More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0135 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_0135  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
1052 aa  2006    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0222  transcriptional regulator, LuxR family  37.76 
 
 
918 aa  237  9e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.847237  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4474  regulatory protein, LuxR  31.89 
 
 
977 aa  105  5e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0017385 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5653  regulatory protein, LuxR  36.41 
 
 
921 aa  93.6  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.794643  normal  0.376605 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5019  transcriptional regulator, LuxR family  32.72 
 
 
916 aa  92.8  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.385321 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0556  regulatory protein, LuxR  29.58 
 
 
919 aa  92  5e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.108557 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0566  LuxR family transcriptional regulator  29.55 
 
 
919 aa  89  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0578  regulatory protein, LuxR  29.55 
 
 
919 aa  89  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353611  normal  0.0294129 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4504  regulatory protein, LuxR  34.55 
 
 
929 aa  88.6  5e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1892  transcriptional regulator, LuxR family  32.25 
 
 
997 aa  85.1  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3894  transcriptional regulator, LuxR family  31.52 
 
 
897 aa  83.6  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2311  regulatory protein LuxR  30.57 
 
 
922 aa  83.2  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1156  regulatory protein, LuxR  36.22 
 
 
900 aa  80.9  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0131958 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1863  regulatory protein, LuxR  33.85 
 
 
919 aa  77.4  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.12017  normal  0.973352 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1300  transcriptional regulator, LuxR family  32.35 
 
 
910 aa  72.8  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.632041  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2761  regulatory protein, LuxR  32.53 
 
 
943 aa  72.8  0.00000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.208507  hitchhiker  0.00706127 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2729  regulatory protein LuxR  30.65 
 
 
892 aa  72.4  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.805372  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4595  transcriptional regulator, LuxR family  33.04 
 
 
995 aa  71.6  0.00000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.131343  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3625  transcriptional regulator, LuxR family  30.1 
 
 
925 aa  70.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9261  ATPase-like protein  35.57 
 
 
884 aa  69.7  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1706  transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 
913 aa  69.7  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8709  ATPase-like protein  31.49 
 
 
928 aa  68.9  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0776  regulatory protein, LuxR  33.5 
 
 
921 aa  68.2  0.0000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0780  LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 
921 aa  67.8  0.0000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0795  regulatory protein, LuxR  33.5 
 
 
921 aa  67.8  0.0000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.397823  normal  0.131546 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5515  response regulator receiver protein  37.69 
 
 
879 aa  67.4  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0430285  normal  0.701277 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3038  LuxR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
950 aa  67.4  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3419  transcriptional regulator, LuxR family  29.29 
 
 
909 aa  67  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00522021 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2467  transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 
915 aa  65.5  0.000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000112421  hitchhiker  0.00668806 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29900  transcriptional regulator, luxR family  29.89 
 
 
855 aa  65.1  0.000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.500705 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1778  regulatory protein, LuxR  30.81 
 
 
917 aa  64.3  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4086  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 
959 aa  64.7  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.105743  hitchhiker  0.000559176 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3795  ATPase-like protein  31.58 
 
 
925 aa  63.5  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.978971  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  33.19 
 
 
998 aa  63.2  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2286  regulatory protein LuxR  33.65 
 
 
961 aa  62.8  0.00000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27950  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  36.36 
 
 
923 aa  62.8  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81499  normal  0.031015 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0707  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.7 
 
 
270 aa  63.2  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3624  transcriptional regulator, LuxR family  29.46 
 
 
927 aa  62.8  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19250  transcriptional regulator, LuxR family  51.61 
 
 
894 aa  62.4  0.00000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.368916  normal  0.454776 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4979  two component LuxR family transcriptional regulator  49.23 
 
 
231 aa  62.8  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.889239  normal  0.507767 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5800  ATPase-like protein  30.46 
 
 
919 aa  62  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.168685 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4161  regulatory protein LuxR  50.85 
 
 
893 aa  62  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.339617  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2194  transcriptional regulator, LuxR family  55.74 
 
 
937 aa  62  0.00000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1370  LuxR family transcriptional regulator  56.36 
 
 
881 aa  61.6  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1388  LuxR family transcriptional regulator  56.36 
 
 
881 aa  61.6  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0315811  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1404  LuxR family transcriptional regulator  56.36 
 
 
876 aa  61.6  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3616  transcriptional regulator, LuxR family  32.23 
 
 
923 aa  61.2  0.00000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0388  transcriptional regulator, LuxR family  58.62 
 
 
916 aa  61.2  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0286476 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5002  regulatory protein, LuxR  30.77 
 
 
940 aa  60.5  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1351  response regulator receiver protein  52.63 
 
