161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1499 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_1499  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 156 aa  298  2e-80  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.105109  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  38.46 
 
 		 170 aa  63.9  0.0000000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  26.16 
 
 		 174 aa  63.9  0.0000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  32 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 		 167 aa  62.4  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  36.16 
 
 		 179 aa  62  0.000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  33.11 
 
 		 168 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1420  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.261134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  32.93 
 
 		 167 aa  59.7  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  27.59 
 
 		 167 aa  57.4  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  34.52 
 
 		 169 aa  57  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  30.25 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4076  16S rRNA-processing protein RimM  31.88 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  25.44 
 
 		 169 aa  56.2  0.0000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  27.07 
 
 		 169 aa  55.8  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  36.05 
 
 		 172 aa  55.1  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  32.56 
 
 		 185 aa  55.1  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  31.88 
 
 		 221 aa  55.1  0.0000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  33.07 
 
 		 168 aa  54.3  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 		 189 aa  54.3  0.0000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1843  16S rRNA-processing protein RimM  32.12 
 
 		 189 aa  54.3  0.0000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0355078  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  28.26 
 
 		 165 aa  53.9  0.0000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  32.14 
 
 		 176 aa  53.9  0.0000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 		 199 aa  53.9  0.0000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 		 189 aa  53.9  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2485  16S rRNA processing protein RimM  34.07 
 
 		 176 aa  53.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.423168  normal  0.175293 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1485  16S rRNA-processing protein RimM  28.14 
 
 		 178 aa  53.1  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0783305  normal  0.767745 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  31.3 
 
 		 182 aa  53.1  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  28.26 
 
 		 165 aa  52.4  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  27.59 
 
 		 181 aa  52.8  0.000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  23.67 
 
 		 169 aa  52.8  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 		 176 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0987  16S rRNA processing protein RimM  33.13 
 
 		 184 aa  53.1  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000000842356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  34.62 
 
 		 231 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  31.11 
 
 		 176 aa  52  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1054  RimM protein for 16S rRNA processing  36.04 
 
 		 204 aa  52.4  0.000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0465  hypothetical protein  28.15 
 
 		 169 aa  51.6  0.000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0441  hypothetical protein  28.15 
 
 		 169 aa  51.6  0.000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  30.43 
 
 		 187 aa  51.6  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 		 176 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  29.37 
 
 		 208 aa  51.6  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  29.09 
 
 		 169 aa  51.6  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3098  16S rRNA-processing protein RimM  30.43 
 
 		 206 aa  51.6  0.000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.700744  normal  0.9458 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  29.69 
 
 		 173 aa  51.2  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  31.06 
 
 		 176 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  32.35 
 
 		 194 aa  50.8  0.000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  32.75 
 
 		 170 aa  50.8  0.000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  27.48 
 
 		 189 aa  50.1  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  27.21 
 
 		 189 aa  49.7  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.72 
 
 		 204 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  37.33 
 
 		 177 aa  49.3  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  26.47 
 
 		 171 aa  49.3  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 		 173 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 		 173 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  30.86 
 
 		 171 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 		 173 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  28.7 
 
 		 181 aa  48.5  0.00003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  30.16 
 
 		 169 aa  48.9  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0967  16S rRNA processing protein RimM  28.08 
 
 		 167 aa  48.1  0.00004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000740944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  23.53 
 
 		 179 aa  48.5  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  24.56 
 
 		 172 aa  48.1  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  22.92 
 
 		 167 aa  47.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  22.92 
 
 		 167 aa  47.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  26.98 
 
 		 173 aa  47.8  0.00005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1365  16S rRNA-processing protein RimM  27.27 
 
 		 175 aa  47.8  0.00006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.887328 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 		 179 aa  47.8  0.00006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1647  16S rRNA processing protein RimM  24.59 
 
 		 179 aa  47.8  0.00006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 		 182 aa  47.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  26.21 
 
 		 167 aa  47.4  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1282  16S rRNA-processing protein RimM  31.11 
 
 		 168 aa  47.4  0.00008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0085  16S rRNA-processing protein RimM  26.74 
 
 		 191 aa  47.4  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  26.81 
 
 		 167 aa  46.6  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  24.12 
 
 		 179 aa  47  0.0001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  29.17 
 
 		 173 aa  47  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  23.68 
 
 		 177 aa  46.6  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  27.14 
 
 		 176 aa  46.2  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0633  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 		 224 aa  46.6  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.279374 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  29.81 
 
 		 172 aa  46.2  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  30.99 
 
 		 182 aa  46.2  0.0002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1390  16S rRNA processing protein RimM  33.57 
 
 		 163 aa  46.2  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0279558  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 		 169 aa  45.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  24.68 
 
 		 177 aa  45.8  0.0002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  31.65 
 
 		 170 aa  45.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  30.53 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  26.22 
 
 		 170 aa  45.4  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  29.7 
 
 		 169 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  27.11 
 
 		 197 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  31.58 
 
 		 169 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 		 173 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  22.29 
 
 		 166 aa  45.4  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  22.09 
 
 		 176 aa  45.1  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2276  16S rRNA processing protein RimM  30.08 
 
 		 163 aa  45.1  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0195145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0654  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 223 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.131666 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0665  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 		 223 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0329294 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3277  16S rRNA processing protein RimM  32.73 
 
 		 188 aa  44.7  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.399714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3102  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 		 176 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000126118  normal  0.166795 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1211  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 		 176 aa  44.7  0.0005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000458928  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  31.82 
 
 		 180 aa  44.7  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  26.32 
 
 		 176 aa  44.7  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>