92 
 
 
172 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 
178 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  25.9 
 
 
210 aa  69.7  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  28.83 
 
 
178 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  28 
 
 
169 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
169 aa  67  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  25.15 
 
 
173 aa  66.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  31.55 
 
 
179 aa  66.2  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  22.89 
 
 
197 aa  66.6  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
167 aa  66.2  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  29.76 
 
 
179 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  26.67 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  30.94 
 
 
179 aa  65.5  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  29.17 
 
 
179 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0883  16S rRNA processing protein RimM  26.7 
 
 
179 aa  64.7  0.0000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000602503  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  32.08 
 
 
175 aa  64.3  0.0000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  27.49 
 
 
169 aa  63.9  0.0000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  22.29 
 
 
181 aa  64.3  0.0000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  27.49 
 
 
172 aa  63.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
176 aa  63.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  26.38 
 
 
200 aa  63.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1431  16S rRNA processing protein RimM  28.65 
 
 
176 aa  63.9  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0566865  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 
180 aa  63.2  0.000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  28.22 
 
 
167 aa  63.2  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  26.28 
 
 
179 aa  61.6  0.000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  30.95 
 
 
185 aa  61.6  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  23.95 
 
 
170 aa  61.6  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  28.83 
 
 
168 aa  61.2  0.000000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 
181 aa  61.2  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  26.63 
 
 
172 aa  60.8  0.000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0559  16S rRNA processing protein RimM  26.63 
 
 
176 aa  60.8  0.000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.970702  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  25.75 
 
 
173 aa  60.5  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
167 aa  60.5  0.00000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  28.83 
 
 
169 aa  59.3  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0848  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 
163 aa  58.9  0.00000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 
179 aa  58.9  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
178 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  26.32 
 
 
170 aa  58.5  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  23.67 
 
 
171 aa  58.5  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  27.71 
 
 
172 aa  58.2  0.00000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  24.55 
 
 
172 aa  58.2  0.00000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  26.04 
 
 
176 aa  58.2  0.00000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  25.6 
 
 
182 aa  58.2  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  26.51 
 
 
172 aa  57.8  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  28.16 
 
 
176 aa  58.2  0.00000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0930  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
173 aa  57.4  0.00000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  30.77 
 
 
177 aa  57.8  0.00000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0678  16S rRNA processing protein RimM  27.43 
 
 
176 aa  56.6  0.0000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  28.31 
 
 
171 aa  56.6  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  32.3 
 
 
172 aa  57.4  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
172 aa  57.4  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  29.01 
 
 
175 aa  56.6  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  28.31 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  28.31 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  28.31 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  25.58 
 
 
179 aa  56.6  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0124  putative 16S rRNA processing protein RimM  23.67 
 
 
163 aa  56.2  0.0000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.87226  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  28.31 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
171 aa  55.8  0.0000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  27.44 
 
 
167 aa  55.8  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  28.31 
 
 
171 aa  55.8  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  22.67 
 
 
174 aa  55.8  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
176 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  27.33 
 
 
178 aa  55.5  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  27.44 
 
 
174 aa  55.5  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  27.88 
 
 
166 aa  55.1  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  24.28 
 
 
175 aa  55.1  0.0000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  22.86 
 
 
182 aa  55.1  0.0000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  26.51 
 
 
171 aa  54.7  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1294  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 
179 aa  55.1  0.0000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  25.75 
 
 
176 aa  55.1  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  27.11 
 
 
178 aa  55.1  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  26.51 
 
 
171 aa  54.3  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0812  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 
179 aa  54.3  0.0000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.335804  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  26.06 
 
 
166 aa  54.3  0.0000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0453  16S rRNA processing protein RimM  27.78 
 
 
179 aa  54.3  0.0000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0002  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 
175 aa  54.3  0.0000007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  26.38 
 
 
172 aa  54.3  0.0000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  26.44 
 
 
179 aa  54.3  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 
173 aa  53.9  0.0000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  25.75 
 
 
175 aa  53.9  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  27.44 
 
 
167 aa  53.5  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
176 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 
171 aa  53.5  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  25.61 
 
 
199 aa  53.1  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  26.51 
 
 
184 aa  52.8  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  25.45 
 
 
176 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  26.16 
 
 
169 aa  53.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0735  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 
179 aa  52.8  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.335769  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>