More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_3625 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_3616  transcriptional regulator, LuxR family  47.89 
 
 
923 aa  665    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3625  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
925 aa  1826    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4236  transcriptional regulator, LuxR family  41.84 
 
 
905 aa  489  1e-137  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.427598  normal  0.524249 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8709  ATPase-like protein  40.61 
 
 
928 aa  491  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1214  regulatory protein, LuxR  39.25 
 
 
930 aa  468  9.999999999999999e-131  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.428987 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5002  regulatory protein, LuxR  40.04 
 
 
940 aa  464  1e-129  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5449  regulatory protein, LuxR  39.76 
 
 
929 aa  459  1e-127  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.651418  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4923  LuxR family transcriptional regulator  39.7 
 
 
937 aa  452  1e-125  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.360996  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5012  regulatory protein, LuxR  39.7 
 
 
937 aa  452  1e-125  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.981168 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5143  transcriptional regulator, LuxR family  39.24 
 
 
903 aa  451  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.497829  normal  0.980659 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5305  regulatory protein, LuxR  39.32 
 
 
937 aa  446  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8714  response regulator receiver protein  38.28 
 
 
936 aa  420  1e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3038  LuxR family transcriptional regulator  38.58 
 
 
950 aa  404  1e-111  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4238  transcriptional regulator, LuxR family  38.52 
 
 
919 aa  401  9.999999999999999e-111  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.5259 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4275  transcriptional regulator, LuxR family  37.55 
 
 
894 aa  397  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5144  transcriptional regulator, LuxR family  39.7 
 
 
918 aa  398  1e-109  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0156919  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5800  ATPase-like protein  36.45 
 
 
919 aa  384  1e-105  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.168685 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0012  transcriptional regulator, LuxR family  35.86 
 
 
928 aa  379  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.111668  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9261  ATPase-like protein  36.95 
 
 
884 aa  364  3e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2041  transcriptional regulator, LuxR family  35.24 
 
 
927 aa  342  2.9999999999999998e-92  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.111867  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0415  transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 
911 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0265  transcriptional regulator, LuxR family  36.37 
 
 
946 aa  327  5e-88  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.693441  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4682  transcriptional regulator, LuxR family  35.04 
 
 
940 aa  321  3.9999999999999996e-86  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2594  transcriptional regulator, LuxR family  34.55 
 
 
920 aa  308  3e-82  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2085  LuxR family ATP-dependent transcriptional regulator  34.67 
 
 
913 aa  300  7e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.741908 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0968  transcriptional regulator, LuxR family  36.21 
 
 
938 aa  289  2e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3624  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
927 aa  285  2.0000000000000002e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3871  regulatory protein, LuxR  33.16 
 
 
913 aa  281  4e-74  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.760244  normal  0.907756 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2323  regulatory protein LuxR  32.91 
 
 
955 aa  270  8e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1778  regulatory protein, LuxR  31.75 
 
 
917 aa  266  1e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2697  transcriptional regulator, LuxR family  33.41 
 
 
910 aa  259  1e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.280211 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2291  regulatory protein LuxR  32.49 
 
 
934 aa  254  7e-66  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3419  transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 
909 aa  249  2e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00522021 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1706  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
913 aa  248  4.9999999999999997e-64  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2286  regulatory protein LuxR  32.96 
 
 
961 aa  245  1.9999999999999999e-63  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6795  LuxR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
889 aa  244  5e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.26152  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5515  response regulator receiver protein  33.19 
 
 
879 aa  238  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0430285  normal  0.701277 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4595  transcriptional regulator, LuxR family  31.87 
 
 
995 aa  236  2.0000000000000002e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.131343  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2276  transcriptional regulator, LuxR family  40.27 
 
 
928 aa  229  3e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.169085  normal  0.573117 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3893  transcriptional regulator, LuxR family  42.18 
 
 
904 aa  209  2e-52  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5780  ATPase-like protein  41.24 
 
 
884 aa  185  3e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.673084  normal  0.283038 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27950  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  29.96 
 
 
923 aa  181  7e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81499  normal  0.031015 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4229  transcriptional regulator, LuxR family  35.56 
 
 
923 aa  181  8e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.099423 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2729  regulatory protein LuxR  38 
 
 
892 aa  178  5e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.805372  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1890  transcriptional regulator, LuxR family  34.43 
 
 
929 aa  176  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.506714  normal  0.719008 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5653  regulatory protein, LuxR  29.71 
 
 
921 aa  171  5e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.794643  normal  0.376605 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0556  regulatory protein, LuxR  28.22 
 
 
919 aa  164  6e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.108557 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5142  transcriptional regulator, LuxR family  35.28 
 
 
953 aa  164  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0566  LuxR family transcriptional regulator  28.11 
 
 
919 aa  162  2e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0578  regulatory protein, LuxR  28.11 
 
