156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CJJ81176_0735 on replicon NC_008787
Organism: Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008787  CJJ81176_0735  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
179 aa  356  8e-98  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.335769  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1294  16S rRNA processing protein RimM  98.88 
 
 
179 aa  354  2.9999999999999997e-97  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0812  16S rRNA processing protein RimM  97.77 
 
 
179 aa  350  5e-96  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.335804  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0559  16S rRNA processing protein RimM  53.07 
 
 
176 aa  180  1e-44  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.970702  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1036  16S rRNA processing protein RimM  50.85 
 
 
176 aa  169  1e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.145928  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0994  16S rRNA processing protein  55.56 
 
 
158 aa  166  2e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0678  16S rRNA processing protein RimM  46.86 
 
 
176 aa  150  7e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1431  16S rRNA processing protein RimM  46.86 
 
 
176 aa  150  7e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0566865  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0453  16S rRNA processing protein RimM  40.23 
 
 
179 aa  120  8e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1647  16S rRNA processing protein RimM  36.31 
 
 
179 aa  114  5e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 
167 aa  75.5  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 
167 aa  68.9  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 
167 aa  68.9  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  28.81 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  25.97 
 
 
217 aa  64.7  0.0000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  32.92 
 
 
169 aa  63.5  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  24.42 
 
 
170 aa  63.2  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  25.41 
 
 
233 aa  62  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 
176 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 
176 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1255  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 
176 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000416795  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  25.29 
 
 
176 aa  62.4  0.000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1288  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 
176 aa  62.4  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000110365  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  27.12 
 
 
182 aa  59.7  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  27.38 
 
 
169 aa  59.3  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  25.58 
 
 
173 aa  58.9  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 
172 aa  58.9  0.00000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  25.99 
 
 
168 aa  58.9  0.00000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  31.03 
 
 
169 aa  58.5  0.00000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2837  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
176 aa  57.8  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000499984  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2919  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
176 aa  57.8  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000363709  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1169  16S rRNA-processing protein RimM  26.11 
 
 
176 aa  57.8  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000549178  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1358  16S rRNA-processing protein RimM  26.78 
 
 
177 aa  57.4  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0465  hypothetical protein  24.71 
 
 
169 aa  57  0.0000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0441  hypothetical protein  24.71 
 
 
169 aa  57  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3016  16S rRNA-processing protein RimM  26.11 
 
 
176 aa  57  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000828768  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1160  16S rRNA-processing protein RimM  25.42 
 
 
176 aa  57  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000339506  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0883  16S rRNA processing protein RimM  24.14 
 
 
179 aa  56.6  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000602503  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  23.08 
 
 
183 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  30.17 
 
 
174 aa  56.6  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  25.42 
 
 
168 aa  57  0.0000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  23.67 
 
 
182 aa  56.6  0.0000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  23.73 
 
 
176 aa  56.6  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  23.08 
 
 
183 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  23.08 
 
 
182 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  23.08 
 
 
182 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  27.22 
 
 
171 aa  56.2  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  20.54 
 
 
220 aa  55.8  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  23.08 
 
 
182 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  24.86 
 
 
182 aa  55.8  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  26.16 
 
 
173 aa  55.8  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  23.08 
 
 
182 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  23.08 
 
 
182 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  23.08 
 
 
182 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  24.86 
 
 
176 aa  55.8  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  27.98 
 
 
171 aa  55.5  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  26.32 
 
 
170 aa  55.5  0.0000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  23.95 
 
 
183 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  23.95 
 
 
183 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  23.95 
 
 
183 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  23.95 
 
 
183 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  24.29 
 
 
176 aa  55.5  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  23.95 
 
 
183 aa  55.1  0.0000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  23.12 
 
 
170 aa  54.3  0.0000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 
171 aa  54.3  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  28 
 
 
177 aa  53.9  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  23.76 
 
 
181 aa  53.9  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 
171 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  26.06 
 
 
168 aa  53.5  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0365  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 
166 aa  52.8  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000438185  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2919  16S rRNA-processing protein RimM  25.42 
 
 
176 aa  52  0.000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000569736  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  24 
 
 
176 aa  51.6  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  22.16 
 
 
169 aa  51.2  0.000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  28.26 
 
 
176 aa  51.2  0.000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  28.26 
 
 
176 aa  51.2  0.000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
171 aa  50.4  0.00001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  24.24 
 
 
179 aa  50.4  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 
171 aa  50.8  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1301  16S rRNA processing protein RimM  27.16 
 
 
162 aa  50.1  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0244939  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  21.74 
 
 
210 aa  50.1  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2874  16S rRNA processing protein RimM  24.86 
 
 
209 aa  49.7  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  24.58 
 
 
174 aa  50.1  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  26.97 
 
 
176 aa  49.3  0.00003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  18.48 
 
 
221 aa  48.9  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  20.79 
 
 
182 aa  48.9  0.00004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
172 aa  48.9  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  26.32 
 
 
179 aa  48.5  0.00005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  27.22 
 
 
167 aa  48.5  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 
176 aa  48.5  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2753  16S rRNA-processing protein RimM  24.42 
 
 
176 aa  48.1  0.00006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000227208  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  26.32 
 
 
172 aa  48.1  0.00006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  20.73 
 
 
182 aa  48.5  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  20.73 
 
 
182 aa  48.5  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  23.3 
 
 
166 aa  48.1  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  22.29 
 
 
169 aa  48.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>