More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3178 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3178  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
1074 aa  1984    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00421599  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3297  transcriptional regulator, LuxR family  38.74 
 
 
908 aa  300  1e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.19391  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4833  LuxR family transcriptional regulator  45.77 
 
 
994 aa  297  9e-79  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.010143 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2761  regulatory protein, LuxR  44.26 
 
 
943 aa  249  2e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.208507  hitchhiker  0.00706127 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3795  ATPase-like protein  43.41 
 
 
925 aa  246  9.999999999999999e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.978971  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2696  transcriptional regulator, LuxR family  43.95 
 
 
931 aa  224  8e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.704955  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2716  transcriptional regulator, LuxR family  41.98 
 
 
941 aa  223  9.999999999999999e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0000419619  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29900  transcriptional regulator, luxR family  40.82 
 
 
855 aa  216  9.999999999999999e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.500705 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1178  transcriptional regulator, LuxR family  43.29 
 
 
1104 aa  105  4e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00127631  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1126  transcriptional regulator, LuxR family  37.22 
 
 
951 aa  97.4  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.590234  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5782  transcriptional regulator, LuxR family  34.26 
 
 
974 aa  94.7  9e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.239906  normal  0.713448 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4558  transcriptional regulator, LuxR family  35.62 
 
 
952 aa  90.1  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.025168  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0554  transcriptional regulator, LuxR family  34.51 
 
 
948 aa  86.7  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.585074  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2417  transcriptional regulator, LuxR family  37.94 
 
 
998 aa  87  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0109186  decreased coverage  0.00199562 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1095  transcriptional regulator, LuxR family  40.74 
 
 
919 aa  79.7  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.860504  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1434  transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 
943 aa  77  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271758  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5220  transcriptional regulator, LuxR family  43.88 
 
 
960 aa  73.9  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4559  LuxR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
877 aa  73.6  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0332938 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3644  transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 
946 aa  72.4  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.690733 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0556  regulatory protein, LuxR  34.41 
 
 
919 aa  72.4  0.00000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.108557 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1706  transcriptional regulator, LuxR family  38.06 
 
 
913 aa  70.9  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0566  LuxR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
919 aa  71.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0578  regulatory protein, LuxR  34.41 
 
 
919 aa  71.2  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353611  normal  0.0294129 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0281  transcriptional regulator, LuxR family  45.38 
 
 
947 aa  70.5  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3616  transcriptional regulator, LuxR family  34.9 
 
 
923 aa  68.2  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1370  LuxR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
881 aa  67.4  0.000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1388  LuxR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
881 aa  67.4  0.000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0315811  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1404  LuxR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
876 aa  67  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4474  regulatory protein, LuxR  37.93 
 
 
977 aa  67.4  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0017385 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1429  transcriptional regulator, LuxR family  34.92 
 
 
932 aa  66.2  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2421  transcriptional regulator, LuxR family  34 
 
 
939 aa  65.5  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.924633  normal  0.0586657 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3625  transcriptional regulator, LuxR family  58.82 
 
 
925 aa  65.1  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1890  transcriptional regulator, LuxR family  37.28 
 
 
929 aa  65.1  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506714  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2089  transcriptional regulator, LuxR family  42.27 
 
 
959 aa  64.7  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.840433 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2042  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  35.1 
 
 
947 aa  63.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5781  transcriptional regulator, LuxR family  35.02 
 
 
895 aa  62  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2245  transcriptional regulator, LuxR family  42.2 
 
 
956 aa  61.6  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.00000425814  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1156  regulatory protein, LuxR  48.28 
 
 
900 aa  62  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0131958 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2325  regulatory protein LuxR  38.24 
 
 
923 aa  61.2  0.00000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1778  regulatory protein, LuxR  44.44 
 
 
917 aa  60.8  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4595  transcriptional regulator, LuxR family  46.67 
 
 
995 aa  61.2  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.131343  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1300  transcriptional regulator, LuxR family  31.78 
 
 
910 aa  61.2  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.632041  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2326  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.59 
 
 
981 aa  60.8  0.0000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00645479 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5349  transcriptional regulator, LuxR family  40.52 
 
 
900 aa  60.5  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0835513  normal  0.0775284 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1223  LuxR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
907 aa  59.7  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1998  transcriptional regulator, LuxR family  37.72 
 
 
956 aa  59.7  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0120259  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4595  regulatory protein, LuxR  56 
 
 
336 aa  59.7  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.878319  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2041  transcriptional regulator, LuxR family  36.7 
 
