226 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_1385 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_1385  16S rRNA processing protein RimM  100 
 
 
197 aa  399  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.166858  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  49.72 
 
 
186 aa  193  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  37.36 
 
 
184 aa  141  6e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04645  16S rRNA processing protein  36.57 
 
 
174 aa  135  5e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  35.43 
 
 
174 aa  122  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  33.71 
 
 
177 aa  117  7.999999999999999e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0036  16S rRNA processing protein RimM  32.2 
 
 
175 aa  111  6e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.181086  normal  0.177131 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1329  16S rRNA processing protein RimM  29.89 
 
 
173 aa  91.3  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.681853 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  31.93 
 
 
169 aa  78.6  0.00000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  26.22 
 
 
176 aa  75.5  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  26.22 
 
 
176 aa  75.5  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1632  16S rRNA processing protein RimM  28.74 
 
 
179 aa  74.3  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  28.16 
 
 
172 aa  73.9  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1091  16S rRNA-processing protein RimM  30.64 
 
 
172 aa  74.3  0.000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000655231  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  26.74 
 
 
173 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2885  16S rRNA processing protein RimM  30.11 
 
 
210 aa  71.6  0.000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.524407 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1224  16S rRNA processing protein RimM  29.49 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000135812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1231  16S rRNA processing protein RimM  29.49 
 
 
176 aa  71.2  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000213348  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0803  16S rRNA processing protein RimM  29.75 
 
 
167 aa  71.2  0.000000000009  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0593  hypothetical protein  26.19 
 
 
173 aa  70.5  0.00000000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1097  16S rRNA processing protein RimM  30.11 
 
 
176 aa  70.1  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.349347  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0645  16S rRNA processing protein RimM  27.17 
 
 
172 aa  69.3  0.00000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0229573  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1413  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 
169 aa  69.7  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00447303  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  26.01 
 
 
172 aa  68.9  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  27.38 
 
 
168 aa  68.2  0.00000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  29.81 
 
 
178 aa  67.8  0.0000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1371  16S rRNA processing protein RimM  31.21 
 
 
179 aa  67  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000034435  normal  0.381877 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  29.59 
 
 
167 aa  66.6  0.0000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3421  16S rRNA processing protein RimM  29.24 
 
 
172 aa  65.9  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0959961  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0226  16S rRNA processing protein RimM  31.74 
 
 
170 aa  65.9  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.652576  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
169 aa  65.9  0.0000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2052  16S rRNA processing protein RimM  28.66 
 
 
169 aa  65.5  0.0000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000163547  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  31.4 
 
 
185 aa  64.7  0.0000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
171 aa  64.7  0.0000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  28.21 
 
 
173 aa  64.7  0.0000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
171 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
171 aa  63.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
171 aa  63.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0664  16S rRNA-processing protein RimM  33.53 
 
 
170 aa  63.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.377331  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
171 aa  63.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4173  16S rRNA-processing protein RimM  30.77 
 
 
173 aa  64.3  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2183  16S rRNA processing protein RimM  29.52 
 
 
169 aa  63.2  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.141383  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
167 aa  63.5  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2452  16S rRNA processing protein RimM  24.71 
 
 
176 aa  63.2  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000919836  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
167 aa  63.5  0.000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  29.01 
 
 
167 aa  63.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5924  16S rRNA processing protein RimM  30.12 
 
 
172 aa  62.8  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.144619  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  30.29 
 
 
171 aa  62.8  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0294  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 
175 aa  62.4  0.000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000244736  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2144  16S rRNA processing protein RimM  31.32 
 
 
176 aa  62.8  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3758  16S rRNA processing protein RimM  26.83 
 
 
170 aa  62.4  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0504856  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0650  16S rRNA-processing protein RimM  25.84 
 
 
175 aa  62  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.182958  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0164  16S rRNA processing protein RimM  28.73 
 
 
217 aa  61.6  0.000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.199907  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2481  16S rRNA-processing protein RimM  30.26 
 
 
197 aa  61.6  0.000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00367621  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  27.81 
 
 
174 aa  61.6  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0970  16S rRNA-processing protein RimM  27.54 
 
