223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0883 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0883  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
179 aa  362  1e-99  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000602503  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 
175 aa  75.1  0.0000000000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 
182 aa  75.1  0.0000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  27.59 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  27.59 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  27.59 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  27.59 
 
 
183 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  27.59 
 
 
183 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  27.59 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  27.59 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  27.59 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  27.59 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 
189 aa  73.6  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
183 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
183 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
183 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
183 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
183 aa  73.2  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 
182 aa  72.8  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
182 aa  72  0.000000000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  27.17 
 
 
182 aa  72  0.000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
182 aa  72  0.000000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  25.88 
 
 
182 aa  69.7  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
231 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0718  16S rRNA-processing protein RimM  26.47 
 
 
166 aa  68.2  0.00000000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  27.37 
 
 
176 aa  68.2  0.00000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2874  16S rRNA processing protein RimM  32.4 
 
 
209 aa  67  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  25.84 
 
 
185 aa  66.6  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  30.18 
 
 
169 aa  67  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  26.9 
 
 
177 aa  66.2  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  28.48 
 
 
173 aa  65.5  0.0000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  26.9 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  32.14 
 
 
169 aa  65.1  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 
183 aa  64.7  0.0000000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
175 aa  64.7  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  24.57 
 
 
174 aa  64.7  0.0000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0365  16S rRNA processing protein RimM  26.7 
 
 
166 aa  64.7  0.0000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000438185  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  26.9 
 
 
166 aa  64.3  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  24.4 
 
 
176 aa  63.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  26.95 
 
 
179 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
179 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  27.65 
 
 
176 aa  62  0.000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  22.03 
 
 
184 aa  62  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  27.65 
 
 
176 aa  62  0.000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  25.77 
 
 
175 aa  61.6  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 
175 aa  61.6  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  27.43 
 
 
172 aa  61.2  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
200 aa  60.8  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  24.59 
 
 
213 aa  60.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 
176 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 
178 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  31.53 
 
 
179 aa  60.1  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  26.9 
 
 
167 aa  59.7  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  29.24 
 
 
170 aa  58.9  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  26.82 
 
 
167 aa  59.3  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  27.37 
 
 
181 aa  58.9  0.00000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1294  16S rRNA processing protein RimM  24.71 
 
 
179 aa  58.9  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  24.86 
 
 
176 aa  58.9  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  27.27 
 
 
175 aa  58.9  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 
178 aa  58.9  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  27.81 
 
 
178 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  29.71 
 
 
177 aa  58.5  0.00000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  27.81 
 
 
178 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  26.35 
 
 
167 aa  58.5  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  22.4 
 
 
202 aa  58.5  0.00000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  25.58 
 
 
168 aa  58.2  0.00000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  22.94 
 
 
191 aa  58.2  0.00000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  25.58 
 
 
168 aa  58.2  0.00000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  26.16 
 
 
176 aa  57.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 
189 aa  57.8  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1036  16S rRNA processing protein RimM  27.83 
 
 
176 aa  57.8  0.00000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.145928  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  23.08 
 
 
176 aa  57.8  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  25.14 
 
 
181 aa  57.4  0.0000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0812  16S rRNA processing protein RimM  24.71 
 
 
179 aa  57.4  0.0000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.335804  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
189 aa  57  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  27.06 
 
 
187 aa  57.4  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
167 aa  57  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  26.74 
 
 
179 aa  57.4  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  23.21 
 
 
176 aa  57.4  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  25.6 
 
 
175 aa  56.6  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  28 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  24.14 
 
 
175 aa  56.2  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0735  16S rRNA processing protein RimM  24.14 
 
 
179 aa  56.6  0.0000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.335769  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  27.81 
 
 
178 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  31.01 
 
 
221 aa  56.6  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  27.38 
 
 
169 aa  56.6  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  25.9 
 
 
182 aa  56.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  25.29 
 
 
187 aa  55.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  30.18 
 
 
180 aa  55.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 
165 aa  55.5  0.0000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0994  16S rRNA processing protein  25.79 
 
 
158 aa  55.8  0.0000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  25.75 
 
 
178 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  28.38 
 
 
172 aa  55.1  0.0000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 
224 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  27.5 
 
 
189 aa  54.3  0.0000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  27.5 
 
 
189 aa  54.3  0.0000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  23.3 
 
 
190 aa  54.3  0.0000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
165 aa  54.3  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>