223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_1009 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_1009  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
162 aa  312  9.999999999999999e-85  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0144074  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2276  16S rRNA processing protein RimM  64.42 
 
 
163 aa  202  2e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0195145  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1485  16S rRNA-processing protein RimM  43.97 
 
 
178 aa  96.7  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0783305  normal  0.767745 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  34.86 
 
 
172 aa  75.1  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  32.06 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  32.06 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  32.06 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  32.06 
 
 
183 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  32.06 
 
 
183 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  32.06 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  32.06 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  32.06 
 
 
182 aa  71.2  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
182 aa  70.9  0.000000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  31.01 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  31.01 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  31.01 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  31.01 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  31.01 
 
 
183 aa  70.1  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  32.93 
 
 
176 aa  67.8  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  28.24 
 
 
182 aa  67.8  0.00000000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  33.13 
 
 
176 aa  67  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
176 aa  66.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
182 aa  65.9  0.0000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  30.38 
 
 
187 aa  65.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
182 aa  65.9  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  28.24 
 
 
182 aa  66.2  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  28.24 
 
 
182 aa  66.2  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
167 aa  65.1  0.0000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
182 aa  64.7  0.0000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  32.75 
 
 
171 aa  63.9  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1474  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 
184 aa  63.9  0.0000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  31.82 
 
 
170 aa  63.5  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  31.76 
 
 
184 aa  63.2  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0682  16S rRNA-processing protein RimM  27.98 
 
 
194 aa  62.8  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  32.37 
 
 
220 aa  62.8  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  30.43 
 
 
184 aa  62.8  0.000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  32.06 
 
 
177 aa  62.8  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  31.98 
 
 
172 aa  62  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  30.63 
 
 
189 aa  62  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  29.88 
 
 
182 aa  62.4  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  32.35 
 
 
173 aa  62  0.000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  27.48 
 
 
182 aa  62  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  31.45 
 
 
188 aa  62  0.000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  32.88 
 
 
175 aa  61.6  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  31.98 
 
 
170 aa  60.8  0.000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 
182 aa  60.1  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  31.29 
 
 
193 aa  59.7  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  29.94 
 
 
182 aa  59.7  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  30.12 
 
 
221 aa  59.7  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2702  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 
190 aa  59.3  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.294971  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 
182 aa  59.7  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
202 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3354  16S rRNA-processing protein RimM  28.99 
 
 
209 aa  58.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.305815 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  25.79 
 
 
176 aa  58.9  0.00000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0197  16S rRNA processing protein RimM  22.76 
 
 
175 aa  58.9  0.00000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  25.79 
 
 
176 aa  58.9  0.00000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5344  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
189 aa  58.9  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  27.71 
 
 
213 aa  58.5  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0322  16S rRNA processing protein RimM  25.81 
 
 
185 aa  58.5  0.00000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00023377  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  32.41 
 
 
191 aa  58.5  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  29.19 
 
 
181 aa  58.2  0.00000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  30.91 
 
 
173 aa  58.2  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  28.86 
 
 
175 aa  57.4  0.00000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2658  16S rRNA processing protein RimM  40.43 
 
 
157 aa  57.4  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1186  16S rRNA processing protein RimM  35.94 
 
 
201 aa  57.4  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292134  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1662  16S rRNA-processing protein RimM  28.66 
 
 
229 aa  57  0.00000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3940  16S rRNA-processing protein RimM  28.03 
 
 
192 aa  57  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.519471 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 
233 aa  55.8  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1007  16S rRNA-processing protein RimM  29.75 
 
 
244 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  29.63 
 
 
166 aa  55.8  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0946  16S rRNA-processing protein RimM  29.11 
 
 
237 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.501365  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
173 aa  55.1  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  29.41 
 
 
172 aa  55.1  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
173 aa  55.1  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  33.15 
 
 
173 aa  55.1  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  32.16 
 
 
175 aa  55.1  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  30.41 
 
 
171 aa  54.7  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  30.25 
 
 
176 aa  54.7  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0950  16S rRNA-processing protein RimM  29.11 
 
 
225 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  30.61 
 
 
184 aa  54.3  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  27.59 
 
 
176 aa  54.3  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
176 aa  54.3  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0770  16S rRNA-processing protein RimM  31.65 
 
 
231 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.149382  normal  0.116186 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  33.14 
 
 
182 aa  53.9  0.0000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  32.95 
 
 
179 aa  53.9  0.0000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  28.89 
 
 
172 aa  53.9  0.0000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1406  16S rRNA processing protein RimM  32.03 
 
 
166 aa  53.9  0.0000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.502149  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0124  putative 16S rRNA processing protein RimM  29.86 
 
 
163 aa  53.9  0.0000009  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.87226  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  28.49 
 
 
170 aa  53.9  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  29.11 
 
 
223 aa  53.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  26.9 
 
 
177 aa  53.5  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2674  16S rRNA processing protein RimM  31.33 
 
 
169 aa  53.5  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.109453  hitchhiker  0.000000299021 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1029  16S rRNA-processing protein RimM  27.85 
 
 
225 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  35.29 
 
 
172 aa  53.1  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  31.37 
 
 
173 aa  53.1  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  28.86 
 
 
175 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2976  16S rRNA-processing protein RimM  31.3 
 
 
248 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.470421  normal  0.0518366 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1943  16S rRNA processing protein RimM  31.98 
 
 
165 aa  52.4  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>