More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_29900 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_29900  transcriptional regulator, luxR family  100 
 
 
855 aa  1682    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.500705 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3795  ATPase-like protein  37.38 
 
 
925 aa  462  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.978971  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2761  regulatory protein, LuxR  37.35 
 
 
943 aa  453  1.0000000000000001e-126  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.208507  hitchhiker  0.00706127 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2696  transcriptional regulator, LuxR family  35.33 
 
 
931 aa  359  1.9999999999999998e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.704955  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3297  transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 
908 aa  326  1e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.19391  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2716  transcriptional regulator, LuxR family  33.22 
 
 
941 aa  245  1.9999999999999999e-63  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0000419619  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3178  transcriptional regulator, LuxR family  40.56 
 
 
1074 aa  183  1e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00421599  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4833  LuxR family transcriptional regulator  43.07 
 
 
994 aa  178  3e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.010143 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1429  transcriptional regulator, LuxR family  28.51 
 
 
932 aa  107  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1126  transcriptional regulator, LuxR family  32.41 
 
 
951 aa  87  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.590234  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4558  transcriptional regulator, LuxR family  32.19 
 
 
952 aa  85.1  0.000000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.025168  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5590  transcriptional regulator, LuxR family  31.21 
 
 
940 aa  81.6  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.508462  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0281  transcriptional regulator, LuxR family  27.41 
 
 
947 aa  81.6  0.00000000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5782  transcriptional regulator, LuxR family  29.49 
 
 
974 aa  80.5  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.239906  normal  0.713448 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5220  transcriptional regulator, LuxR family  29.3 
 
 
960 aa  80.5  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0554  transcriptional regulator, LuxR family  32.93 
 
 
948 aa  78.2  0.0000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.585074  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1178  transcriptional regulator, LuxR family  33.81 
 
 
1104 aa  77.8  0.0000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00127631  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5653  regulatory protein, LuxR  31.01 
 
 
921 aa  75.5  0.000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.794643  normal  0.376605 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1156  regulatory protein, LuxR  56.36 
 
 
900 aa  72.4  0.00000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0131958 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0566  LuxR family transcriptional regulator  56.45 
 
 
919 aa  71.2  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0578  regulatory protein, LuxR  56.45 
 
 
919 aa  71.2  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353611  normal  0.0294129 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  25.75 
 
 
1193 aa  71.2  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0556  regulatory protein, LuxR  56.45 
 
 
919 aa  71.2  0.00000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.108557 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0780  LuxR family transcriptional regulator  58.21 
 
 
921 aa  70.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0795  regulatory protein, LuxR  58.21 
 
 
921 aa  70.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.397823  normal  0.131546 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0776  regulatory protein, LuxR  58.21 
 
 
921 aa  70.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2089  transcriptional regulator, LuxR family  47.44 
 
 
959 aa  67  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.840433 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4504  regulatory protein, LuxR  51.67 
 
 
929 aa  67.4  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4834  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  24.85 
 
 
1149 aa  66.2  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.519309  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3610  transcriptional regulator, LuxR family  25.67 
 
 
953 aa  66.6  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1863  regulatory protein, LuxR  50.82 
 
 
919 aa  66.6  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.12017  normal  0.973352 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0222  transcriptional regulator, LuxR family  27.33 
 
 
918 aa  67  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.847237  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1300  transcriptional regulator, LuxR family  34.92 
 
 
910 aa  66.2  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.632041  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6796  transcriptional regulator  25.07 
 
 
1118 aa  65.5  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4474  regulatory protein, LuxR  52.54 
 
 
977 aa  65.5  0.000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0017385 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1706  transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 
913 aa  65.1  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8714  response regulator receiver protein  32.47 
 
 
936 aa  64.3  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3644  transcriptional regulator, LuxR family  43.36 
 
 
946 aa  63.9  0.00000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.690733 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  29.04 
 
 
998 aa  63.9  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3894  transcriptional regulator, LuxR family  50.79 
 
 
897 aa  63.9  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0135  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
1052 aa  64.3  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19250  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
894 aa  63.2  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.368916  normal  0.454776 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2042  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.67 
 
 
947 aa  63.2  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4559  LuxR family transcriptional regulator  46.51 
 
 
877 aa  62.8  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0332938 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3812  transcriptional regulator, LuxR family  27.99 
 
 
927 aa  62.4  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142204  normal  0.0901624 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2417  transcriptional regulator, LuxR family  32.76 
 
 
998 aa  62.8  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0109186  decreased coverage  0.00199562 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3437  regulatory protein LuxR  29.32 
 
 
955 aa  62.4  0.00000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.756741  normal  0.0840262 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0744  ATPase-like protein  30.8 
 
