92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CFF8240_1036 on replicon NC_008599
Organism: Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008599  CFF8240_1036  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 176 aa  346  8e-95  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.145928  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1431  16S rRNA processing protein RimM  51.7 
 
 		 176 aa  171  5e-42  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0566865  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0559  16S rRNA processing protein RimM  49.43 
 
 		 176 aa  170  1e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.970702  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0735  16S rRNA processing protein RimM  50.85 
 
 		 179 aa  169  1e-41  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.335769  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1294  16S rRNA processing protein RimM  50.28 
 
 		 179 aa  168  3e-41  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0812  16S rRNA processing protein RimM  50.28 
 
 		 179 aa  167  9e-41  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.335804  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0678  16S rRNA processing protein RimM  48.3 
 
 		 176 aa  164  4e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0994  16S rRNA processing protein  52.5 
 
 		 158 aa  163  1.0000000000000001e-39  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0453  16S rRNA processing protein RimM  40.12 
 
 		 179 aa  130  9e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1647  16S rRNA processing protein RimM  38.07 
 
 		 179 aa  121  4e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 		 167 aa  67.8  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 		 167 aa  67.8  0.00000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  30.95 
 
 		 167 aa  64.3  0.0000000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  26.9 
 
 		 169 aa  63.2  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  28.24 
 
 		 172 aa  62.4  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 		 173 aa  61.2  0.000000007  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 		 172 aa  60.5  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0883  16S rRNA processing protein RimM  27.83 
 
 		 179 aa  57.8  0.00000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000602503  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 		 171 aa  57  0.0000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  27.22 
 
 		 171 aa  57.4  0.0000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 		 171 aa  57  0.0000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 		 171 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 		 171 aa  57  0.0000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  27.33 
 
 		 178 aa  56.6  0.0000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  22.04 
 
 		 220 aa  56.6  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  24.86 
 
 		 181 aa  55.8  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  30.05 
 
 		 169 aa  55.5  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  26.54 
 
 		 171 aa  54.7  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  27.16 
 
 		 171 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  25.93 
 
 		 171 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  25.93 
 
 		 171 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  24.42 
 
 		 171 aa  52.8  0.000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0365  16S rRNA processing protein RimM  25.73 
 
 		 166 aa  52.4  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000438185  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  24.04 
 
 		 184 aa  52.4  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  29.44 
 
 		 169 aa  51.6  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  24.04 
 
 		 184 aa  51.6  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  23.46 
 
 		 171 aa  52  0.000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  25.3 
 
 		 169 aa  51.2  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  23.3 
 
 		 207 aa  50.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  23.56 
 
 		 169 aa  49.7  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  21.43 
 
 		 184 aa  49.7  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  21.93 
 
 		 221 aa  48.9  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  27.53 
 
 		 176 aa  48.9  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  28.88 
 
 		 175 aa  48.9  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  21.59 
 
 		 179 aa  48.9  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  20.11 
 
 		 177 aa  48.1  0.00006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  25.31 
 
 		 172 aa  48.1  0.00007  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  30.15 
 
 		 172 aa  47.8  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  22.84 
 
 		 189 aa  47.8  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  21.34 
 
 		 212 aa  47.8  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  25.39 
 
 		 186 aa  47.4  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  22.93 
 
 		 189 aa  47.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  23.33 
 
 		 174 aa  47  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  24.56 
 
 		 167 aa  46.6  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  25.86 
 
 		 182 aa  46.6  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 		 182 aa  46.6  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  30.14 
 
 		 172 aa  45.8  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  23.24 
 
 		 191 aa  46.2  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 		 174 aa  45.8  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1009  16S rRNA processing protein RimM  25.32 
 
 		 162 aa  46.2  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0144074  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  25.32 
 
 		 166 aa  45.4  0.0004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  26.8 
 
 		 181 aa  45.1  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  23.63 
 
 		 184 aa  45.1  0.0006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  24.87 
 
 		 186 aa  44.7  0.0007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  20.33 
 
 		 187 aa  44.3  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2276  16S rRNA processing protein RimM  24.84 
 
 		 163 aa  43.5  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0195145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  23.67 
 
 		 176 aa  44.3  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  23.67 
 
 		 176 aa  44.3  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  22.16 
 
 		 233 aa  43.9  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  25.9 
 
 		 176 aa  43.9  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  25.9 
 
 		 176 aa  43.9  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 		 182 aa  42.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2874  16S rRNA processing protein RimM  23.56 
 
 		 209 aa  43.1  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 		 176 aa  43.1  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  23.08 
 
 		 170 aa  42.7  0.002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  18.12 
 
 		 170 aa  43.1  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  21.99 
 
 		 213 aa  42.4  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  24.68 
 
 		 170 aa  42.4  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  28.77 
 
 		 175 aa  42  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  30.4 
 
 		 167 aa  42  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  27.94 
 
 		 208 aa  42.4  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1301  16S rRNA processing protein RimM  26.88 
 
 		 162 aa  42.4  0.004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0244939  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  23.95 
 
 		 180 aa  41.2  0.007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  23.7 
 
 		 166 aa  41.2  0.007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  22.7 
 
 		 167 aa  41.2  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3855  16S rRNA processing protein RimM  30.77 
 
 		 106 aa  41.2  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.46605e-63 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  25.6 
 
 		 172 aa  40.8  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  23.03 
 
 		 166 aa  40.8  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>