 
189 aa  60.8  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.631825  normal  0.574707 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1487  two component LuxR family transcriptional regulator  47.69 
 
 
231 aa  60.1  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0122618  normal  0.753042 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1214  regulatory protein, LuxR  28.37 
 
 
930 aa  60.1  0.0000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.428987 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1559  ATPase-like protein  51.72 
 
 
916 aa  59.3  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1890  transcriptional regulator, LuxR family  32.16 
 
 
929 aa  59.7  0.0000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506714  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2323  regulatory protein LuxR  34 
 
 
955 aa  59.7  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0156  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.55 
 
 
230 aa  59.3  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.379873  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4559  LuxR family transcriptional regulator  55.77 
 
 
877 aa  59.3  0.0000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0332938 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0992  regulatory protein, LuxR  46.88 
 
 
218 aa  58.5  0.0000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.850793  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1243  transcriptional regulator, LuxR family  37.84 
 
 
550 aa  58.5  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2591  transcriptional regulator, LuxR family  32.85 
 
 
552 aa  58.5  0.0000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000770971 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0190  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 
219 aa  58.5  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.146862  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3297  transcriptional regulator, LuxR family  52.94 
 
 
908 aa  58.2  0.0000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.19391  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4558  transcriptional regulator, LuxR family  52.73 
 
 
952 aa  58.2  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.025168  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11389  transcriptional regulator  58.82 
 
 
887 aa  58.2  0.0000009  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2276  transcriptional regulator, LuxR family  28.85 
 
 
928 aa  58.2  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.169085  normal  0.573117 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4275  transcriptional regulator, LuxR family  32.57 
 
 
894 aa  57.4  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3239  two component LuxR family transcriptional regulator  47.69 
 
 
274 aa  57.8  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1528  two component LuxR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
212 aa  57.4  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.212037  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10909  LuxR family transcriptional regulator  42.7 
 
 
882 aa  57.8  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2085  LuxR family ATP-dependent transcriptional regulator  35.85 
 
 
913 aa  56.6  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.741908 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4714  transcriptional regulator, LuxR family  53.85 
 
 
929 aa  56.6  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1384  LuxR response regulator receiver  32.62 
 
 
215 aa  56.2  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3644  transcriptional regulator, LuxR family  53.85 
 
 
946 aa  56.2  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.690733 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3331  response regulator receiver protein  50 
 
 
227 aa  56.2  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.832029  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33440  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  52.94 
 
 
938 aa  56.6  0.000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5928  regulatory protein, LuxR  53.33 
 
 
1085 aa  56.2  0.000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.9439  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4682  transcriptional regulator, LuxR family  37.93 
 
 
940 aa  56.2  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0554  transcriptional regulator, LuxR family  39.22 
 
 
948 aa  56.2  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.585074  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1577  response regulator receiver  34.62 
 
 
212 aa  56.2  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.39 
 
 
235 aa  56.2  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5165  two component LuxR family transcriptional regulator  48.53 
 
 
231 aa  55.8  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.162111 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17030  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  56.9 
 
 
907 aa  55.8  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.758711  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3893  transcriptional regulator, LuxR family  48.28 
 
 
904 aa  55.8  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0518  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
225 aa  55.8  0.000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.665179 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4366  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.03 
 
 
225 aa  55.8  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0642  putative response regulator  56 
 
 
217 aa  55.8  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0565  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.59 
 
 
213 aa  55.5  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4926  regulatory protein, LuxR  36.29 
 
 
574 aa  55.5  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.28198  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1291  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 
215 aa  55.5  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  55.77 
 
 
1137 aa  55.8  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4027  DNA-binding response regulator, LuxR family  46.43 
 
 
215 aa  55.1  0.000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2073  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.8 
 
 
226 aa  55.5  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000764485 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1126  transcriptional regulator, LuxR family  34.93 
 
 
951 aa  55.5  0.000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.590234  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3551  cyclic nucleotide-binding protein  47.06 
 
 
1001 aa  55.1  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2003  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.78 
 
 
219 aa  55.5  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.183245  hitchhiker  0.00373502 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11330  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  48.21 
 
 
224 aa  55.1  0.000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0103975 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2417  transcriptional regulator, LuxR family  51.72 
 
 
998 aa  55.1  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0109186  decreased coverage  0.00199562 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5780  ATPase-like protein  29.97 
 
 
884 aa  54.7  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.673084  normal  0.283038 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1292  transcriptional regulator, LuxR family  54.55 
 
 
845 aa  54.7  0.000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000215082 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2245  transcriptional regulator, LuxR family  51.79 
 
 
956 aa  54.7  0.000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.00000425814  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>