More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1194 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  68.16 
 
 		 731 aa  881    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  100 
 
 		 743 aa  1461    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1727  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  67.05 
 
 		 848 aa  640    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.404673 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  54.92 
 
 		 715 aa  693    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  63.09 
 
 		 725 aa  782    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  56.19 
 
 		 723 aa  722    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  57.14 
 
 		 757 aa  697    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.9 
 
 		 662 aa  514  1e-144  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.86 
 
 		 628 aa  403  1e-111  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.27 
 
 		 656 aa  379  1e-103  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.26 
 
 		 657 aa  367  1e-100  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.33 
 
 		 649 aa  362  2e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.85 
 
 		 656 aa  361  3e-98  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.85 
 
 		 636 aa  353  8.999999999999999e-96  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.86 
 
 		 621 aa  352  2e-95  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.14 
 
 		 662 aa  342  2e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  38.95 
 
 		 658 aa  338  2.9999999999999997e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.5 
 
 		 675 aa  335  1e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.34 
 
 		 687 aa  336  1e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.89 
 
 		 677 aa  335  2e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.06 
 
 		 677 aa  334  3e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.89 
 
 		 677 aa  335  3e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.89 
 
 		 677 aa  335  3e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  43.88 
 
 		 694 aa  333  7.000000000000001e-90  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.06 
 
 		 677 aa  328  2.0000000000000001e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  38.51 
 
 		 674 aa  325  3e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.34 
 
 		 635 aa  324  4e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  38.09 
 
 		 674 aa  323  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.25 
 
 		 677 aa  320  5e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.25 
 
 		 677 aa  320  5e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.41 
 
 		 677 aa  320  7e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.09 
 
 		 683 aa  319  1e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  39.83 
 
 		 675 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.86 
 
 		 647 aa  315  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.11 
 
 		 700 aa  311  2.9999999999999997e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  35.46 
 
 		 677 aa  307  5.0000000000000004e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.97 
 
 		 702 aa  304  4.0000000000000003e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.04 
 
 		 677 aa  302  1e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.38 
 
 		 737 aa  302  2e-80  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.14 
 
 		 706 aa  300  8e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  37.08 
 
 		 705 aa  300  9e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.4 
 
 		 708 aa  299  2e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.25 
 
 		 683 aa  296  1e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.78 
 
 		 632 aa  295  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.28 
 
 		 641 aa  293  1e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  38.24 
 
 		 682 aa  290  5.0000000000000004e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.27 
 
 		 586 aa  288  2e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.2 
 
 		 692 aa  287  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.25 
 
 		 688 aa  286  1.0000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.23 
 
 		 691 aa  286  1.0000000000000001e-75  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.86 
 
 		 634 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.89 
 
 		 705 aa  284  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.84 
 
 		 706 aa  283  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.08 
 
 		 649 aa  283  1e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.14 
 
 		 634 aa  280  5e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.03 
 
 		 701 aa  280  6e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.29 
 
 		 703 aa  280  7e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  36.52 
 
 		 689 aa  279  1e-73  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.84 
 
 		 706 aa  279  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  35.9 
 
 		 689 aa  278  3e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.63 
 
 		 706 aa  277  4e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  36.54 
 
 		 688 aa  277  5e-73  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.63 
 
 		 639 aa  277  5e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.23 
 
 		 641 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.1 
 
 		 670 aa  275  3e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.81 
 
 		 688 aa  273  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.16 
 
 		 717 aa  266  8.999999999999999e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.73 
 
 		 739 aa  265  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.78 
 
 		 689 aa  263  8e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.53 
 
 		 671 aa  262  2e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  34 
 
 		 681 aa  259  2e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0646  TRAP-type uncharacterized transport system, fused permease components  41.73 
 
 		 700 aa  251  3e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1088  TRAP transporter  35.77 
 
 		 595 aa  243  7e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.149938  normal  0.307021 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2287  putative TRAP transporter  36.24 
 
 		 639 aa  243  7e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  36.96 
 
 		 707 aa  243  1e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  37.5 
 
 		 707 aa  243  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1131  hypothetical protein  38.62 
 
 		 577 aa  228  3e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.03 
 
 		 726 aa  224  6e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.05 
 
 		 748 aa  219  1e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3526  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.12 
 
 		 674 aa  218  2.9999999999999998e-55  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  47.43 
 
 		 697 aa  218  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.43 
 
 		 724 aa  217  5e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.33 
 
 		 789 aa  215  1.9999999999999998e-54  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.24 
 
 		 663 aa  214  4.9999999999999996e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  42.22 
 
 		 859 aa  213  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  41.36 
 
 		 432 aa  213  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.34 
 
 		 707 aa  211  6e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  44.54 
 
 		 927 aa  209  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  34.38 
 
 		 639 aa  208  2e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.83 
 
 		 891 aa  209  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  42.8 
 
 		 927 aa  207  5e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2903  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.1 
 
 		 798 aa  207  6e-52  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  41.85 
 
 		 859 aa  207  7e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  42.38 
 
 		 854 aa  206  9e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.45 
 
 		 930 aa  205  2e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1934  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.37 
 
 		 677 aa  203  9.999999999999999e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4420  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.9 
 
 		 666 aa  203  9.999999999999999e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0112  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.43 
 
 		 901 aa  202  1.9999999999999998e-50  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.1 
 
 		 866 aa  201  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.91 
 
 		 865 aa  201  5e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>