155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1365 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1365  16S rRNA-processing protein RimM  100 
 
 
175 aa  349  1e-95  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.887328 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  27.44 
 
 
178 aa  72.4  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  32.02 
 
 
176 aa  69.3  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  29.76 
 
 
182 aa  69.3  0.00000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2221  16S rRNA-processing protein RimM  29.07 
 
 
181 aa  68.6  0.00000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000411195 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  36.7 
 
 
169 aa  68.2  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
171 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  28.57 
 
 
171 aa  65.5  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  28.82 
 
 
174 aa  65.5  0.0000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
210 aa  64.7  0.0000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  28.74 
 
 
197 aa  63.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  27.38 
 
 
177 aa  63.9  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  27.22 
 
 
172 aa  63.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  26.79 
 
 
171 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  26.79 
 
 
171 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
167 aa  62.4  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  26.95 
 
 
167 aa  62.4  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  25.3 
 
 
184 aa  62  0.000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
169 aa  61.6  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  25.75 
 
 
167 aa  61.2  0.000000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  29.09 
 
 
182 aa  61.6  0.000000006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1385  16S rRNA processing protein RimM  24.86 
 
 
197 aa  61.2  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.166858  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  29.38 
 
 
182 aa  60.8  0.000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  26.19 
 
 
171 aa  60.1  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3592  16S rRNA-processing protein RimM  24.02 
 
 
179 aa  59.7  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1380  PRC-barrel domain protein  28.4 
 
 
173 aa  59.7  0.00000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000425186  normal  0.828358 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  28.07 
 
 
170 aa  59.3  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  23.93 
 
 
177 aa  58.9  0.00000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  27.22 
 
 
170 aa  58.5  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  23.08 
 
 
169 aa  57.8  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  27.11 
 
 
179 aa  57  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  26.19 
 
 
171 aa  56.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  25.99 
 
 
180 aa  56.6  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  28.99 
 
 
172 aa  56.2  0.0000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  28.75 
 
 
168 aa  55.8  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  25.15 
 
 
167 aa  55.5  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  25.62 
 
 
167 aa  55.5  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  22.89 
 
 
167 aa  55.1  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  29.76 
 
 
176 aa  55.1  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  27.12 
 
 
170 aa  54.7  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  25.88 
 
 
172 aa  54.3  0.0000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3257  16S rRNA processing protein RimM  25.57 
 
 
184 aa  53.5  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.682594  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
174 aa  53.9  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
171 aa  53.9  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  24.71 
 
 
169 aa  53.1  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  21.18 
 
 
174 aa  52.8  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  25.27 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  24.14 
 
 
176 aa  52.4  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2781  16S rRNA-processing protein RimM  22.22 
 
 
173 aa  52  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00810863  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  23.49 
 
 
168 aa  51.2  0.000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3855  16S rRNA processing protein RimM  29.25 
 
 
106 aa  50.8  0.000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.46605e-63 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4970  16S rRNA processing protein RimM  26.16 
 
 
180 aa  50.8  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  27.71 
 
 
166 aa  50.8  0.000009  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  23.49 
 
 
172 aa  50.8  0.00001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1384  16S rRNA-processing protein RimM  23.49 
 
 
172 aa  50.4  0.00001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00157124  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  22.78 
 
 
179 aa  50.4  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20561  16S rRNA-processing protein RimM  25.27 
 
 
176 aa  50.4  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.656397  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4207  16S rRNA-processing protein RimM  24.71 
 
 
221 aa  50.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.408553  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  25.14 
 
 
185 aa  50.8  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1181  16S rRNA-processing protein RimM  25.27 
 
 
176 aa  49.7  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.612534  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1329  16S rRNA processing protein RimM  24.7 
 
 
173 aa  49.3  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3443  16S rRNA-processing protein RimM  21.88 
 
 
212 aa  49.3  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.609284  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3753  16S rRNA-processing protein RimM  25.61 
 
 
189 aa  48.9  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.13311  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  22.03 
 
 
220 aa  48.5  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  23.64 
 
 
177 aa  48.9  0.00004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  25.14 
 
 
179 aa  48.5  0.00004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1091  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 
233 aa  48.5  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.166922  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 
187 aa  48.5  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3615  16S rRNA-processing protein RimM  25.43 
 
 
231 aa  48.5  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.900619  hitchhiker  0.00782345 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1400  16S rRNA processing protein RimM  25.31 
 
 
174 aa  48.1  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457936 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1885  16S rRNA-processing protein RimM  24.86 
 
 
191 aa  48.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0110154  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1499  16S rRNA processing protein RimM  27.27 
 
 
156 aa  47.8  0.00008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.105109  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2889  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
204 aa  47.8  0.00008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1829  16S rRNA processing protein RimM  25.44 
 
 
171 aa  47.8  0.00009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0875871 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  26.99 
 
 
173 aa  47.8  0.00009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  29.89 
 
 
165 aa  47  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1559  16S rRNA processing protein RimM  27.22 
 
 
176 aa  47  0.0001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0559633 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1462  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 
202 aa  47.4  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  24.6 
 
 
193 aa  47  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  21.64 
 
 
179 aa  47  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  22.62 
 
 
175 aa  46.2  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  22.16 
 
 
172 aa  46.2  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  23.57 
 
 
167 aa  46.6  0.0002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  29.31 
 
 
165 aa  46.6  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0943  16S rRNA-processing protein RimM  24.22 
 
 
189 aa  46.2  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0593  hypothetical protein  21.69 
 
 
173 aa  46.6  0.0002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0244  16S rRNA-processing protein RimM  22.64 
 
 
176 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1801  16S rRNA processing protein RimM  24.4 
 
 
168 aa  45.8  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.165752  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  23.08 
 
 
175 aa  45.8  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  22.09 
 
 
186 aa  45.8  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  21.38 
 
 
173 aa  45.8  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26021  16S rRNA-processing protein RimM  25.73 
 
 
181 aa  45.4  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  19.78 
 
 
188 aa  45.4  0.0004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  24.57 
 
 
217 aa  45.4  0.0004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1943  16S rRNA processing protein RimM  27.36 
 
 
165 aa  45.4  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1915  16S rRNA-processing protein RimM  22.5 
 
 
189 aa  45.1  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>