118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_0848 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013515  Smon_0848  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
163 aa  310  5.999999999999999e-84  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  41.21 
 
 
167 aa  125  3e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  29.09 
 
 
173 aa  71.2  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  30.91 
 
 
172 aa  67.8  0.00000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  31.52 
 
 
172 aa  67.4  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  28.82 
 
 
175 aa  66.2  0.0000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  26.04 
 
 
176 aa  58.9  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  26.04 
 
 
176 aa  58.9  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  28.49 
 
 
169 aa  58.9  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0365  16S rRNA processing protein RimM  31.18 
 
 
166 aa  58.9  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000438185  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1029  16S rRNA processing protein RimM  24 
 
 
179 aa  58.2  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.635977  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  30.25 
 
 
185 aa  57.8  0.00000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  57.8  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
176 aa  57.8  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0124  putative 16S rRNA processing protein RimM  25.75 
 
 
163 aa  57  0.0000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.87226  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0648  16S rRNA processing protein RimM  27.81 
 
 
181 aa  56.2  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.144328  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  24.1 
 
 
173 aa  55.1  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3366  16S rRNA processing protein RimM  31.79 
 
 
175 aa  54.3  0.0000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83337 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0805  16S rRNA-processing protein RimM  30.11 
 
 
184 aa  54.3  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0876  16S rRNA-processing protein RimM  30.11 
 
 
184 aa  53.9  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.298701  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2333  16S rRNA processing protein RimM  29.63 
 
 
164 aa  53.9  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000377156  normal  0.0588442 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  27.22 
 
 
172 aa  53.1  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1463  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 
178 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.278393  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4258  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 
178 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  29.17 
 
 
167 aa  53.5  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1068  16S rRNA-processing protein RimM  26.63 
 
 
178 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.185683  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  28.9 
 
 
179 aa  53.1  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0322  16S rRNA processing protein RimM  27.59 
 
 
185 aa  53.1  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00023377  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0593  hypothetical protein  27.54 
 
 
173 aa  53.1  0.000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0934  16S rRNA-processing protein RimM  27.12 
 
 
184 aa  51.6  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0565923 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  29.45 
 
 
167 aa  51.2  0.000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  28.66 
 
 
166 aa  51.2  0.000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0393  16S rRNA processing protein RimM  30 
 
 
172 aa  50.1  0.00001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1020  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 
178 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.104306  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  31.33 
 
 
165 aa  50.4  0.00001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 
167 aa  50.1  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  31.55 
 
 
167 aa  50.1  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2307  16S rRNA processing protein RimM  22.02 
 
 
170 aa  50.1  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00013128  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  25.3 
 
 
174 aa  50.1  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  22.94 
 
 
176 aa  50.4  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4156  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 
178 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12723  normal  0.417935 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0505  16S rRNA processing protein RimM  27.49 
 
 
177 aa  48.9  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0344  16S rRNA-processing protein RimM  22.09 
 
 
166 aa  49.3  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  24.12 
 
 
184 aa  48.1  0.00004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  25.88 
 
 
182 aa  48.5  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1386  16S rRNA-processing protein RimM  29.66 
 
 
207 aa  48.5  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.594776 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  27.33 
 
 
167 aa  48.1  0.00005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  30.86 
 
 
165 aa  48.1  0.00005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  30.23 
 
 
169 aa  48.1  0.00005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0718  16S rRNA-processing protein RimM  25.62 
 
 
166 aa  48.1  0.00005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2374  16S rRNA processing protein RimM  25.73 
 
 
189 aa  47.4  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  29.48 
 
 
177 aa  47.4  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1284  16S rRNA processing protein RimM  24.02 
 
 
184 aa  47.4  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.270543  normal  0.304592 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3134  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 
167 aa  47.4  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0103431  normal  0.109744 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2259  16S rRNA processing protein RimM  24.38 
 
 
175 aa  46.6  0.0001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00362767  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0749  16S rRNA-processing protein RimM  34.04 
 
 
220 aa  47.4  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  29.17 
 
 
173 aa  46.6  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  27.33 
 
 
175 aa  47  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  25.14 
 
 
179 aa  46.2  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0518  16S rRNA processing protein RimM  22.78 
 
 
188 aa  46.2  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.541026  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2005  16S rRNA processing protein RimM  36.54 
 
 
178 aa  46.6  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000559239  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  23.26 
 
 
176 aa  46.2  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  25.73 
 
 
210 aa  46.6  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  26.7 
 
 
171 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2023  16S rRNA processing protein RimM  26.73 
 
 
182 aa  45.4  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00335336  normal  0.0413859 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0176  16S rRNA-processing protein RimM  24.05 
 
 
180 aa  45.4  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  29.07 
 
 
176 aa  45.8  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0890  16S rRNA-processing protein RimM  23.67 
 
 
176 aa  45.8  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000503781  normal  0.334216 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  26.7 
 
 
171 aa  45.8  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  26.29 
 
 
171 aa  45.8  0.0003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1094  16S rRNA processing protein RimM  27.27 
 
 
169 aa  45.1  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000169759  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1255  16S rRNA-processing protein RimM  24.26 
 
 
176 aa  45.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000136012  hitchhiker  0.0000512506 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0088  16S rRNA-processing protein RimM  26.06 
 
 
170 aa  45.1  0.0004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  27.49 
 
 
172 aa  45.1  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1479  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 
173 aa  44.3  0.0006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0074  16S rRNA-processing protein RimM  25.45 
 
 
170 aa  44.3  0.0006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  30 
 
 
173 aa  44.3  0.0007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2539  16S rRNA-processing protein RimM  31.91 
 
 
221 aa  44.3  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  24.55 
 
 
179 aa  44.3  0.0008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  26.7 
 
 
171 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1355  16S rRNA-processing protein RimM  25.75 
 
 
172 aa  43.9  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000868178  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  26.7 
 
 
171 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  26.7 
 
 
171 aa  43.5  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0130  16S rRNA-processing protein RimM  24.2 
 
 
177 aa  43.5  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0512614  normal  0.0110832 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0570  16S rRNA-processing protein RimM  27.68 
 
 
168 aa  43.1  0.001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.115494  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0546  16S rRNA processing protein RimM, putative  25.3 
 
 
164 aa  43.5  0.001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1105  16S rRNA-processing protein RimM  25.96 
 
 
193 aa  43.5  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  26.7 
 
 
171 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  22.49 
 
 
170 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1967  16S rRNA-processing protein RimM  30.4 
 
 
173 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0420461  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2013  16S rRNA-processing protein RimM  30.4 
 
 
173 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.325457 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1947  16S rRNA-processing protein RimM  30.4 
 
 
173 aa  42.7  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.638971 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  25.15 
 
 
168 aa  42.7  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17291  16S rRNA-processing protein RimM  26.59 
 
 
176 aa  42.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  26.32 
 
 
172 aa  42.4  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  26.7 
 
 
171 aa  42.4  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_505  16S rRNA processing protein RimM  28.76 
 
 
166 aa  42.4  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000191939  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2233  16S rRNA-processing protein RimM  28.85 
 
 
223 aa  42.4  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.347388  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  28.66 
 
 
169 aa  42.4  0.003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1154  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 
170 aa  42.4  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>