30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1329 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1329  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 		 173 aa  347  4e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1385  16S rRNA processing protein RimM  29.89 
 
 		 197 aa  91.3  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.166858  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  30.18 
 
 		 174 aa  85.5  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  31.36 
 
 		 175 aa  84.7  5e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  28.99 
 
 		 174 aa  82  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  27.75 
 
 		 186 aa  79  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  28 
 
 		 177 aa  73.9  0.0000000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  28.31 
 
 		 184 aa  72.4  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1380  PRC-barrel domain protein  29.14 
 
 		 173 aa  70.9  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000425186  normal  0.828358 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0593  hypothetical protein  25.73 
 
 		 173 aa  70.1  0.00000000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00330  16S rRNA processing protein RimM  29.69 
 
 		 234 aa  61.6  0.000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000114022  hitchhiker  0.0000000000400055 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  24.58 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  26.14 
 
 		 176 aa  52  0.000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  24.86 
 
 		 182 aa  51.2  0.000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1365  16S rRNA-processing protein RimM  24.7 
 
 		 175 aa  49.3  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.887328 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  27.17 
 
 		 169 aa  47.4  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  27.03 
 
 		 177 aa  47  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_17981  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 		 179 aa  46.2  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.581865  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  23.2 
 
 		 182 aa  45.4  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  29.09 
 
 		 167 aa  44.7  0.0007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  23.03 
 
 		 173 aa  43.5  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  26.67 
 
 		 178 aa  43.1  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1269  16S rRNA processing protein RimM  23.21 
 
 		 169 aa  42.4  0.004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  23.7 
 
 		 172 aa  42  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  23.16 
 
 		 184 aa  41.2  0.006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  24.85 
 
 		 182 aa  41.6  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1698  16S rRNA-processing protein RimM  22.91 
 
 		 179 aa  41.6  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1289  16S rRNA processing protein RimM  27.01 
 
 		 182 aa  41.2  0.008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.611954  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  25.58 
 
 		 174 aa  41.2  0.008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  28.26 
 
 		 173 aa  40.8  0.01  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>