More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4928 on replicon NC_008697
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008697  Noca_4928  transcriptional activator domain-containing protein  100 
 
 		 1075 aa  2047    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.66885  normal  0.971064 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0063  transcriptional regulator  32.72 
 
 		 1190 aa  204  5e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82825  normal  0.766346 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4327  transcriptional activator domain-containing protein  29.11 
 
 		 1029 aa  196  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.425746 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1406  transcriptional activator domain-containing protein  30.2 
 
 		 1067 aa  188  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 1193 aa  186  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3289  SARP family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 1116 aa  170  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.16943  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3364  transcriptional activator domain  31.64 
 
 		 1118 aa  162  3e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4424  transcriptional activator domain-containing protein  28.05 
 
 		 1055 aa  160  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.518741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3408  transcriptional activator domain protein  31.42 
 
 		 1118 aa  158  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2428  transcriptional regulator, SARP family  33.06 
 
 		 494 aa  157  8e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4724  transcriptional activator domain-containing protein  26.85 
 
 		 713 aa  152  4e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1636  TPR repeat transcriptional activator domain-containing protein  28.73 
 
 		 1126 aa  146  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3347  transcriptional activator domain-containing protein  31.53 
 
 		 1109 aa  145  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2730  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  28.07 
 
 		 1429 aa  135  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.225426  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0795  transcriptional regulator, LuxR family  36.2 
 
 		 983 aa  134  1.0000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2962  transcriptional activator domain protein  27.56 
 
 		 1013 aa  132  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000192637 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3683  transcriptional activator domain-containing protein  25.05 
 
 		 1034 aa  131  8.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00198659  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4382  regulatory protein, LuxR  33.48 
 
 		 1006 aa  126  2e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.172901  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6794  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 723 aa  120  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0773  transcriptional regulator, LuxR family  30.64 
 
 		 967 aa  118  6e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1046  transcriptional activator domain protein  29.18 
 
 		 1143 aa  115  4.0000000000000004e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.203225 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3318  serine/threonine protein kinase  29.98 
 
 		 1403 aa  115  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0363788 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1630  SARP family transcriptional regulator  28.6 
 
 		 1089 aa  115  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0215  transcriptional activator domain protein  29.19 
 
 		 1163 aa  113  2.0000000000000002e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.6802 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1015  SARP family transcriptional regulator  27.77 
 
 		 1216 aa  113  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3681  SARP family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 1217 aa  112  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.134161  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5023  transcriptional regulator, LuxR family  31.42 
 
 		 982 aa  112  3e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  32.98 
 
 		 954 aa  112  3e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2662  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.53 
 
 		 1422 aa  112  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5333  transcriptional regulator, LuxR family  33.07 
 
 		 992 aa  111  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2581  transcriptional activator domain-containing protein  27.77 
 
 		 1183 aa  111  7.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.808302  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0361  LuxR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 973 aa  110  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3549  transcriptional regulator, LuxR family  30.85 
 
 		 1022 aa  110  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.642921  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6648  adenylate/guanylate cyclase  29.48 
 
 		 1048 aa  108  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.119419 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2227  XRE family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 1015 aa  108  7e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5349  transcriptional regulator, LuxR family  32.24 
 
 		 900 aa  106  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0835513  normal  0.0775284 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3701  SARP family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 1064 aa  105  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000037794 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0315  SARP family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 648 aa  103  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.658605  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6475  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28.64 
 
 		 1175 aa  102  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.928071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2685  adenylate/guanylate cyclase  24.28 
 
 		 1093 aa  102  5e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.111623 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2154  transcriptional activator domain protein  26.53 
 
 		 1139 aa  101  7e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0522112 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3277  transcriptional regulator, LuxR family  32.09 
 
 		 970 aa  100  1e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.737282  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6796  transcriptional regulator  28.84 
 
 		 1118 aa  100  2e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3287  transcriptional activator domain protein  31.76 
 
 		 1044 aa  99.8  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0920226  hitchhiker  0.00000903469 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2832  transcriptional regulator, SARP family  29.87 
 
 		 1145 aa  98.2  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7187  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 1198 aa  98.2  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5181  adenylate/guanylate cyclase  26.05 
 
 		 1227 aa  98.2  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.454407  normal  0.397726 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2953  transcriptional regulator, LuxR family  32.01 
 
 		 901 aa  97.4  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3586  adenylate/guanylate cyclase  23.91 
 
 		 1123 aa  96.3  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0258664  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0337  transcriptional regulator, SARP family  30.59 
 
 		 647 aa  96.3  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4365  serine/threonine protein kinase  26.69 
 