 
169 aa  60.8  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000015249  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1365  16S rRNA-processing protein RimM  24.86 
 
 
175 aa  61.2  0.00000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.887328 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1964  16S rRNA-processing protein RimM  28.82 
 
 
165 aa  60.8  0.00000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1494  16S rRNA processing protein RimM  26.59 
 
 
172 aa  60.8  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0136988  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0787  16S rRNA-processing protein RimM  30.54 
 
 
173 aa  61.2  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.0056e-16  unclonable  2.29437e-28 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1050  16S rRNA-processing protein RimM  24.54 
 
 
176 aa  60.8  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  27.43 
 
 
171 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3580  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 
173 aa  60.1  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.264248  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  27.43 
 
 
171 aa  60.1  0.00000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1355  16S rRNA processing protein RimM  27.91 
 
 
177 aa  60.1  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.0000000116768  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11060  16S rRNA processing protein RimM  29.24 
 
 
182 aa  60.1  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0760298  normal  0.041503 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2189  16S rRNA-processing protein RimM  30.59 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0264003  normal  0.599871 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  25.86 
 
 
171 aa  59.3  0.00000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0981  16S rRNA processing protein RimM  29.94 
 
 
171 aa  59.7  0.00000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.613857  normal  0.277259 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  25.74 
 
 
152 aa  59.7  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0659  16S rRNA processing protein RimM  29.7 
 
 
170 aa  59.7  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110024  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1485  16S rRNA-processing protein RimM  26.74 
 
 
178 aa  59.3  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0783305  normal  0.767745 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1682  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
165 aa  59.3  0.00000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09770  16S rRNA processing protein RimM  27.49 
 
 
174 aa  58.9  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.098871  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  27.43 
 
 
171 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0969  16S rRNA processing protein RimM  26.63 
 
 
176 aa  58.5  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000000035902  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1196  16S rRNA-processing protein RimM  30.73 
 
 
180 aa  58.2  0.00000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.934668 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2859  16S rRNA-processing protein RimM  28.4 
 
 
182 aa  57.8  0.00000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1307  16S rRNA-processing protein RimM  27.68 
 
 
180 aa  57.8  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4619  16S rRNA processing protein RimM  27.27 
 
 
174 aa  57.4  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000298653  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03479  16S rRNA-processing protein RimM  27.65 
 
 
182 aa  57.8  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002537  16S rRNA processing protein RimM  27.06 
 
 
182 aa  56.6  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00116484  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0648  16S rRNA processing protein RimM  28.41 
 
 
177 aa  56.6  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  24.86 
 
 
173 aa  57  0.0000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1984  16S rRNA-processing protein RimM  27.75 
 
 
172 aa  56.6  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4006  16S rRNA processing protein RimM  29.82 
 
 
177 aa  57  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  26.04 
 
 
166 aa  56.6  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18151  16S rRNA-processing protein RimM  27.96 
 
 
179 aa  57  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1514  16S rRNA-processing protein RimM  28.92 
 
 
187 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.621384  normal  0.167537 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0096  16S rRNA-processing protein RimM  25.77 
 
 
184 aa  56.6  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000752452  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0805  16S rRNA-processing protein RimM  25.9 
 
 
167 aa  56.2  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000311839  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3307  16S rRNA processing protein RimM  25.73 
 
 
182 aa  56.2  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10000  16S rRNA processing protein RimM  29.48 
 
 
194 aa  55.8  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0953699  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2609  16S rRNA-processing protein RimM  30.99 
 
 
171 aa  55.5  0.0000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.740533  normal  0.0121185 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1064  16S rRNA-processing protein RimM  23.93 
 
 
176 aa  55.1  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000154206  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0967  16S rRNA processing protein RimM  25.47 
 
 
167 aa  54.3  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000740944  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3227  16S rRNA-processing protein RimM  24.85 
 
 
182 aa  54.3  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.155768  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2512  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 
185 aa  54.3  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.681752  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2259  16S rRNA-processing protein RimM  27.22 
 
 
182 aa  53.5  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.133781  normal  0.174445 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3003  16S rRNA-processing protein RimM  26.04 
 
 
183 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.24752  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>