More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Meso_4068 on replicon NC_008254
Organism: Chelativorans sp. BNC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.57 
 
 
677 aa  766    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  60.27 
 
 
675 aa  750    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  59.04 
 
 
677 aa  738    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  56.64 
 
 
697 aa  679    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  60.88 
 
 
705 aa  733    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  60.52 
 
 
675 aa  764    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  57.81 
 
 
677 aa  660    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  61.14 
 
 
674 aa  764    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.57 
 
 
677 aa  766    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  56.49 
 
 
706 aa  717    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.57 
 
 
677 aa  766    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  56.26 
 
 
700 aa  698    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  59.42 
 
 
705 aa  720    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.57 
 
 
677 aa  767    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  61.03 
 
 
701 aa  729    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  57.1 
 
 
677 aa  741    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.42 
 
 
677 aa  764    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  56.06 
 
 
706 aa  707    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  61.05 
 
 
674 aa  728    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  56.06 
 
 
706 aa  687    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  61.03 
 
 
702 aa  768    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 
708 aa  1379    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  57.25 
 
 
677 aa  743    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  57.25 
 
 
677 aa  743    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  57.14 
 
 
683 aa  755    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.74 
 
 
656 aa  432  1e-119  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.81 
 
 
628 aa  426  1e-118  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.28 
 
 
656 aa  419  1e-116  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.58 
 
 
657 aa  406  1.0000000000000001e-112  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  40.28 
 
 
658 aa  402  9.999999999999999e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.12 
 
 
724 aa  382  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  38.23 
 
 
694 aa  368  1e-100  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.7 
 
 
687 aa  364  3e-99  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0268  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  60.12 
 
 
364 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403367  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.93 
 
 
636 aa  355  1e-96  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.03 
 
 
662 aa  353  5.9999999999999994e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  35.67 
 
 
859 aa  349  1e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  34.96 
 
 
927 aa  344  2.9999999999999997e-93  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.56 
 
 
737 aa  344  4e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  35.47 
 
 
854 aa  340  5e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0269  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  61.41 
 
 
316 aa  336  7.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.47 
 
 
649 aa  335  1e-90  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.51 
 
 
662 aa  335  1e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.38 
 
 
703 aa  329  1.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  37.15 
 
 
682 aa  328  2.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.41 
 
 
683 aa  327  5e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.6 
 
 
688 aa  326  1e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.5 
 
 
621 aa  324  3e-87  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.24 
 
 
691 aa  324  4e-87  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.01 
 
 
706 aa  322  9.999999999999999e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  37.02 
 
 
715 aa  313  5.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.01 
 
 
866 aa  310  5e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.38 
 
 
865 aa  310  8e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.14 
 
 
723 aa  306  6e-82  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.28 
 
 
635 aa  303  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.71 
 
 
717 aa  300  6e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  33.53 
 
 
688 aa  296  7e-79  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.39 
 
 
634 aa  295  3e-78  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.26 
 
 
789 aa  292  1e-77  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.93 
 
 
634 aa  291  3e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  32.43 
 
 
689 aa  288  2e-76  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.94 
 
 
671 aa  286  7e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.42 
 
 
739 aa  286  1.0000000000000001e-75  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.98 
 
 
855 aa  280  9e-74  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  37.74 
 
 
743 aa  276  7e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.78 
 
 
647 aa  274  5.000000000000001e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.5 
 
 
726 aa  270  5e-71  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.97 
 
 
649 aa  270  8e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.38 
 
 
757 aa  270  8e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.94 
 
 
731 aa  266  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  39.11 
 
 
859 aa  266  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.73 
 
 
670 aa  265  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  43.94 
 
 
689 aa  256  1.0000000000000001e-66  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.19 
 
 
725 aa  254  3e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.05 
 
 
641 aa  254  5.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.87 
 
 
632 aa  245  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.54 
 
 
641 aa  240  8e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.32 
 
 
862 aa  238  4e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.27 
 
 
692 aa  236  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.63 
 
 
688 aa  235  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  47.27 
 
 
930 aa  234  5e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.31 
 
 
586 aa  234  6e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  32.36 
 
 
639 aa  231  4e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.05 
 
 
865 aa  231  5e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  41.51 
 
 
884 aa  228  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.5 
 
 
870 aa  229  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  42.19 
 
 
877 aa  228  4e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.14 
 
 
837 aa  228  4e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  37.8 
 
 
681 aa  227  5.0000000000000005e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  43.23 
 
 
927 aa  227  6e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.25 
 
 
882 aa  224  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0740159  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34 
 
 
707 aa  222  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2005  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.36 
 
 
884 aa  221  3.9999999999999997e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.8 
 
 
748 aa  220  8.999999999999998e-56  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  32.54 
 
 
707 aa  218  2.9999999999999998e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.5 
 
 
852 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  36.29 
 
 
432 aa  218  2.9999999999999998e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.13 
 
 
761 aa  217  5e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38 
 
 
882 aa  217  5.9999999999999996e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.43 
 
 
762 aa  217  5.9999999999999996e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.13375 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>