 
1054 aa  61.6  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1434  transcriptional regulator, LuxR family  30.97 
 
 
943 aa  61.2  0.00000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271758  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6795  LuxR family transcriptional regulator  51.67 
 
 
889 aa  60.8  0.00000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.26152  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4595  regulatory protein, LuxR  27.24 
 
 
336 aa  61.2  0.00000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.878319  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1546  Protein of unknown function DUF835  23.05 
 
 
1147 aa  60.8  0.0000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.933731  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4843  SARP family transcriptional regulator  29.09 
 
 
1151 aa  60.8  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0675424  hitchhiker  0.00881271 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.62 
 
 
215 aa  60.8  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5800  ATPase-like protein  46.88 
 
 
919 aa  60.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.168685 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4935  tetratricopeptide TPR_4  34.42 
 
 
1029 aa  60.1  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.179334 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1370  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
881 aa  60.1  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1388  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
881 aa  60.1  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0315811  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1404  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
876 aa  60.1  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3785  ATPase-like protein  46.15 
 
 
937 aa  59.3  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.114558  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1416  SARP family transcriptional regulator  26.91 
 
 
1141 aa  59.3  0.0000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1434  SARP family transcriptional regulator  26.91 
 
 
1141 aa  59.3  0.0000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4366  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.03 
 
 
225 aa  59.7  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  35.61 
 
 
896 aa  59.3  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2931  ATPase-like protein  27.43 
 
 
1051 aa  59.3  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.111498  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3625  transcriptional regulator, LuxR family  54.9 
 
 
925 aa  59.3  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6020  multi-sensor signal transduction multi-kinase  24.94 
 
 
1666 aa  58.9  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2594  transcriptional regulator, LuxR family  33.12 
 
 
920 aa  58.9  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1470  SARP family transcriptional regulator  26.91 
 
 
1141 aa  58.9  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0758  regulatory protein, LuxR  45.45 
 
 
827 aa  58.5  0.0000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4346  LuxR family transcriptional regulator  38.64 
 
 
1030 aa  58.5  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1778  regulatory protein, LuxR  38 
 
 
917 aa  58.2  0.0000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2041  transcriptional regulator, LuxR family  38.74 
 
 
927 aa  58.2  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111867  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1015  SARP family transcriptional regulator  27.16 
 
 
1216 aa  58.2  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2245  transcriptional regulator, LuxR family  47.95 
 
 
956 aa  58.2  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.00000425814  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3197  transcriptional regulator, LuxR family  53.45 
 
 
876 aa  58.2  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6794  transcriptional regulator  25.69 
 
 
723 aa  57.8  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3616  transcriptional regulator, LuxR family  30.69 
 
 
923 aa  57.4  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4161  regulatory protein LuxR  47.46 
 
 
893 aa  57.4  0.000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.339617  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6308  serine/threonine protein kinase  24.83 
 
 
1235 aa  57.4  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1292  transcriptional regulator, LuxR family  29.65 
 
 
845 aa  57  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000215082 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2227  XRE family transcriptional regulator  25.8 
 
 
1015 aa  56.6  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4923  LuxR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
937 aa  56.6  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.360996  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1757  transcriptional regulator, LuxR family  35.11 
 
 
993 aa  56.6  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.790916  normal  0.333807 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5019  transcriptional regulator, LuxR family  49.02 
 
 
916 aa  56.6  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.385321 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33440  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  50.77 
 
 
938 aa  57  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5012  regulatory protein, LuxR  31.8 
 
 
937 aa  56.6  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.981168 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0063  transcriptional regulator  24.32 
 
 
1190 aa  56.6  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82825  normal  0.766346 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1851  transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 
907 aa  56.6  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.640088  normal  0.606173 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1619  Tetratricopeptide TPR_4  31.72 
 
 
855 aa  55.8  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0543738  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1892  transcriptional regulator, LuxR family  50.98 
 
 
997 aa  56.2  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4600  ATPase-like protein  54.9 
 
 
963 aa  55.8  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0703519 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2325  regulatory protein LuxR  44.83 
 
 
923 aa  56.2  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5305  regulatory protein, LuxR  31.45 
 
 
937 aa  55.5  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1743  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 
214 aa  55.1  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.370009  normal  0.039988 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0530  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
217 aa  55.5  0.000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1222  LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 
926 aa  54.7  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1351  response regulator receiver protein  35.83 
 
 
189 aa  54.7  0.000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.631825  normal  0.574707 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0072  transcriptional activator domain protein  28.84 
 
 
1101 aa  54.7  0.000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.713941  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4593  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.25 
 
 
1141 aa  53.9  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>