More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4197 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
998 aa  1982    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2089  transcriptional regulator, LuxR family  32.64 
 
 
959 aa  302  2e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.840433 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2245  transcriptional regulator, LuxR family  35.81 
 
 
956 aa  279  2e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.00000425814  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5781  transcriptional regulator, LuxR family  31.98 
 
 
895 aa  236  1.0000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1095  transcriptional regulator, LuxR family  29.54 
 
 
919 aa  236  1.0000000000000001e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.860504  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4346  LuxR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
1030 aa  226  1e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3490  LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 
950 aa  187  7e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.123756  normal  0.368778 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3154  transcriptional regulator, LuxR family  29.04 
 
 
1089 aa  171  4e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.639432 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2610  transcriptional regulator, LuxR family  29.67 
 
 
981 aa  137  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.701031  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2227  XRE family transcriptional regulator  26.67 
 
 
1015 aa  127  2e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0012  transcriptional regulator, LuxR family  26.32 
 
 
928 aa  118  6.9999999999999995e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.111668  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3419  transcriptional regulator, LuxR family  27.84 
 
 
909 aa  117  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00522021 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4382  regulatory protein, LuxR  29.83 
 
 
1006 aa  112  4.0000000000000004e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.172901  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0556  regulatory protein, LuxR  25.24 
 
 
919 aa  112  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.108557 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0566  LuxR family transcriptional regulator  25.27 
 
 
919 aa  111  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0578  regulatory protein, LuxR  25.27 
 
 
919 aa  111  8.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353611  normal  0.0294129 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0361  LuxR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
973 aa  110  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4327  transcriptional activator domain-containing protein  28.74 
 
 
1029 aa  110  1e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.425746 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5349  transcriptional regulator, LuxR family  28.61 
 
 
900 aa  108  5e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0835513  normal  0.0775284 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3549  transcriptional regulator, LuxR family  28.08 
 
 
1022 aa  106  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.642921  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4724  transcriptional activator domain-containing protein  31.8 
 
 
713 aa  105  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1156  regulatory protein, LuxR  27.92 
 
 
900 aa  103  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0131958 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3644  transcriptional regulator, LuxR family  33.9 
 
 
946 aa  101  8e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.690733 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0773  transcriptional regulator, LuxR family  29.32 
 
 
967 aa  100  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2785  transcriptional regulator, LuxR family  32.27 
 
 
1013 aa  100  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1559  ATPase-like protein  28.98 
 
 
916 aa  99.8  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0554  transcriptional regulator, LuxR family  30.06 
 
 
948 aa  97.1  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.585074  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1262  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.07 
 
 
1055 aa  96.3  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1406  transcriptional activator domain-containing protein  28.46 
 
 
1067 aa  91.3  8e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1429  transcriptional regulator, LuxR family  29.29 
 
 
932 aa  91.3  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 
954 aa  91.3  8e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4474  regulatory protein, LuxR  32.34 
 
 
977 aa  90.9  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0017385 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0072  transcriptional activator domain protein  29.82 
 
 
1101 aa  88.6  5e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.713941  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3038  LuxR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
950 aa  88.6  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5142  transcriptional regulator, LuxR family  28.04 
 
 
953 aa  88.2  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3683  transcriptional activator domain-containing protein  27.75 
 
 
1034 aa  87.8  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00198659  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2323  regulatory protein LuxR  30.41 
 
 
955 aa  88.2  8e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4424  transcriptional activator domain-containing protein  27.7 
 
 
1055 aa  87.4  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.518741  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6954  transcriptional regulator, LuxR family  26.5 
 
 
1005 aa  87  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4843  SARP family transcriptional regulator  28.07 
 
 
1151 aa  87  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0675424  hitchhiker  0.00881271 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1238  adenylate/guanylate cyclase  28.18 
 
 
1050 aa  85.5  0.000000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.431531  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0795  transcriptional regulator, LuxR family  29.01 
 
 
983 aa  85.9  0.000000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1255  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.18 
 
 
1050 aa  85.5  0.000000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.922944 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  26.53 
 
 
2051 aa  85.9  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.417988  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3318  serine/threonine protein kinase  27.53 
 
 
1403 aa  85.1  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0363788 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1786  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  24.53 
 
 
1081 aa  84.7  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.145933 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1960  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.06 
 
 
1080 aa  85.1  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1458  adenylate/guanylate cyclase  26.37 
 
 
1271 aa  84.7  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  23.28 
 
 
1795 aa  84  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5019  transcriptional regulator, LuxR family  29.48 
 
