More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_0063 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0063  transcriptional regulator  100 
 
 
1190 aa  2328    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82825  normal  0.766346 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  80.07 
 
 
1193 aa  1788    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4928  transcriptional activator domain-containing protein  32.37 
 
 
1075 aa  195  4e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.66885  normal  0.971064 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4327  transcriptional activator domain-containing protein  29.05 
 
 
1029 aa  179  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.425746 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1406  transcriptional activator domain-containing protein  29.65 
 
 
1067 aa  171  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1636  TPR repeat transcriptional activator domain-containing protein  29.1 
 
 
1126 aa  161  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4424  transcriptional activator domain-containing protein  28.43 
 
 
1055 aa  161  9e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.518741  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2227  XRE family transcriptional regulator  31.78 
 
 
1015 aa  160  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2428  transcriptional regulator, SARP family  32.06 
 
 
494 aa  158  7e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3289  SARP family transcriptional regulator  28.32 
 
 
1116 aa  154  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.16943  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7631  ATPase-like protein  29.93 
 
 
1123 aa  150  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.289533  normal  0.197233 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7885  ATPase-like protein  29.36 
 
 
1121 aa  147  1e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.811946  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2669  winged helix family transcriptional regulator ATPase  30.01 
 
 
1123 aa  143  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940937  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2962  transcriptional activator domain protein  28.26 
 
 
1013 aa  143  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000192637 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3364  transcriptional activator domain  28.73 
 
 
1118 aa  142  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3408  transcriptional activator domain protein  28.73 
 
 
1118 aa  141  6e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  37.01 
 
 
1204 aa  141  6e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3683  transcriptional activator domain-containing protein  25.84 
 
 
1034 aa  137  1.9999999999999998e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00198659  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0215  transcriptional activator domain protein  28.67 
 
 
1163 aa  127  1e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.6802 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4285  ATPase-like protein  27.73 
 
 
1114 aa  126  3e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.660299  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3347  transcriptional activator domain-containing protein  27.57 
 
 
1109 aa  125  6e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4843  SARP family transcriptional regulator  28.17 
 
 
1151 aa  124  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0675424  hitchhiker  0.00881271 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0060  transcriptional activator domain-containing protein  34.8 
 
 
1145 aa  123  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  32.68 
 
 
1097 aa  122  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4724  transcriptional activator domain-containing protein  26.16 
 
 
713 aa  119  1.9999999999999998e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1953  transcriptional activator domain protein  30.86 
 
 
1083 aa  116  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247822 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0699  transcriptional activator domain-containing protein  32.28 
 
 
1094 aa  115  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00060152 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4345  transcriptional activator domain-containing protein  31.37 
 
 
1095 aa  115  5e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663384 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1046  transcriptional activator domain protein  29.37 
 
 
1143 aa  114  8.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.203225 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4593  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.37 
 
 
1141 aa  114  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2600  transcriptional activator domain protein  34.54 
 
 
1108 aa  114  1.0000000000000001e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1430  adenylate/guanylate cyclase  28.07 
 
 
1160 aa  114  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0380252  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2662  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  29.34 
 
 
1422 aa  114  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4653  transcriptional regulator  27.67 
 
 
1148 aa  113  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.346184  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6794  transcriptional regulator  27.97 
 
 
723 aa  113  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5445  transcriptional regulator  30.27 
 
 
1161 aa  112  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.202606 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1630  SARP family transcriptional regulator  27.76 
 
 
1089 aa  112  6e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  33.43 
 
 
1733 aa  111  9.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6308  serine/threonine protein kinase  29.4 
 
 
1235 aa  111  1e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6796  transcriptional regulator  27.35 
 
 
1118 aa  110  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1470  SARP family transcriptional regulator  27.61 
 
 
1141 aa  109  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5333  transcriptional regulator, LuxR family  30.12 
 
 
992 aa  109  3e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6166  transcriptional regulator, SARP family  26.63 
 
 
1036 aa  108  6e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000170258  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1068  transcriptional regulator, LuxR family  32.43 
 
 
966 aa  108  7e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1416  SARP family transcriptional regulator  27.45 
 
 
1141 aa  108  7e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1434  SARP family transcriptional regulator  27.45 
 
 
1141 aa  108  7e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0749  transcriptional activator domain protein  28.29 
 
 
1090 aa  108  9e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0590  transcriptional activator domain protein  32.27 
 
 
1163 aa  107  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.422877 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2581  transcriptional activator domain-containing protein  28.85 
 
