More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_1485 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008025  Dgeo_1485  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
178 aa  349  1e-95  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0783305  normal  0.767745 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1009  16S rRNA processing protein RimM  43.97 
 
 
162 aa  96.7  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0144074  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2276  16S rRNA processing protein RimM  40.85 
 
 
163 aa  95.1  5e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0195145  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  32.62 
 
 
179 aa  80.5  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  31.14 
 
 
186 aa  75.1  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  37.33 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  35.03 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2726  16S rRNA processing protein RimM  35.11 
 
 
163 aa  74.7  0.0000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  34.57 
 
 
175 aa  74.3  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  32.3 
 
 
178 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  34.62 
 
 
176 aa  73.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  32.43 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  29.34 
 
 
169 aa  72.8  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  30.08 
 
 
166 aa  72.8  0.000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
178 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  24.68 
 
 
177 aa  72.4  0.000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  33.95 
 
 
175 aa  70.9  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  36.52 
 
 
182 aa  70.9  0.000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  35.63 
 
 
172 aa  70.5  0.00000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  34.75 
 
 
179 aa  70.1  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  31.68 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  34.15 
 
 
179 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  35.71 
 
 
170 aa  70.1  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  31.68 
 
 
178 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  25.52 
 
 
176 aa  68.9  0.00000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  25.52 
 
 
176 aa  68.9  0.00000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  30.67 
 
 
178 aa  68.9  0.00000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  32.61 
 
 
181 aa  69.3  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  33.53 
 
 
171 aa  69.3  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  37.32 
 
 
189 aa  68.6  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3065  16S rRNA processing protein RimM  31.21 
 
 
170 aa  68.6  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000508882  hitchhiker  0.000000546045 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 
175 aa  68.6  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0428  16S rRNA processing protein RimM  31.37 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.709959  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1047  16S rRNA-processing protein RimM  33.73 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.105176  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  32.39 
 
 
166 aa  68.2  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  33.54 
 
 
179 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  30.07 
 
 
175 aa  67.4  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  35.81 
 
 
200 aa  67.4  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2708  16S rRNA-processing protein RimM  32.94 
 
 
169 aa  67  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0300271 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  29.55 
 
 
173 aa  67  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  30.99 
 
 
167 aa  66.6  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0885  16S rRNA processing protein RimM  33.58 
 
 
170 aa  66.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.230501  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  33.14 
 
 
169 aa  65.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  33.88 
 
 
182 aa  65.5  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  31.11 
 
 
182 aa  65.5  0.0000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  40.96 
 
 
178 aa  65.1  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  32.85 
 
 
248 aa  65.1  0.0000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  25.73 
 
 
176 aa  65.1  0.0000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
190 aa  64.7  0.0000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  34.92 
 
 
184 aa  64.7  0.0000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
167 aa  64.7  0.0000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  30.68 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  36.23 
 
 
172 aa  64.3  0.0000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  37.58 
 
 
177 aa  64.3  0.0000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  34.12 
 
 
201 aa  64.3  0.0000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  32.31 
 
 
182 aa  64.3  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  29.45 
 
 
191 aa  64.3  0.0000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  27.66 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  27.66 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0465  hypothetical protein  28.15 
 
 
169 aa  63.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0441  hypothetical protein  28.15 
 
 
169 aa  63.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
209 aa  63.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 
183 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  29.56 
 
 
189 aa  64.3  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  31.43 
 
 
166 aa  63.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 
182 aa  63.5  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  29.5 
 
 
176 aa  63.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  27.66 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
166 aa  63.5  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  37.72 
 
 
171 aa  63.5  0.000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 
183 aa  63.5  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  34.07 
 
 
168 aa  63.5  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
244 aa  63.2  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 
183 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  29.53 
 
 
175 aa  63.2  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 
183 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 
183 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  32.31 
 
 
199 aa  63.2  0.000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  28.17 
 
 
167 aa  63.2  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 
183 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  27.66 
 
 
183 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  30.06 
 
 
193 aa  62.8  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  31.68 
 
 
231 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  33.9 
 
 
176 aa  62.8  0.000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  26.67 
 
 
187 aa  62.4  0.000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  29.37 
 
 
184 aa  62  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2897  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 
185 aa  62.4  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  25.34 
 
 
169 aa  62  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  30.67 
 
 
178 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  31.03 
 
 
169 aa  61.6  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
187 aa  61.6  0.000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  32.61 
 
 
177 aa  61.6  0.000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1914  16S rRNA processing protein RimM  40 
 
 
163 aa  61.2  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1943  16S rRNA processing protein RimM  38.74 
 
 
165 aa  61.2  0.000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  28.87 
 
 
182 aa  61.2  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  34.23 
 
 
176 aa  61.2  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 
202 aa  60.8  0.000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>