More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6796 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_6794  transcriptional regulator  68.06 
 
 
723 aa  879    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6796  transcriptional regulator  100 
 
 
1118 aa  2182    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1815  transcriptional regulator  32.13 
 
 
1141 aa  230  1e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0114746 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2669  winged helix family transcriptional regulator ATPase  32.58 
 
 
1123 aa  219  2.9999999999999998e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940937  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4653  transcriptional regulator  30.44 
 
 
1148 aa  217  9e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.346184  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4285  ATPase-like protein  30.59 
 
 
1114 aa  216  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.660299  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7885  ATPase-like protein  32.45 
 
 
1121 aa  217  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.811946  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5445  transcriptional regulator  34.92 
 
 
1161 aa  217  9.999999999999999e-55  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.202606 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2863  transcriptional activator domain-containing protein  32.74 
 
 
1132 aa  213  1e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1600  ATPase-like protein  31.14 
 
 
1071 aa  207  6e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1470  SARP family transcriptional regulator  30.71 
 
 
1141 aa  201  5e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1416  SARP family transcriptional regulator  30.53 
 
 
1141 aa  199  3e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1434  SARP family transcriptional regulator  30.53 
 
 
1141 aa  199  3e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7631  ATPase-like protein  31.08 
 
 
1123 aa  197  7e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.289533  normal  0.197233 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6166  transcriptional regulator, SARP family  31.68 
 
 
1036 aa  191  5.999999999999999e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000170258  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7187  transcriptional regulator  31.47 
 
 
1198 aa  189  3e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0735  ATPase-like protein  32.34 
 
 
1118 aa  185  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2140  transcriptional regulator, SARP family  30.79 
 
 
1153 aa  181  8e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.032223  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3549  transcriptional regulator, LuxR family  34.45 
 
 
1022 aa  166  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.642921  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2954  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  30.8 
 
 
1146 aa  162  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00262132  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0744  ATPase-like protein  33.81 
 
 
1054 aa  160  1e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3432  transcriptional regulator, SARP family  40.73 
 
 
775 aa  156  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00818273  normal  0.368034 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0749  transcriptional activator domain protein  27.82 
 
 
1090 aa  154  7e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4843  SARP family transcriptional regulator  30.04 
 
 
1151 aa  148  5e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0675424  hitchhiker  0.00881271 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4935  tetratricopeptide TPR_4  32.56 
 
 
1029 aa  144  7e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.179334 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  29.49 
 
 
1193 aa  141  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1496  transcriptional regulator, SARP family  32.65 
 
 
1027 aa  137  9.999999999999999e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.905196  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5349  transcriptional regulator, LuxR family  34.09 
 
 
900 aa  135  6e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0835513  normal  0.0775284 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7741  transcriptional regulator, SARP family  33.42 
 
 
1013 aa  133  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0132103  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2936  transcriptional regulator, SARP family  35.51 
 
 
1054 aa  132  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.281225  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2931  ATPase-like protein  32.49 
 
 
1051 aa  131  8.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.111498  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4524  adenylate/guanylate cyclase  25.79 
 
 
1105 aa  130  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3884  transcriptional regulator, SARP family  31.53 
 
 
990 aa  128  5e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.039717  normal  0.641225 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0853  transcriptional regulator, SARP family  32.77 
 
 
1010 aa  127  2e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  32.98 
 
 
954 aa  126  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0063  transcriptional regulator  27.63 
 
 
1190 aa  125  6e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82825  normal  0.766346 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3384  transcriptional regulator, SARP family  32.32 
 
 
1020 aa  124  7e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.799293 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2956  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  37.05 
 
 
1339 aa  124  9.999999999999999e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00898983  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4327  transcriptional activator domain-containing protein  28.04 
 
 
1029 aa  124  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.425746 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6954  transcriptional regulator, LuxR family  29.91 
 
 
1005 aa  123  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0795  transcriptional regulator, LuxR family  32.03 
 
 
983 aa  122  3.9999999999999996e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1468  transcriptional regulator, winged helix family  34.15 
 
 
969 aa  122  3.9999999999999996e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.119057  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4480  adenylate/guanylate cyclase  26.32 
 
 
1037 aa  122  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.420291 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0205  transcriptional regulator, SARP family  32.87 
 
 
1088 aa  121  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1181  ATPase, putative adenylate/guanylate cyclase activity  26.41 
 
 
1134 aa  121  7.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4249  transcriptional regulator, SARP family  32.09 
 
 
1108 aa  121  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.319347 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3791  transcriptional regulator, SARP family  29.13 
 
 
1022 aa  120  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.17753  normal  0.608105 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3684  transcriptional regulator, SARP family  27.58 
 
 
930 aa  120  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.270983 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2284  transcriptional regulator  31.17 
 