 
1183 aa  105  4e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.808302  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0498  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  29.71 
 
 
1150 aa  105  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.813194  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  32.07 
 
 
1093 aa  105  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1815  transcriptional regulator  26.72 
 
 
1141 aa  104  8e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0114746 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5817  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  24.62 
 
 
1117 aa  103  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.987754  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2730  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  26.03 
 
 
1429 aa  103  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.225426  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6723  adenylate/guanylate cyclase  25.97 
 
 
1148 aa  103  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  31.39 
 
 
954 aa  103  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5465  SARP family transcriptional regulator  33.33 
 
 
775 aa  102  6e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  23.32 
 
 
1826 aa  101  8e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2154  transcriptional activator domain protein  25.82 
 
 
1139 aa  101  9e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0522112 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3295  multi-sensor signal transduction multi-kinase  22.78 
 
 
1774 aa  100  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0735  ATPase-like protein  28.91 
 
 
1118 aa  101  1e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  27.4 
 
 
1712 aa  99  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6648  adenylate/guanylate cyclase  27.08 
 
 
1048 aa  98.2  8e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.119419 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0773  transcriptional regulator, LuxR family  29.52 
 
 
967 aa  97.8  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2832  transcriptional regulator, SARP family  29.45 
 
 
1145 aa  97.1  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  27.57 
 
 
999 aa  96.7  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0405  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28.09 
 
 
1291 aa  96.3  3e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2737  transcriptional activator domain-containing protein  31.66 
 
 
1102 aa  96.7  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.247337  normal  0.588178 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0836  ATPase-like protein  30.93 
 
 
1017 aa  95.5  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.748531  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3945  serine/threonine protein kinase  29.57 
 
 
1402 aa  95.1  7e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0258209  decreased coverage  0.00379805 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5677  transcriptional regulator, SARP family  29.95 
 
 
965 aa  94  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1512  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  28.74 
 
 
561 aa  94.4  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0226395 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3701  SARP family transcriptional regulator  32.16 
 
 
1064 aa  94.4  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000037794 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0361  LuxR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
973 aa  93.6  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1563  multi-sensor signal transduction multi-kinase  25.57 
 
 
1822 aa  93.2  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0557891 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1110  transcriptional activator domain-containing protein  30.28 
 
 
1082 aa  93.6  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4191  SARP family transcriptional regulator  29.84 
 
 
621 aa  92.4  4e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000808201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  27.98 
 
 
1710 aa  92  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2178  transcriptional activator domain-containing protein  32.58 
 
 
278 aa  91.3  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1683  sterile alpha motif-containing protein  28.18 
 
 
1122 aa  91.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122095  normal  0.480972 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7741  transcriptional regulator, SARP family  31.42 
 
 
1013 aa  90.5  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0132103  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1468  transcriptional regulator, winged helix family  31.89 
 
 
969 aa  90.1  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.119057  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1025  ATPase-like protein  31.6 
 
 
1055 aa  90.1  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0472281  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5617  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  26.84 
 
 
1151 aa  89.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.413675 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  24.78 
 
 
1774 aa  89.7  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5691  transcriptional regulator, SARP family  29.82 
 
 
956 aa  89.7  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1771  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.04 
 
 
1403 aa  89.7  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00900617  normal  0.173635 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1960  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.73 
 
 
1080 aa  89.4  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2685  adenylate/guanylate cyclase  25.62 
 
 
1093 aa  89.4  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.111623 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3806  SARP family transcriptional regulator  28.57 
 
 
423 aa  89.4  4e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0119583  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3612  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.18 
 
 
1089 aa  89.4  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.758157  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2867  response regulator receiver protein  32.1 
 
 
449 aa  89.4  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6166  adenylate/guanylate cyclase  27.99 
 
 
1139 aa  88.6  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0315  SARP family transcriptional regulator  27.03 
 
 
648 aa  88.6  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.658605  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4528  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  26.94 
 
 
1668 aa  87.8  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0173  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  25.4 
 
 
1111 aa  87.8  0.000000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0243  transcriptional activator domain protein  28.25 
 
 
1083 aa  87  0.000000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5834  adenylate/guanylate cyclase  26.41 
 
 
1151 aa  87  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6221  transcriptional regulator, SARP family  33.15 
 
 
931 aa  86.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3528  transcriptional regulator, winged helix family  31.63 
 
 
1005 aa  86.7  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.105108  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>