88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_1269 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_1269  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 169 aa  337  5.9999999999999996e-92  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  30.99 
 
 		 182 aa  67.8  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  30.97 
 
 		 176 aa  67.4  0.00000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  30.97 
 
 		 176 aa  67.4  0.00000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  26.44 
 
 		 182 aa  57.8  0.00000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  26.38 
 
 		 173 aa  57.8  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  25.43 
 
 		 182 aa  57  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2276  16S rRNA processing protein RimM  27.39 
 
 		 163 aa  56.6  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0195145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  28.08 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  30.2 
 
 		 169 aa  55.5  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  27.48 
 
 		 175 aa  55.5  0.0000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  27.91 
 
 		 175 aa  54.7  0.0000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  26.14 
 
 		 172 aa  54.7  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0322  16S rRNA processing protein RimM  24.38 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00023377  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  26.14 
 
 		 172 aa  54.7  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  27.56 
 
 		 173 aa  54.7  0.0000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1415  16S rRNA processing protein RimM  25.16 
 
 		 181 aa  54.3  0.0000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000206982  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  27.61 
 
 		 182 aa  52  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  32 
 
 		 172 aa  52  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  23.36 
 
 		 182 aa  51.2  0.000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3363  16S rRNA-processing protein RimM  23.36 
 
 		 182 aa  50.4  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312668  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0853  16S rRNA-processing protein RimM  25.19 
 
 		 182 aa  50.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000199239  hitchhiker  0.0000659128 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0881  16S rRNA-processing protein RimM  23.36 
 
 		 182 aa  50.4  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.239463  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4068  16S rRNA-processing protein RimM  25.93 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.199941  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1485  16S rRNA-processing protein RimM  22.88 
 
 		 178 aa  50.1  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0783305  normal  0.767745 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  26.62 
 
 		 176 aa  49.7  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3089  16S rRNA-processing protein RimM  23.48 
 
 		 177 aa  50.1  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.157411  normal  0.0618284 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3400  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 		 178 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.80773 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  26.52 
 
 		 184 aa  48.9  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3015  16S rRNA-processing protein RimM  22.81 
 
 		 184 aa  49.3  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00120588  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  27.56 
 
 		 176 aa  48.9  0.00003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3847  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 183 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00015023  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0992  16S rRNA-processing protein RimM  25.76 
 
 		 182 aa  48.5  0.00004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0584349  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1375  16S rRNA-processing protein RimM  22.96 
 
 		 175 aa  48.5  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2760  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 183 aa  48.5  0.00004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0552999  normal  0.0361654 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1075  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 182 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.024634  normal  0.0162863 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02461  hypothetical protein  23.88 
 
 		 182 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00779193  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02497  16S rRNA-processing protein  23.88 
 
 		 182 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0146885  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2997  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 182 aa  48.1  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00151494  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1066  16S rRNA processing protein RimM  23.88 
 
 		 182 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000147404  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2892  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 182 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000259397  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2767  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 182 aa  48.5  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000144425  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2279  16S rRNA-processing protein RimM  25.16 
 
 		 175 aa  48.1  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0459452  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  25.48 
 
 		 178 aa  48.1  0.00006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  23.72 
 
 		 177 aa  47.8  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  26.57 
 
 		 170 aa  47.4  0.00009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1009  16S rRNA processing protein RimM  25.31 
 
 		 162 aa  47.4  0.00009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0144074  normal  0.267558 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  24.46 
 
 		 174 aa  47.4  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2886  16S rRNA-processing protein RimM  27.21 
 
 		 199 aa  47.4  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0689866 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  26.67 
 
 		 166 aa  47.4  0.0001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 183 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2820  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 183 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0156642  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2870  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 183 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.71493  normal  0.0226168 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4889  16S rRNA-processing protein RimM  26.12 
 
 		 200 aa  46.6  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2891  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 183 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.217231  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2889  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 183 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0200188  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  23.75 
 
 		 186 aa  46.2  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  20.11 
 
 		 181 aa  46.2  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1125  16S rRNA-processing protein RimM  24.06 
 
 		 182 aa  46.6  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  23.21 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0551  16S rRNA-processing protein RimM  28.03 
 
 		 168 aa  45.8  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  2.44188e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  28.12 
 
 		 174 aa  45.4  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  23.03 
 
 		 176 aa  45.4  0.0004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07320  16S rRNA processing protein RimM  24.39 
 
 		 170 aa  45.1  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000238844  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  25.3 
 
 		 179 aa  45.1  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15980  16S rRNA-processing protein RimM  22.22 
 
 		 175 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00452583  normal  0.522546 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3202  16S rRNA-processing protein RimM  23.31 
 
 		 182 aa  44.7  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0025103  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1630  16S rRNA-processing protein RimM  28.03 
 
 		 168 aa  44.3  0.0008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.000000568977  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  32.53 
 
 		 173 aa  43.9  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  26.39 
 
 		 169 aa  43.9  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01706  16S rRNA-processing protein RimM  23.91 
 
 		 173 aa  43.9  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0345877  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1578  16S rRNA-processing protein RimM  22.22 
 
 		 176 aa  43.5  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.637772  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  27.4 
 
 		 169 aa  43.1  0.002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1094  16S rRNA processing protein RimM  27.74 
 
 		 169 aa  42.7  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000169759  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  28.29 
 
 		 167 aa  43.5  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1329  16S rRNA processing protein RimM  23.21 
 
 		 173 aa  42.4  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  26.25 
 
 		 167 aa  42.4  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  26.06 
 
 		 166 aa  42  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  23.88 
 
 		 169 aa  42  0.004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  21.76 
 
 		 166 aa  42  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  23.38 
 
 		 175 aa  42  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0197  16S rRNA processing protein RimM  22.07 
 
 		 175 aa  41.6  0.005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  23.21 
 
 		 176 aa  41.6  0.006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1691  16S rRNA-processing protein RimM  20.95 
 
 		 213 aa  41.2  0.006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0967  16S rRNA processing protein RimM  31.31 
 
 		 167 aa  41.2  0.007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000740944  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  25.32 
 
 		 189 aa  41.2  0.007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0182  16S rRNA-processing protein RimM  23.88 
 
 		 169 aa  41.2  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  21.33 
 
 		 202 aa  40.8  0.01  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>