258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mesil_2276 on replicon NC_014212
Organism: Meiothermus silvanus DSM 9946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014212  Mesil_2276  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 163 aa  323  7e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0195145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1009  16S rRNA processing protein RimM  64.42 
 
 		 162 aa  202  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0144074  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1485  16S rRNA-processing protein RimM  40.85 
 
 		 178 aa  95.1  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0783305  normal  0.767745 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  38.15 
 
 		 172 aa  74.7  0.0000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  28.65 
 
 		 176 aa  67.4  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 183 aa  67.4  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 183 aa  67.4  0.00000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  28.57 
 
 		 182 aa  67  0.00000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 		 182 aa  67  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  28.57 
 
 		 182 aa  67  0.00000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 182 aa  67  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 182 aa  67  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 182 aa  67  0.00000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 182 aa  66.6  0.0000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3769  16S rRNA processing protein RimM  34.03 
 
 		 181 aa  65.5  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000000183564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  36.08 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  28.89 
 
 		 183 aa  64.7  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0322  16S rRNA processing protein RimM  26.92 
 
 		 185 aa  62.8  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00023377  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0223  16S rRNA-processing protein RimM  34.19 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.591612  normal  0.0149038 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 182 aa  62  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 167 aa  62  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  27.67 
 
 		 182 aa  62  0.000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  32.95 
 
 		 167 aa  62  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  28.02 
 
 		 182 aa  61.6  0.000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  30.72 
 
 		 175 aa  61.6  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  29.41 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  26.25 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  26.25 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  32.89 
 
 		 189 aa  60.5  0.000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0508  16S rRNA-processing protein RimM  32.47 
 
 		 176 aa  60.5  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  36.92 
 
 		 177 aa  60.5  0.00000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  27.38 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  37.21 
 
 		 171 aa  60.5  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0351  16S rRNA-processing protein RimM  31.41 
 
 		 182 aa  60.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  29.63 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  33.33 
 
 		 171 aa  60.5  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  31.25 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  32.77 
 
 		 170 aa  58.2  0.00000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 		 177 aa  58.2  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  27.38 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  27.38 
 
 		 182 aa  58.2  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1204  16S rRNA-processing protein RimM  32.21 
 
 		 183 aa  58.2  0.00000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00134678  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  31.61 
 
 		 173 aa  57.8  0.00000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  32.92 
 
 		 184 aa  57.4  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  33.33 
 
 		 173 aa  57.4  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  35.71 
 
 		 172 aa  57.4  0.00000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  32.3 
 
 		 180 aa  57  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  28.33 
 
 		 182 aa  57  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  28.32 
 
 		 193 aa  56.6  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1269  16S rRNA processing protein RimM  27.39 
 
 		 169 aa  56.6  0.0000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  29.73 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  28.31 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 173 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 173 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  28.05 
 
 		 184 aa  55.5  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 		 173 aa  55.8  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  31.21 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  32.05 
 
 		 178 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  31.06 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3882  16S rRNA-processing protein RimM  32.9 
 
 		 167 aa  55.1  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.13781  normal  0.932135 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4627  16S rRNA-processing protein RimM  30.82 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  32.05 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1659  16S rRNA-processing protein RimM  27.41 
 
 		 171 aa  54.7  0.0000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39550  16S rRNA-processing protein RimM  37.25 
 
 		 178 aa  54.7  0.0000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.383367  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  27.43 
 
 		 172 aa  53.5  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  23.08 
 
 		 177 aa  53.5  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  37.78 
 
 		 178 aa  53.5  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 		 172 aa  53.5  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 		 166 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  30.52 
 
 		 176 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  28.3 
 
 		 184 aa  52.8  0.000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  31.41 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  28.38 
 
 		 172 aa  52.4  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4078  16S rRNA-processing protein RimM  27.78 
 
 		 186 aa  53.1  0.000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  31.41 
 
 		 178 aa  53.1  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1664  16S rRNA processing protein RimM  30.86 
 
 		 178 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0329621  hitchhiker  0.00376352 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  27.22 
 
 		 182 aa  52.8  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  35.34 
 
 		 182 aa  52.8  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  27.49 
 
 		 167 aa  52.8  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1914  16S rRNA processing protein RimM  35.29 
 
 		 163 aa  52.4  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1403  16S rRNA-processing protein RimM  29.11 
 
 		 187 aa  52.4  0.000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  34.31 
 
 		 179 aa  52  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  30.56 
 
 		 173 aa  52.4  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  30.82 
 
 		 173 aa  52  0.000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  33.56 
 
 		 199 aa  52  0.000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  34.31 
 
 		 178 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  29.01 
 
 		 174 aa  51.6  0.000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0748  16S rRNA-processing protein RimM  31.65 
 
 		 187 aa  51.6  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  29.2 
 
 		 172 aa  52  0.000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  26.19 
 
 		 182 aa  51.6  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  29.71 
 
 		 182 aa  51.2  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  30.36 
 
 		 166 aa  51.2  0.000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  27.56 
 
 		 176 aa  51.2  0.000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  27.88 
 
 		 175 aa  51.2  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 		 178 aa  51.2  0.000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1965  16S rRNA processing protein RimM  35.06 
 
 		 164 aa  51.2  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.863851  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>