More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1632 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1208  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.36 
 
 
559 aa  675    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.397312  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 
560 aa  1164    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0419  glucose-methanol-choline oxidoreductase  64.26 
 
 
563 aa  733    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.3 
 
 
573 aa  620  1e-176  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  54.22 
 
 
572 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.86 
 
 
562 aa  607  9.999999999999999e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3164  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.21 
 
 
563 aa  569  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.115784  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.72 
 
 
567 aa  566  1e-160  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.58 
 
 
565 aa  565  1e-160  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2494  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.55 
 
 
572 aa  564  1.0000000000000001e-159  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.314394 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.55 
 
 
566 aa  549  1e-155  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.01 
 
 
566 aa  551  1e-155  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5415  choline dehydrogenase  48.92 
 
 
565 aa  546  1e-154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.188636 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4606  glucose-methanol-choline oxidoreductase  49.47 
 
 
582 aa  546  1e-154  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.159853 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.13 
 
 
570 aa  530  1e-149  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  48.58 
 
 
574 aa  531  1e-149  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.89 
 
 
570 aa  524  1e-147  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5806  glucose-methanol-choline oxidoreductase  46.74 
 
 
570 aa  524  1e-147  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.10388  normal  0.882961 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  47.32 
 
 
561 aa  514  1e-144  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.68 
 
 
561 aa  513  1e-144  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5620  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.04 
 
 
579 aa  509  1e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4949  glucose-methanol-choline oxidoreductase  48.67 
 
 
574 aa  506  9.999999999999999e-143  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.528025 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  45.75 
 
 
558 aa  503  1e-141  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  47.25 
 
 
573 aa  497  1e-139  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4714  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.17 
 
 
570 aa  487  1e-136  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.688275  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.66 
 
 
561 aa  488  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5079  glucose-methanol-choline oxidoreductase  43.76 
 
 
569 aa  488  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.623805 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1891  glucose-methanol-choline oxidoreductase  44.23 
 
 
570 aa  488  1e-136  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.969458 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0330  oxidoreductase  45.66 
 
 
570 aa  484  1e-135  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0122567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1025  choline dehydrogenase  44.23 
 
 
573 aa  481  1e-134  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6563  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.52 
 
 
569 aa  468  9.999999999999999e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0955213  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6353  putative oxidoreductase protein  31.83 
 
 
550 aa  260  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07141  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.97 
 
 
546 aa  242  1e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.915082  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0367  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.65 
 
 
565 aa  239  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0230  glucose-methanol-choline oxidoreductase  32.34 
 
 
579 aa  239  1e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.118413  normal  0.242955 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.7 
 
 
578 aa  239  1e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2017  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.42 
 
 
581 aa  234  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.422222  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0648  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.48 
 
 
546 aa  233  9e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0819  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.03 
 
 
579 aa  228  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.157641  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_06751  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.79 
 
 
546 aa  228  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07041  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.14 
 
 
546 aa  226  6e-58  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1371  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.52 
 
 
584 aa  225  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.122275  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07591  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.18 
 
 
549 aa  220  5e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00259994 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2609  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.6 
 
 
578 aa  219  7e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00973308  normal  0.475535 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1814  oxidoreductase  32.75 
 
 
547 aa  218  2.9999999999999998e-55  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.315902  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.85 
 
 
547 aa  216  5.9999999999999996e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  27.24 
 
 
547 aa  216  9e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_12251  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  29.05 
 
 
551 aa  215  1.9999999999999998e-54  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0841  oxidoreductase  31.81 
 
 
551 aa  207  3e-52  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.793794  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  28.7 
 
 
528 aa  180  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.51 
 
 
527 aa  178  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1641  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.8 
 
 
522 aa  176  9.999999999999999e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.235132 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.62 
 
 
553 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.27 
 
 
522 aa  174  5e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.24 
 
 
527 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.36342 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3202  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.81 
 
 
522 aa  173  7.999999999999999e-42  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0960335 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0728  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.66 
 
 
518 aa  172  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.568898  normal  0.0737373 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5253  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.62 
 
 
522 aa  170  8e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.789001  decreased coverage  0.00462633 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.64 
 
 
522 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.64 
 
 
522 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1705  oxidoreductase  28.85 
 
 
522 aa  167  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.318945 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.63 
 
 
528 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0822  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.64 
 
 
548 aa  165  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.7 
 
 
553 aa  164  3e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  26.28 
 
 
528 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0060  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.03 
 
 
523 aa  162  1e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.42 
 
 
526 aa  162  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2705  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.74 
 
 
522 aa  158  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.815552  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.15 
 
 
545 aa  158  3e-37  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2086  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.21 
 
 
538 aa  156  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.879766  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  31.04 
 
 
515 aa  156  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.1 
 
 
533 aa  156  1e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  27.49 
 
 
573 aa  152  1e-35  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  27.32 
 
 
573 aa  148  2.0000000000000003e-34  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5509  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.21 
 
 
556 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0807117  normal  0.364058 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  27.81 
 
 
526 aa  147  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0109  hypothetical protein  25.17 
 
 
573 aa  146  8.000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  27.92 
 
 
547 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7345  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.41 
 
 
550 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.421505  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1808  putative dehydrogenase subunit  25.75 
 
 
551 aa  146  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000111783  hitchhiker  0.0000501686 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.16 
 
 
533 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00839978 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3758  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.16 
 
 
533 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.91 
 
 
556 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4610  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.16 
 
 
533 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6549  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.17 
 
 
539 aa  145  3e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374556 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.11 
 
 
531 aa  144  5e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2072  putative Gluconate 2-dehydrogenase flavoprotein  25.67 
 
 
523 aa  143  9e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0665  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.85 
 
 
534 aa  142  9.999999999999999e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2515  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.46 
 
 
518 aa  143  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.611733  normal  0.0157209 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3801  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.87 
 
 
545 aa  142  1.9999999999999998e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.382943 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2179  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.67 
 
 
549 aa  141  3e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.57 
 
 
526 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1858  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.91 
 
 
755 aa  140  4.999999999999999e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.184483  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4186  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.09 
 
 
614 aa  140  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00132881 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0719  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 
536 aa  140  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.407783 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.06 
 
 
547 aa  136  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.59 
 
 
572 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4037  hypothetical protein  26.21 
 
 
549 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.677701 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  27.94 
 
 
521 aa  136  9.999999999999999e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.45 
 
 
550 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>