153 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_1647 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_1647  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 179 aa  359  1e-98  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0453  16S rRNA processing protein RimM  42.22 
 
 		 179 aa  149  2e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1431  16S rRNA processing protein RimM  46.59 
 
 		 176 aa  145  2.0000000000000003e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0566865  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0678  16S rRNA processing protein RimM  43.18 
 
 		 176 aa  142  3e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0559  16S rRNA processing protein RimM  39.2 
 
 		 176 aa  123  2e-27  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.970702  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1036  16S rRNA processing protein RimM  38.07 
 
 		 176 aa  121  4e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.145928  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0735  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 		 179 aa  114  5e-25  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.335769  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1294  16S rRNA processing protein RimM  36.87 
 
 		 179 aa  114  6.9999999999999995e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0812  16S rRNA processing protein RimM  36.87 
 
 		 179 aa  112  2.0000000000000002e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.335804  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0994  16S rRNA processing protein  39.51 
 
 		 158 aa  101  6e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  30.49 
 
 		 175 aa  62  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  35.59 
 
 		 208 aa  59.7  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 		 169 aa  59.7  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  33.57 
 
 		 175 aa  57.8  0.00000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  23.12 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  28.33 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  27.38 
 
 		 175 aa  55.1  0.0000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  26.86 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  31.2 
 
 		 186 aa  54.7  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  28.41 
 
 		 172 aa  54.3  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  25.56 
 
 		 178 aa  54.3  0.0000009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  28.17 
 
 		 177 aa  53.9  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  25.99 
 
 		 210 aa  53.9  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 		 176 aa  54.3  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  28.37 
 
 		 184 aa  53.9  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  25.71 
 
 		 176 aa  53.5  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 		 171 aa  52.8  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  28.16 
 
 		 171 aa  52.8  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 		 171 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 		 171 aa  52.4  0.000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 		 171 aa  52.4  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 		 171 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 		 171 aa  52  0.000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  26.14 
 
 		 172 aa  52  0.000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  26.99 
 
 		 167 aa  51.6  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 		 171 aa  52  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  26.79 
 
 		 171 aa  51.6  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0465  hypothetical protein  25.36 
 
 		 169 aa  51.2  0.000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0441  hypothetical protein  25.36 
 
 		 169 aa  51.2  0.000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 		 171 aa  51.2  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  29.8 
 
 		 181 aa  50.8  0.000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  27.01 
 
 		 171 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  24.16 
 
 		 169 aa  50.8  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 		 186 aa  50.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  25.57 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  26.19 
 
 		 177 aa  50.4  0.00001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  29.01 
 
 		 182 aa  50.8  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  24.28 
 
 		 171 aa  50.4  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  26.71 
 
 		 169 aa  50.8  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  26.59 
 
 		 169 aa  50.4  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 		 169 aa  49.7  0.00002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  23.53 
 
 		 175 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  25.6 
 
 		 178 aa  49.3  0.00003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  26.54 
 
 		 182 aa  49.3  0.00003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  25.57 
 
 		 176 aa  49.3  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  25.17 
 
 		 168 aa  49.3  0.00003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  24.64 
 
 		 176 aa  49.3  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  22.94 
 
 		 175 aa  48.9  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  29.13 
 
 		 173 aa  48.5  0.00005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 		 176 aa  48.5  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  30.72 
 
 		 166 aa  48.1  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 		 176 aa  48.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1499  16S rRNA processing protein RimM  24.59 
 
 		 156 aa  47.8  0.00008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.105109  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  23.86 
 
 		 167 aa  47.8  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  23.86 
 
 		 167 aa  47.8  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  30.6 
 
 		 179 aa  47.8  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4117  16S rRNA-processing protein RimM  24.47 
 
 		 186 aa  47.4  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  24.4 
 
 		 178 aa  47  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  28.68 
 
 		 167 aa  47  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  25.42 
 
 		 172 aa  46.6  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  29.82 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  28.02 
 
 		 176 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  29.93 
 
 		 169 aa  46.6  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  23.13 
 
 		 170 aa  46.2  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  24.29 
 
 		 176 aa  46.2  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 		 172 aa  45.8  0.0004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 		 223 aa  45.4  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  25.57 
 
 		 179 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  27.57 
 
 		 180 aa  45.1  0.0005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  26.22 
 
 		 182 aa  45.1  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 		 231 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 		 172 aa  45.1  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0324  16S rRNA processing protein RimM  30.83 
 
 		 199 aa  45.1  0.0006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.884603 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  24.16 
 
 		 184 aa  44.7  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  27.46 
 
 		 166 aa  44.7  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0847  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 		 167 aa  44.7  0.0007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  24.16 
 
 		 184 aa  44.7  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  25.76 
 
 		 183 aa  44.3  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  25.47 
 
 		 204 aa  44.7  0.0008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  25.76 
 
 		 183 aa  44.3  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  25.76 
 
 		 183 aa  44.3  0.0008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  29.91 
 
 		 204 aa  44.7  0.0008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>