 
919 aa  162  2e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353611  normal  0.0294129 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3533  transcriptional regulator, LuxR family  39.61 
 
 
1064 aa  155  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4504  regulatory protein, LuxR  30.97 
 
 
929 aa  150  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0388  transcriptional regulator, LuxR family  34.14 
 
 
916 aa  148  4.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0286476 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5141  Sigma 54 interacting domain protein  42.73 
 
 
240 aa  142  1.9999999999999998e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2467  transcriptional regulator, LuxR family  36.05 
 
 
915 aa  137  7.000000000000001e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.000112421  hitchhiker  0.00668806 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2325  regulatory protein LuxR  37.74 
 
 
923 aa  115  4.0000000000000004e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1970  transcriptional regulator, LuxR family  30.06 
 
 
835 aa  107  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0000157383  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4086  transcriptional regulator, LuxR family  31.51 
 
 
959 aa  106  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.105743  hitchhiker  0.000559176 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2417  transcriptional regulator, LuxR family  38.83 
 
 
998 aa  105  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0109186  decreased coverage  0.00199562 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1156  regulatory protein, LuxR  32.29 
 
 
900 aa  105  5e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0131958 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4474  regulatory protein, LuxR  30.55 
 
 
977 aa  102  4e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0017385 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3812  transcriptional regulator, LuxR family  27.78 
 
 
927 aa  100  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.142204  normal  0.0901624 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5019  transcriptional regulator, LuxR family  32.35 
 
 
916 aa  99.4  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.385321 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0776  regulatory protein, LuxR  28.61 
 
 
921 aa  97.8  9e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0780  LuxR family transcriptional regulator  28.34 
 
 
921 aa  97.4  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0795  regulatory protein, LuxR  28.34 
 
 
921 aa  97.4  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.397823  normal  0.131546 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3644  transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 
946 aa  94.4  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.690733 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1126  transcriptional regulator, LuxR family  37.02 
 
 
951 aa  94  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.590234  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2311  regulatory protein LuxR  30.61 
 
 
922 aa  94  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19250  transcriptional regulator, LuxR family  37.24 
 
 
894 aa  93.2  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.368916  normal  0.454776 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1429  transcriptional regulator, LuxR family  38.69 
 
 
932 aa  92  4e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1370  LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
881 aa  89.7  2e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1388  LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
881 aa  89.7  2e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0315811  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1404  LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 
876 aa  89.7  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5220  transcriptional regulator, LuxR family  29.86 
 
 
960 aa  89.7  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4161  regulatory protein LuxR  37.5 
 
 
893 aa  89  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.339617  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5349  transcriptional regulator, LuxR family  30.45 
 
 
900 aa  88.2  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0835513  normal  0.0775284 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3610  transcriptional regulator, LuxR family  27.95 
 
 
953 aa  87  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0072  LuxR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
1000 aa  86.7  0.000000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.996458  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0554  transcriptional regulator, LuxR family  44.12 
 
 
948 aa  85.9  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.585074  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5782  transcriptional regulator, LuxR family  39.51 
 
 
974 aa  85.5  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.239906  normal  0.713448 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0281  transcriptional regulator, LuxR family  36.55 
 
 
947 aa  85.1  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  28.32 
 
 
954 aa  85.5  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1068  transcriptional regulator, LuxR family  32.81 
 
 
966 aa  83.2  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3894  transcriptional regulator, LuxR family  31.55 
 
 
897 aa  82  0.00000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1300  transcriptional regulator, LuxR family  34.97 
 
 
910 aa  81.3  0.00000000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.632041  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4559  LuxR family transcriptional regulator  45.3 
 
 
877 aa  79.7  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0332938 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0361  LuxR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
973 aa  79.7  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4558  transcriptional regulator, LuxR family  38.27 
 
 
952 aa  78.6  0.0000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.025168  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1351  response regulator receiver protein  31.61 
 
 
189 aa  78.2  0.0000000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.631825  normal  0.574707 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5590  transcriptional regulator, LuxR family  30.58 
 
 
940 aa  77.8  0.0000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.508462  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0063  transcriptional regulator  27.47 
 
 
1190 aa  75.5  0.000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82825  normal  0.766346 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2042  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.86 
 
 
947 aa  71.6  0.00000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2954  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  30.24 
 
 
1146 aa  71.2  0.00000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00262132  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1434  transcriptional regulator, LuxR family  39.81 
 
 
943 aa  69.7  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.271758  normal  0.860557 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5333  transcriptional regulator, LuxR family  26.2 
 
 
992 aa  69.3  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3193  LuxR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
895 aa  68.9  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4020  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
236 aa  68.9  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1682  putative adenylate/guanylate cyclase  31.79 
 
 
1071 aa  68.6  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.114173 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  26.38 
 
 
1193 aa  68.6  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>