 
927 aa  59.3  0.0000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111867  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1292  transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 
845 aa  58.5  0.0000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000215082 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4275  transcriptional regulator, LuxR family  34.97 
 
 
894 aa  58.5  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3154  transcriptional regulator, LuxR family  45.07 
 
 
1089 aa  58.9  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.639432 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1351  response regulator receiver protein  34.75 
 
 
189 aa  58.9  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.631825  normal  0.574707 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4504  regulatory protein, LuxR  38.82 
 
 
929 aa  58.5  0.0000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0559  transcriptional regulator, LuxR family  36.17 
 
 
788 aa  58.5  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4029  ATPase-like protein  50.85 
 
 
758 aa  58.5  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00633058  normal  0.086403 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4896  ATPase-like protein  40.45 
 
 
957 aa  58.2  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0338073  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5653  regulatory protein, LuxR  32.16 
 
 
921 aa  57.4  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.794643  normal  0.376605 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6795  LuxR family transcriptional regulator  49.12 
 
 
889 aa  57.8  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.26152  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5800  ATPase-like protein  33.68 
 
 
919 aa  57.4  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.168685 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3551  cyclic nucleotide-binding protein  49.18 
 
 
1001 aa  57.8  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5590  transcriptional regulator, LuxR family  34.72 
 
 
940 aa  57  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.508462  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3668  response regulator receiver protein  37.04 
 
 
541 aa  57  0.000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.563914  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2286  regulatory protein LuxR  40.45 
 
 
961 aa  56.2  0.000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0324  transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 
938 aa  56.2  0.000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0012  transcriptional regulator, LuxR family  31.31 
 
 
928 aa  56.6  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.111668  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4346  LuxR family transcriptional regulator  34.46 
 
 
1030 aa  56.2  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4161  regulatory protein LuxR  31.09 
 
 
893 aa  56.6  0.000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.339617  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36850  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  45.9 
 
 
836 aa  56.2  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.116502 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 
258 aa  56.6  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1080  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  50.91 
 
 
823 aa  55.8  0.000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4600  ATPase-like protein  48.28 
 
 
963 aa  56.2  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0703519 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0072  LuxR family transcriptional regulator  50.82 
 
 
1000 aa  56.2  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.996458  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0180  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.48 
 
 
216 aa  55.5  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.245465  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3624  transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 
927 aa  55.8  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2045  LuxR family transcriptional regulator  37.72 
 
 
547 aa  55.8  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.55454  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1863  regulatory protein, LuxR  43.86 
 
 
919 aa  55.5  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.12017  normal  0.973352 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4229  transcriptional regulator, LuxR family  34.88 
 
 
923 aa  55.1  0.000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.099423 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3197  transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 
876 aa  55.5  0.000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27950  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  33.86 
 
 
923 aa  55.1  0.000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81499  normal  0.031015 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0163  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.17 
 
 
213 aa  55.1  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.107009  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3106  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  39.47 
 
 
239 aa  54.7  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1222  LuxR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
926 aa  55.1  0.000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5305  regulatory protein, LuxR  33.67 
 
 
937 aa  55.1  0.000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8709  ATPase-like protein  31.82 
 
 
928 aa  55.1  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0707  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 
270 aa  54.7  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4923  LuxR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
937 aa  54.7  0.000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.360996  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2323  regulatory protein LuxR  48.15 
 
 
955 aa  54.7  0.000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5012  regulatory protein, LuxR  33.67 
 
 
937 aa  54.7  0.000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.981168 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19250  transcriptional regulator, LuxR family  32.17 
 
 
894 aa  54.7  0.000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.368916  normal  0.454776 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4236  transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 
905 aa  54.3  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.427598  normal  0.524249 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1559  ATPase-like protein  39.66 
 
 
916 aa  54.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8714  response regulator receiver protein  38.1 
 
 
936 aa  53.9  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0645  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.23 
 
 
220 aa  54.3  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.691779  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02400  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  47.17 
 
 
255 aa  54.7  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5023  transcriptional regulator, LuxR family  37.3 
 
 
982 aa  54.3  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5449  regulatory protein, LuxR  37 
 
 
929 aa  54.3  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.651418  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2291  regulatory protein LuxR  43.1 
 
 
934 aa  54.3  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0277  response regulator receiver protein  39.39 
 
 
833 aa  54.7  0.00001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5142  transcriptional regulator, LuxR family  31.03 
 
 
953 aa  54.3  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4471  transcriptional regulator, LuxR family  43.1 
 
 
680 aa  54.3  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.129361 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>