More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2761 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2761  regulatory protein, LuxR  100 
 
 
943 aa  1881    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.208507  hitchhiker  0.00706127 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2696  transcriptional regulator, LuxR family  45.73 
 
 
931 aa  655    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.704955  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3795  ATPase-like protein  40.8 
 
 
925 aa  580  1e-164  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.978971  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29900  transcriptional regulator, luxR family  37.35 
 
 
855 aa  441  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.500705 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4833  LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
994 aa  419  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.010143 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3297  transcriptional regulator, LuxR family  35.24 
 
 
908 aa  397  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.19391  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2716  transcriptional regulator, LuxR family  35.81 
 
 
941 aa  375  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0000419619  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3178  transcriptional regulator, LuxR family  43.8 
 
 
1074 aa  211  4e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00421599  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4558  transcriptional regulator, LuxR family  27.98 
 
 
952 aa  114  7.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.025168  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0281  transcriptional regulator, LuxR family  29.2 
 
 
947 aa  107  1e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0554  transcriptional regulator, LuxR family  34.26 
 
 
948 aa  94.4  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.585074  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1126  transcriptional regulator, LuxR family  30.37 
 
 
951 aa  91.7  6e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.590234  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1178  transcriptional regulator, LuxR family  31.65 
 
 
1104 aa  88.6  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00127631  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5220  transcriptional regulator, LuxR family  27.09 
 
 
960 aa  87.4  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  29.79 
 
 
954 aa  87.4  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0556  regulatory protein, LuxR  23.79 
 
 
919 aa  84.7  0.000000000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.108557 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0566  LuxR family transcriptional regulator  24.02 
 
 
919 aa  83.2  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0578  regulatory protein, LuxR  24.02 
 
 
919 aa  83.2  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353611  normal  0.0294129 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1429  transcriptional regulator, LuxR family  27.23 
 
 
932 aa  81.6  0.00000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5782  transcriptional regulator, LuxR family  27.16 
 
 
974 aa  80.9  0.00000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.239906  normal  0.713448 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1370  LuxR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
881 aa  79.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1388  LuxR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
881 aa  79.3  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0315811  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1404  LuxR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
876 aa  79.7  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0361  LuxR family transcriptional regulator  28.53 
 
 
973 aa  77.4  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2417  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 
998 aa  76.6  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0109186  decreased coverage  0.00199562 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5349  transcriptional regulator, LuxR family  27.09 
 
 
900 aa  75.1  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0835513  normal  0.0775284 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5590  transcriptional regulator, LuxR family  28.73 
 
 
940 aa  73.9  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.508462  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  29.57 
 
 
1193 aa  72.8  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4559  LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
877 aa  72  0.00000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0332938 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6796  transcriptional regulator  26.88 
 
 
1118 aa  68.6  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0324  transcriptional regulator, LuxR family  33.8 
 
 
938 aa  67.8  0.0000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2227  XRE family transcriptional regulator  26.56 
 
 
1015 aa  67  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  25.68 
 
 
998 aa  67  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4161  regulatory protein LuxR  28.86 
 
 
893 aa  66.6  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.339617  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1929  regulatory protein, LuxR  28.15 
 
 
862 aa  65.9  0.000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0012  transcriptional regulator, LuxR family  29.97 
 
 
928 aa  65.5  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.111668  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3812  transcriptional regulator, LuxR family  27.03 
 
 
927 aa  63.9  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142204  normal  0.0901624 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1863  regulatory protein, LuxR  48.48 
 
 
919 aa  63.9  0.00000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.12017  normal  0.973352 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5333  transcriptional regulator, LuxR family  30.27 
 
 
992 aa  63.9  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0063  transcriptional regulator  28.92 
 
 
1190 aa  63.9  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82825  normal  0.766346 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.79 
 
 
215 aa  63.2  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1706  transcriptional regulator, LuxR family  44.16 
 
 
913 aa  63.5  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1156  regulatory protein, LuxR  49.06 
 
 
900 aa  63.5  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0131958 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4366  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.39 
 
 
225 aa  63.5  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5916  transcriptional regulator, LuxR family  27.54 
 
 
864 aa  62.8  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0761  LuxR family transcriptional regulator  23.78 
 
 
881 aa  62.8  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4474  regulatory protein, LuxR  50.7 
 
 
977 aa  62.8  0.00000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0017385 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2954  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  27.68 
 
 
1146 aa  62.4  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00262132  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1892  transcriptional regulator, LuxR family  29.39 
 
 
997 aa  62.4  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6208  ATP-binding region ATPase domain protein  26.18 
 
