More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2227 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_2227  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
1015 aa  2031    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1406  transcriptional activator domain-containing protein  30.29 
 
 
1067 aa  184  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4327  transcriptional activator domain-containing protein  27.16 
 
 
1029 aa  166  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.425746 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  31.24 
 
 
1193 aa  164  6e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0063  transcriptional regulator  31.78 
 
 
1190 aa  164  7e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82825  normal  0.766346 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3586  adenylate/guanylate cyclase  28.57 
 
 
1123 aa  161  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0258664  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1636  TPR repeat transcriptional activator domain-containing protein  29.34 
 
 
1126 aa  161  7e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0256  TPR repeat-containing protein  27.54 
 
 
1298 aa  156  2e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636433  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4593  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.87 
 
 
1141 aa  152  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3549  transcriptional regulator, LuxR family  32.34 
 
 
1022 aa  148  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.642921  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4424  transcriptional activator domain-containing protein  29.37 
 
 
1055 aa  142  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.518741  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  24.73 
 
 
1020 aa  141  4.999999999999999e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2962  transcriptional activator domain protein  31.87 
 
 
1013 aa  139  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000192637 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3683  transcriptional activator domain-containing protein  30.25 
 
 
1034 aa  139  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00198659  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1430  adenylate/guanylate cyclase  27.01 
 
 
1160 aa  139  2e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0380252  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6308  serine/threonine protein kinase  30.8 
 
 
1235 aa  137  7.000000000000001e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1458  adenylate/guanylate cyclase  25.86 
 
 
1271 aa  135  5e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4935  tetratricopeptide TPR_4  30.27 
 
 
1029 aa  134  6e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.179334 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0405  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  28.21 
 
 
1291 aa  134  9e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6723  adenylate/guanylate cyclase  28.29 
 
 
1148 aa  133  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2730  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  25.4 
 
 
1429 aa  130  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.225426  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0773  transcriptional regulator, LuxR family  25.98 
 
 
967 aa  129  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1600  ATPase-like protein  29.78 
 
 
1071 aa  127  8.000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1771  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.98 
 
 
1403 aa  127  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00900617  normal  0.173635 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2685  adenylate/guanylate cyclase  22.95 
 
 
1093 aa  126  2e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.111623 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  26.78 
 
 
998 aa  126  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5333  transcriptional regulator, LuxR family  29.12 
 
 
992 aa  126  3e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1683  sterile alpha motif-containing protein  27.35 
 
 
1122 aa  126  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122095  normal  0.480972 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0795  transcriptional regulator, LuxR family  27.8 
 
 
983 aa  125  4e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2662  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  28.51 
 
 
1422 aa  125  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3612  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  24.36 
 
 
1089 aa  124  8e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.758157  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3641  adenylate/guanylate cyclase  27.76 
 
 
1138 aa  124  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.595732  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5023  transcriptional regulator, LuxR family  28.54 
 
 
982 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4524  adenylate/guanylate cyclase  26.79 
 
 
1105 aa  123  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1020  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  23.9 
 
 
1441 aa  122  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1262  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  29.1 
 
 
1055 aa  122  3e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0744  ATPase-like protein  31.36 
 
 
1054 aa  120  9e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4724  transcriptional activator domain-containing protein  29.26 
 
 
713 aa  120  9.999999999999999e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5633  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  25.27 
 
 
1131 aa  119  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6796  transcriptional regulator  29.72 
 
 
1118 aa  118  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1960  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  24 
 
 
1080 aa  118  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  29.49 
 
 
954 aa  117  7.999999999999999e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3318  serine/threonine protein kinase  27.6 
 
 
1403 aa  116  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0363788 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6794  transcriptional regulator  28.67 
 
 
723 aa  116  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0361  LuxR family transcriptional regulator  24.32 
 
 
973 aa  117  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6166  adenylate/guanylate cyclase  27.31 
 
 
1139 aa  115  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5834  adenylate/guanylate cyclase  29 
 
 
1151 aa  115  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5617  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  29 
 
 
1151 aa  115  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.413675 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4834  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.89 
 
 
1149 aa  114  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.519309  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1757  transcriptional regulator, LuxR family  25.86 
 
 
993 aa  114  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.790916  normal  0.333807 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2931  ATPase-like protein  30.77 
 
 
1051 aa  113  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.111498  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1546  Protein of unknown function DUF835  21.36 
 
 
1147 aa  112  5e-23  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.933731  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1786  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  24.46 
 