 
916 aa  84.3  0.00000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.385321 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6796  transcriptional regulator  28.75 
 
 
1118 aa  83.6  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1771  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.82 
 
 
1403 aa  83.6  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00900617  normal  0.173635 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1430  adenylate/guanylate cyclase  25.77 
 
 
1160 aa  82.8  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0380252  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4275  transcriptional regulator, LuxR family  33.2 
 
 
894 aa  82.4  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6794  transcriptional regulator  29.52 
 
 
723 aa  82  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0256  TPR repeat-containing protein  25.79 
 
 
1298 aa  82  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636433  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0780  LuxR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
921 aa  82  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0795  regulatory protein, LuxR  30.14 
 
 
921 aa  82  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.397823  normal  0.131546 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2154  transcriptional activator domain protein  27.21 
 
 
1139 aa  81.6  0.00000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0522112 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3612  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.62 
 
 
1089 aa  81.6  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.758157  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5782  transcriptional regulator, LuxR family  28.45 
 
 
974 aa  81.3  0.00000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.239906  normal  0.713448 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2428  PAS sensor protein  24.14 
 
 
1837 aa  81.3  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.787008  normal  0.842881 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3785  ATPase-like protein  28.94 
 
 
937 aa  80.9  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.114558  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0776  regulatory protein, LuxR  29.86 
 
 
921 aa  80.5  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1264  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.47 
 
 
1053 aa  80.5  0.0000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.313737  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0078  transcriptional activator domain-containing protein  28.95 
 
 
914 aa  80.1  0.0000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.323405  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1683  PAS sensor protein  25.09 
 
 
1833 aa  80.1  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.725143 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3871  regulatory protein, LuxR  29.28 
 
 
913 aa  79.7  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.760244  normal  0.907756 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02220  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  25.43 
 
 
862 aa  80.1  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.591408  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3596  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.19 
 
 
2017 aa  79.3  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.107255 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0446  transcriptional regulator, LuxR family  27.84 
 
 
963 aa  79.3  0.0000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00639292 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6723  adenylate/guanylate cyclase  25.57 
 
 
1148 aa  79  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3193  LuxR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
895 aa  79  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2085  LuxR family ATP-dependent transcriptional regulator  30.04 
 
 
913 aa  79  0.0000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.741908 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1234  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  26.25 
 
 
1663 aa  79  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.745042  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4528  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  25.41 
 
 
1668 aa  78.6  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0854  ATP-binding region ATPase domain protein  23.57 
 
 
1871 aa  78.6  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4928  transcriptional activator domain-containing protein  28.93 
 
 
1075 aa  78.6  0.0000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.66885  normal  0.971064 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2954  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  27.5 
 
 
1146 aa  78.6  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00262132  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1683  sterile alpha motif-containing protein  26.07 
 
 
1122 aa  78.6  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122095  normal  0.480972 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  24.73 
 
 
1020 aa  78.2  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2978  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.44 
 
 
1942 aa  77.4  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2803  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  24.07 
 
 
1805 aa  77.4  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.70885 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7278  adenylate/guanylate cyclase  23.66 
 
 
1094 aa  77.8  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.137597 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2181  ATP-binding region ATPase domain protein  24.91 
 
 
1922 aa  76.6  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.116239 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5333  transcriptional regulator, LuxR family  26.61 
 
 
992 aa  77  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  24.45 
 
 
1644 aa  76.6  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4504  regulatory protein, LuxR  23.79 
 
 
929 aa  77  0.000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  24.45 
 
 
1822 aa  76.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3533  transcriptional regulator, LuxR family  32.1 
 
 
1064 aa  76.3  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0999  hypothetical protein  24.66 
 
 
2272 aa  76.3  0.000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.715869 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4653  transcriptional regulator  26.24 
 
 
1148 aa  76.3  0.000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.346184  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  25 
 
 
1697 aa  75.5  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5436  transcriptional regulator, LuxR family  24.33 
 
 
959 aa  75.1  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00800009 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1929  regulatory protein, LuxR  26.87 
 
 
862 aa  75.1  0.000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4935  tetratricopeptide TPR_4  29.94 
 
 
1029 aa  75.1  0.000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.179334 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1636  TPR repeat transcriptional activator domain-containing protein  28.16 
 
 
1126 aa  74.7  0.000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3995  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  22.09 
 
 
1794 aa  74.3  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0514  protein kinase domain-containing protein  29.98 
 
 
1353 aa  74.3  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0287863  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0048  adenylate/guanylate cyclase  23.65 
 
 
1142 aa  74.3  0.00000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>