 
1885 aa  61.6  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2042  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.8 
 
 
947 aa  61.6  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3625  transcriptional regulator, LuxR family  38.54 
 
 
925 aa  61.2  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5676  transcriptional regulator, LuxR family  28.78 
 
 
953 aa  61.2  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.228112  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1434  transcriptional regulator, LuxR family  29.5 
 
 
943 aa  61.2  0.00000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271758  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5213  transcriptional regulator, LuxR family  26.42 
 
 
867 aa  60.8  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0135  transcriptional regulator, LuxR family  30.56 
 
 
1052 aa  60.5  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7187  transcriptional regulator  28.67 
 
 
1198 aa  60.1  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3628  two component LuxR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
292 aa  60.1  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.350857 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1351  response regulator receiver protein  30.39 
 
 
189 aa  60.5  0.0000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.631825  normal  0.574707 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19250  transcriptional regulator, LuxR family  27.41 
 
 
894 aa  58.9  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.368916  normal  0.454776 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1769  putative response regulator  40 
 
 
231 aa  58.9  0.0000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5653  regulatory protein, LuxR  49.09 
 
 
921 aa  58.9  0.0000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.794643  normal  0.376605 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5019  transcriptional regulator, LuxR family  45.95 
 
 
916 aa  58.9  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.385321 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3549  transcriptional regulator, LuxR family  25.32 
 
 
1022 aa  58.5  0.0000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.642921  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0222  transcriptional regulator, LuxR family  28.98 
 
 
918 aa  58.5  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.847237  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4504  regulatory protein, LuxR  47.54 
 
 
929 aa  58.9  0.0000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4275  transcriptional regulator, LuxR family  34.32 
 
 
894 aa  58.5  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1300  transcriptional regulator, LuxR family  30.41 
 
 
910 aa  58.5  0.0000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.632041  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3644  transcriptional regulator, LuxR family  29.88 
 
 
946 aa  58.5  0.0000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.690733 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1559  ATPase-like protein  25.34 
 
 
916 aa  58.5  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3277  transcriptional regulator, LuxR family  47.46 
 
 
970 aa  58.5  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.737282  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1890  transcriptional regulator, LuxR family  39.56 
 
 
929 aa  58.2  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506714  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3894  transcriptional regulator, LuxR family  29.06 
 
 
897 aa  58.2  0.0000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2286  regulatory protein LuxR  29.3 
 
 
961 aa  58.2  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4327  transcriptional activator domain-containing protein  26.75 
 
 
1029 aa  58.2  0.0000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.425746 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2582  LuxR response regulator receiver  44.44 
 
 
233 aa  57.8  0.0000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33440  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  53.57 
 
 
938 aa  57.8  0.0000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3197  transcriptional regulator, LuxR family  40.43 
 
 
876 aa  57.4  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4214  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
228 aa  57.4  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0601429  normal  0.0532868 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8714  response regulator receiver protein  45.71 
 
 
936 aa  57.4  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5143  transcriptional regulator, LuxR family  31.43 
 
 
903 aa  57.4  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.497829  normal  0.980659 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1630  SARP family transcriptional regulator  28.03 
 
 
1089 aa  57.4  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3824  response regulator receiver  44.44 
 
 
228 aa  57  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1772  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.51 
 
 
262 aa  57  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2323  regulatory protein LuxR  28.24 
 
 
955 aa  57.8  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4600  ATPase-like protein  47.54 
 
 
963 aa  57.4  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0703519 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0193  transcriptional regulator, LuxR family  30.63 
 
 
200 aa  57  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000210245  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0707  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 
270 aa  56.6  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4883  transcriptional regulator, LuxR family  30.63 
 
 
200 aa  56.2  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4595  regulatory protein, LuxR  50.91 
 
 
336 aa  56.6  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.878319  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1815  transcriptional regulator  26.55 
 
 
1141 aa  57  0.000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0114746 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1757  transcriptional regulator, LuxR family  24.74 
 
 
993 aa  56.6  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.790916  normal  0.333807 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9261  ATPase-like protein  28.17 
 
 
884 aa  56.6  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3824  LuxR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
200 aa  57  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.201276 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0656  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.25 
 
 
218 aa  56.6  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.214241 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0618  transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 
196 aa  56.6  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3437  regulatory protein LuxR  27.07 
 
 
955 aa  57  0.000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.756741  normal  0.0840262 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3723  LuxR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
200 aa  57  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4008  LuxR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
200 aa  57  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0197  two component LuxR family transcriptional regulator  30.63 
 
 
200 aa  57  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000437068  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>