 
952 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.195552 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0385  transcriptional regulator, SARP family  34.17 
 
 
940 aa  119  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5677  transcriptional regulator, SARP family  32.31 
 
 
965 aa  119  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2227  XRE family transcriptional regulator  29.72 
 
 
1015 aa  119  3.9999999999999997e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5333  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 
992 aa  119  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2957  AAA ATPase  28.6 
 
 
1264 aa  119  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000302868 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4622  multi-sensor signal transduction multi-kinase  28.64 
 
 
1780 aa  119  3.9999999999999997e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.701325  normal  0.952257 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0361  LuxR family transcriptional regulator  32.12 
 
 
973 aa  117  8.999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0857  transcriptional regulator, SARP family  33.21 
 
 
1000 aa  117  2.0000000000000002e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.198633  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0230  ATPase domain-containing protein  28.21 
 
 
1685 aa  116  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.59916  normal  0.455487 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1875  transcriptional regulator, SARP family  30.25 
 
 
921 aa  115  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0222305  decreased coverage  0.00126827 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  30.59 
 
 
1733 aa  115  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5039  transcriptional regulator, SARP family  31.22 
 
 
993 aa  115  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2444  SARP family transcriptional regulator  30.52 
 
 
259 aa  115  5e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.467324  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0065  transcriptional regulator, SARP family  31.48 
 
 
934 aa  114  8.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4503  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.6 
 
 
1797 aa  114  9e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.194827  normal  0.137244 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4166  transcriptional regulator, winged helix family  38.37 
 
 
1049 aa  114  9e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.497343 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1636  TPR repeat transcriptional activator domain-containing protein  28.76 
 
 
1126 aa  113  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2962  transcriptional activator domain protein  31.7 
 
 
1013 aa  113  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000192637 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6723  adenylate/guanylate cyclase  26.29 
 
 
1148 aa  113  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5782  ATPase-like protein  31.62 
 
 
1103 aa  112  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493959  normal  0.0341342 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4694  transcriptional regulator, SARP family  30.98 
 
 
833 aa  112  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2058  transcriptional activator domain-containing protein  29.83 
 
 
630 aa  111  7.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.366352  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2845  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF and PAS/PAC sensor  24.49 
 
 
1934 aa  110  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.218586  normal  0.818872 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  25.45 
 
 
1795 aa  111  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9294  transcriptional regulator, SARP family  30.47 
 
 
1003 aa  110  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.705577 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0773  transcriptional regulator, LuxR family  29.43 
 
 
967 aa  110  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6897  ATPase-like protein  31.48 
 
 
1125 aa  108  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.326913  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1559  ATPase-like protein  31.88 
 
 
916 aa  108  5e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3989  transcriptional regulator, SARP family  35.29 
 
 
1003 aa  108  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0138619  normal  0.888144 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4928  transcriptional activator domain-containing protein  29.3 
 
 
1075 aa  108  8e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.66885  normal  0.971064 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1211  transcriptional regulator, SARP family  33.94 
 
 
378 aa  107  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.705954  normal  0.54501 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2610  transcriptional regulator, LuxR family  34.34 
 
 
981 aa  107  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.701031  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3059  transcriptional regulator, SARP family  33.47 
 
 
1014 aa  107  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.163733  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2592  SARP family transcriptional regulator  29.32 
 
 
602 aa  107  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0592694 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3641  adenylate/guanylate cyclase  26.35 
 
 
1138 aa  107  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.595732  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4593  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.45 
 
 
1141 aa  107  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0899  transcriptional regulator, SARP family  29.97 
 
 
919 aa  107  2e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0538686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1406  transcriptional activator domain-containing protein  27.8 
 
 
1067 aa  106  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1461  transcriptional regulator, SARP family  32.92 
 
 
950 aa  106  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.250739  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6308  serine/threonine protein kinase  30.39 
 
 
1235 aa  106  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5152  ATPase domain-containing protein  27.17 
 
 
1682 aa  106  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.198047  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3295  multi-sensor signal transduction multi-kinase  24.28 
 
 
1774 aa  106  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2197  transcriptional regulator  34.27 
 
 
630 aa  107  2e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.774056  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4174  transcriptional regulator, SARP family  27.48 
 
 
621 aa  105  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2925  transcriptional regulator, SARP family  31.39 
 
 
668 aa  106  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4482  transcriptional regulator, SARP family  29.89 
 
 
941 aa  106  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.434883  normal  0.14218 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8304  transcriptional regulator, LuxR family  27.92 
 
 
1084 aa  106  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4724  transcriptional activator domain-containing protein  28.18 
 
 
713 aa  106  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  30.56 
 
 
1055 aa  106  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1068  transcriptional regulator, LuxR family  30.85 
 
 
966 aa  105  4e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5817  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  25.35 
 
 
1117 aa  105  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.987754  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>