 		 1398 aa  95.9  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161943  normal  0.271622 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1757  transcriptional regulator, LuxR family  29.61 
 
 		 993 aa  94.4  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.790916  normal  0.333807 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7631  ATPase-like protein  28 
 
 		 1123 aa  94  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.289533  normal  0.197233 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3945  serine/threonine protein kinase  28.31 
 
 		 1402 aa  94.4  1e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0258209  decreased coverage  0.00379805 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0326  transcriptional regulator, SARP family  30.08 
 
 		 647 aa  92.8  3e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6020  multi-sensor signal transduction multi-kinase  26.13 
 
 		 1666 aa  92.8  3e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1458  adenylate/guanylate cyclase  31.77 
 
 		 1271 aa  92.8  3e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0749  transcriptional activator domain protein  28.3 
 
 		 1090 aa  92.4  4e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1683  sterile alpha motif-containing protein  27.06 
 
 		 1122 aa  92.4  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122095  normal  0.480972 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4653  transcriptional regulator  27.08 
 
 		 1148 aa  91.7  6e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.346184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0744  ATPase-like protein  29.25 
 
 		 1054 aa  91.7  8e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5030  transcriptional activator domain-containing protein  28.08 
 
 		 1056 aa  90.9  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.311949  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4935  tetratricopeptide TPR_4  29.46 
 
 		 1029 aa  90.1  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.179334 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1416  SARP family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 1141 aa  89.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1434  SARP family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 1141 aa  89.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1815  transcriptional regulator  28.27 
 
 		 1141 aa  89.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0114746 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2954  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  27.41 
 
 		 1146 aa  89.7  3e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00262132  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7885  ATPase-like protein  27.61 
 
 		 1121 aa  89.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.811946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4593  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.09 
 
 		 1141 aa  88.6  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1786  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.16 
 
 		 1081 aa  88.6  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.145933 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6954  transcriptional regulator, LuxR family  26.54 
 
 		 1005 aa  88.6  7e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2785  transcriptional regulator, LuxR family  30.49 
 
 		 1013 aa  88.2  8e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1470  SARP family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 1141 aa  88.2  8e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3624  transcriptional regulator, LuxR family  28.72 
 
 		 927 aa  87.4  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0498  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  29.26 
 
 		 1150 aa  87  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.813194  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1960  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.54 
 
 		 1080 aa  86.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5436  transcriptional regulator, LuxR family  27.4 
 
 		 959 aa  87  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00800009 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3193  LuxR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 895 aa  86.3  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0256  TPR repeat-containing protein  24.09 
 
 		 1298 aa  86.3  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4524  adenylate/guanylate cyclase  24.69 
 
 		 1105 aa  85.9  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2548  transcriptional regulator, SARP family  30.39 
 
 		 992 aa  85.5  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.709979  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1068  transcriptional regulator, LuxR family  30.07 
 
 		 966 aa  85.5  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2669  winged helix family transcriptional regulator ATPase  30.22 
 
 		 1123 aa  85.5  0.000000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940937  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0926  transcriptional regulator, LuxR family  27.87 
 
 		 999 aa  85.1  0.000000000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0223661 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1559  ATPase-like protein  31.44 
 
 		 916 aa  84.3  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0078  transcriptional activator domain-containing protein  28.16 
 
 		 914 aa  83.6  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.323405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0446  transcriptional regulator, LuxR family  33.79 
 
 		 963 aa  83.2  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00639292 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2276  transcriptional regulator, LuxR family  27.92 
 
 		 928 aa  83.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.169085  normal  0.573117 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0735  ATPase-like protein  30.11 
 
 		 1118 aa  82.8  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1272  transcriptional regulator, LuxR family  31.11 
 
 		 967 aa  83.2  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.47802  normal  0.275164 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2323  regulatory protein LuxR  28.5 
 
 		 955 aa  82.8  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3612  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.86 
 
 		 1089 aa  82.4  0.00000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.758157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2768  SARP family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 1050 aa  82  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1771  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.55 
 
 		 1403 aa  82  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00900617  normal  0.173635 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3066  serine/threonine protein kinase  28.87 
 
 		 1311 aa  80.9  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454085  normal  0.0824446 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3812  transcriptional regulator, LuxR family  30.18 
 
 		 927 aa  80.9  0.0000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142204  normal  0.0901624 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  25.25 
 
 		 1774 aa  80.1  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3369  transcriptional regulator, LuxR family  29.29 
 
 		 872 aa  80.5  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.217794 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6166  transcriptional regulator, SARP family  27.7 
 
 		 1036 aa  80.1  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000170258  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  28.93 
 
 		 998 aa  79.3  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>