 
1081 aa  112  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.145933 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0926  transcriptional regulator, LuxR family  27.69 
 
 
999 aa  110  9.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0223661 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2256  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  23.75 
 
 
1295 aa  110  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3289  SARP family transcriptional regulator  27.6 
 
 
1116 aa  110  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.16943  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0044  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  23.9 
 
 
1360 aa  110  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0143745  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4588  TPR repeat-containing adenylate/guanylate cyclase  27.08 
 
 
1096 aa  107  8e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537027  normal  0.92591 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1181  ATPase, putative adenylate/guanylate cyclase activity  26.87 
 
 
1134 aa  107  9e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5349  transcriptional regulator, LuxR family  28.54 
 
 
900 aa  107  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0835513  normal  0.0775284 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0048  adenylate/guanylate cyclase  26.57 
 
 
1142 aa  106  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1068  transcriptional regulator, LuxR family  27.63 
 
 
966 aa  106  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7278  adenylate/guanylate cyclase  26.79 
 
 
1094 aa  106  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.137597 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6954  transcriptional regulator, LuxR family  24.35 
 
 
1005 aa  105  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3295  multi-sensor signal transduction multi-kinase  22.83 
 
 
1774 aa  105  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2785  transcriptional regulator, LuxR family  27.82 
 
 
1013 aa  105  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3945  serine/threonine protein kinase  28.63 
 
 
1402 aa  105  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0258209  decreased coverage  0.00379805 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1238  adenylate/guanylate cyclase  27.23 
 
 
1050 aa  105  5e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.431531  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1255  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.23 
 
 
1050 aa  105  5e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.922944 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2406  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.64 
 
 
852 aa  105  6e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.369938  normal  0.385932 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1416  SARP family transcriptional regulator  25.23 
 
 
1141 aa  104  7e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1434  SARP family transcriptional regulator  25.23 
 
 
1141 aa  104  7e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7885  ATPase-like protein  29.73 
 
 
1121 aa  104  7e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.811946  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1998  transcriptional regulator, LuxR family  27.45 
 
 
956 aa  104  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0120259  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1544  ATP-binding region ATPase domain protein  28.3 
 
 
1710 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1470  SARP family transcriptional regulator  25.23 
 
 
1141 aa  103  1e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5519  serine/threonine protein kinase  24.84 
 
 
1188 aa  103  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2398  ATP-binding region ATPase domain protein  28.08 
 
 
1712 aa  103  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.623096  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4346  LuxR family transcriptional regulator  26.89 
 
 
1030 aa  103  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2669  winged helix family transcriptional regulator ATPase  27.96 
 
 
1123 aa  102  4e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940937  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2984  PAS sensor protein  27.63 
 
 
2109 aa  102  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.591507  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4928  transcriptional activator domain-containing protein  28.8 
 
 
1075 aa  101  8e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.66885  normal  0.971064 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0761  LuxR family transcriptional regulator  24.67 
 
 
881 aa  100  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0601  adenylate/guanylate cyclase  27.11 
 
 
1063 aa  99.8  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8304  transcriptional regulator, LuxR family  24.42 
 
 
1084 aa  99  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  19.29 
 
 
1826 aa  99  4e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6475  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  24.25 
 
 
1175 aa  98.6  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.928071  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6020  multi-sensor signal transduction multi-kinase  25.3 
 
 
1666 aa  98.6  5e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0684  transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 
779 aa  98.6  5e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5817  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  23.65 
 
 
1117 aa  98.2  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.987754  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  21.57 
 
 
1808 aa  97.4  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2417  transcriptional regulator, LuxR family  29.22 
 
 
998 aa  96.7  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0109186  decreased coverage  0.00199562 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3437  regulatory protein LuxR  27.45 
 
 
955 aa  96.7  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.756741  normal  0.0840262 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0498  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  31.07 
 
 
1150 aa  96.7  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.813194  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0183  protein kinase  27.65 
 
 
1697 aa  95.5  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7631  ATPase-like protein  27.84 
 
 
1123 aa  95.9  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.289533  normal  0.197233 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4653  transcriptional regulator  25.26 
 
 
1148 aa  95.1  5e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.346184  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1559  ATPase-like protein  28.81 
 
 
916 aa  95.1  6e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4382  regulatory protein, LuxR  27.05 
 
 
1006 aa  95.1  6e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.172901  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2803  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  24.95 
 
 
1805 aa  94.7  7e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.70885 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>