More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1664 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
178 aa  348  2e-95  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  83.15 
 
 
182 aa  301  4.0000000000000003e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  44.64 
 
 
169 aa  142  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  40.12 
 
 
174 aa  137  7e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  34.91 
 
 
169 aa  105  3e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  36.69 
 
 
176 aa  102  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  38.33 
 
 
179 aa  99.8  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
168 aa  98.2  6e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  31.95 
 
 
169 aa  95.9  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  39.52 
 
 
178 aa  95.5  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  36.05 
 
 
173 aa  94.4  8e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  37.95 
 
 
175 aa  94  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  37.35 
 
 
175 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  36.9 
 
 
172 aa  92.8  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  34.68 
 
 
172 aa  91.3  6e-18  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  39.88 
 
 
169 aa  91.3  6e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
174 aa  91.3  6e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  34.97 
 
 
167 aa  90.5  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2854  16S rRNA processing protein RimM  35.4 
 
 
171 aa  90.5  1e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.77473  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 
172 aa  90.5  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 
169 aa  90.1  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  30.64 
 
 
176 aa  89  3e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  33.54 
 
 
166 aa  88.6  5e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2475  16S rRNA processing protein RimM  35.26 
 
 
160 aa  88.6  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 
179 aa  88.2  6e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
171 aa  86.7  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
171 aa  87  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
177 aa  87.4  1e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  32.2 
 
 
178 aa  87  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  35.2 
 
 
178 aa  86.3  2e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  34.83 
 
 
176 aa  86.7  2e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_002936  DET0566  16S rRNA processing protein RimM  32.14 
 
 
167 aa  85.9  3e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00173533  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 
176 aa  85.5  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  35.26 
 
 
172 aa  85.1  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
171 aa  85.5  4e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  36.2 
 
 
170 aa  84.7  7e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
171 aa  84.3  9e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  35.58 
 
 
170 aa  83.6  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  36.57 
 
 
172 aa  82.8  0.000000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1474  16S rRNA processing protein RimM  32.16 
 
 
179 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.480485  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  33.74 
 
 
178 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  33.74 
 
 
178 aa  82  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  41.44 
 
 
180 aa  81.6  0.000000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  31.61 
 
 
175 aa  81.6  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  36 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  31.43 
 
 
184 aa  81.3  0.000000000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
171 aa  81.3  0.000000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  27.44 
 
 
176 aa  81.3  0.000000000000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  27.44 
 
 
176 aa  81.3  0.000000000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  36 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 
165 aa  81.3  0.000000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
199 aa  81.3  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  36 
 
 
173 aa  81.3  0.000000000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  33.74 
 
 
178 aa  80.9  0.000000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
171 aa  80.9  0.000000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  31.1 
 
 
165 aa  81.3  0.000000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  36.26 
 
 
170 aa  81.3  0.000000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0540  16S rRNA processing protein RimM  32.35 
 
 
166 aa  80.9  0.000000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000769846  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  33.74 
 
 
178 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1283  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
179 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.896512  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
172 aa  80.5  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  33.91 
 
 
181 aa  80.5  0.00000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
176 aa  80.1  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 
171 aa  80.5  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  27.17 
 
 
176 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  27.81 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  29.21 
 
 
180 aa  79.7  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  34.52 
 
 
244 aa  79.7  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  32.5 
 
 
167 aa  79.7  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  34.12 
 
 
170 aa  79.3  0.00000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1199  16S rRNA processing protein RimM  30.06 
 
 
173 aa  79  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000995465  normal  0.109334 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  33.93 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  29.48 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0505  16S rRNA processing protein RimM  37.13 
 
 
177 aa  78.6  0.00000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1619  16S rRNA processing protein RimM  34.86 
 
 
173 aa  78.2  0.00000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0182275  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  32.52 
 
 
170 aa  78.2  0.00000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  31.87 
 
 
183 aa  77.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0465  hypothetical protein  33.1 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0441  hypothetical protein  33.1 
 
 
169 aa  76.6  0.0000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0322  16S rRNA processing protein RimM  26.83 
 
 
185 aa  76.3  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00023377  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  29.52 
 
 
189 aa  75.1  0.0000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
175 aa  75.5  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  33.95 
 
 
204 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
167 aa  75.1  0.0000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  25 
 
 
174 aa  75.1  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  31.74 
 
 
167 aa  75.1  0.0000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02148  16S rRNA-processing protein RimM  31.52 
 
 
180 aa  75.1  0.0000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.899687  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  38.74 
 
 
180 aa  74.7  0.0000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  27.01 
 
 
182 aa  74.7  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  27.01 
 
 
182 aa  74.7  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  27.01 
 
 
182 aa  74.7  0.0000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 
231 aa  74.7  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  26.75 
 
 
178 aa  74.7  0.0000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
187 aa  74.7  0.0000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  32.14 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  27.37 
 
 
182 aa  74.3  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  34.88 
 
 
201 aa  74.3  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>