More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0646 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  54.72 
 
 
707 aa  682    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.95 
 
 
707 aa  664    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0646  TRAP-type uncharacterized transport system, fused permease components  100 
 
 
700 aa  1348    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  54.48 
 
 
707 aa  687    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1131  hypothetical protein  54.94 
 
 
577 aa  567  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.65 
 
 
635 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.24 
 
 
636 aa  284  4.0000000000000003e-75  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.09 
 
 
656 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.32 
 
 
628 aa  260  6e-68  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.6 
 
 
717 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.11 
 
 
662 aa  254  3e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  39.1 
 
 
694 aa  254  4.0000000000000004e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.53 
 
 
656 aa  254  4.0000000000000004e-66  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.96 
 
 
649 aa  253  9.000000000000001e-66  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.68 
 
 
687 aa  253  1e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.48 
 
 
724 aa  251  4e-65  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  38.43 
 
 
658 aa  244  3e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.01 
 
 
621 aa  241  2e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.54 
 
 
662 aa  240  6.999999999999999e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.95 
 
 
677 aa  239  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.95 
 
 
677 aa  238  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.95 
 
 
677 aa  239  2e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.95 
 
 
677 aa  238  3e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  40.64 
 
 
715 aa  238  4e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.33 
 
 
731 aa  236  9e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.07 
 
 
677 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.07 
 
 
677 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.07 
 
 
677 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.07 
 
 
677 aa  235  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.12 
 
 
634 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.27 
 
 
675 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.53 
 
 
657 aa  233  8.000000000000001e-60  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.56 
 
 
634 aa  232  1e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  32.13 
 
 
677 aa  231  3e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  41.73 
 
 
743 aa  229  1e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.82 
 
 
723 aa  229  1e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  32.31 
 
 
675 aa  226  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.3 
 
 
757 aa  225  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.62 
 
 
586 aa  223  6e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.84 
 
 
683 aa  222  1.9999999999999999e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.14 
 
 
691 aa  221  3e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  31.27 
 
 
674 aa  221  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.05 
 
 
706 aa  221  5e-56  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  32.14 
 
 
674 aa  220  7e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.75 
 
 
683 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.07 
 
 
737 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  32.09 
 
 
688 aa  218  4e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.65 
 
 
701 aa  215  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.59 
 
 
641 aa  214  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  31.87 
 
 
689 aa  213  1e-53  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  30.59 
 
 
682 aa  211  3e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.73 
 
 
739 aa  211  3e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.02 
 
 
649 aa  211  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.44 
 
 
725 aa  211  3e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.39 
 
 
647 aa  207  4e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.04 
 
 
677 aa  206  8e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  38.94 
 
 
432 aa  205  3e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  27.61 
 
 
689 aa  204  6e-51  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.63 
 
 
703 aa  204  6e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.19 
 
 
702 aa  200  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.83 
 
 
700 aa  200  7.999999999999999e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.22 
 
 
852 aa  191  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.46 
 
 
706 aa  190  9e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  31.33 
 
 
705 aa  189  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.4 
 
 
705 aa  190  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  35.9 
 
 
639 aa  188  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  32.53 
 
 
681 aa  188  2e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.47 
 
 
789 aa  187  7e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.75 
 
 
706 aa  187  8e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.37 
 
 
632 aa  186  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.25 
 
 
706 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  33.49 
 
 
697 aa  184  4.0000000000000006e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.76 
 
 
671 aa  183  8.000000000000001e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.62 
 
 
708 aa  182  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.02 
 
 
639 aa  182  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.5 
 
 
726 aa  181  5.999999999999999e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1088  TRAP transporter  39.62 
 
 
595 aa  176  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.149938  normal  0.307021 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1727  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.09 
 
 
848 aa  175  1.9999999999999998e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.404673 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.3 
 
 
895 aa  172  1e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.245031  normal  0.105643 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  39.14 
 
 
859 aa  172  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.33 
 
 
865 aa  173  1e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.78 
 
 
870 aa  172  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  35.85 
 
 
854 aa  172  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  34.58 
 
 
877 aa  171  4e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.43 
 
 
930 aa  171  5e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.13 
 
 
670 aa  169  1e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.18 
 
 
882 aa  168  4e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.44 
 
 
641 aa  167  6.9999999999999995e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  36.77 
 
 
859 aa  166  1.0000000000000001e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  38.16 
 
 
927 aa  165  2.0000000000000002e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.4 
 
 
891 aa  164  7e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.7 
 
 
866 aa  162  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  34.81 
 
 
883 aa  161  3e-38  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2287  putative TRAP transporter  35.16 
 
 
639 aa  161  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2327  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.31 
 
 
952 aa  161  4e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.648289 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.59 
 
 
748 aa  160  6e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.54 
 
 
865 aa  158  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0268  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.76 
 
 
364 aa  158  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403367  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2587  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.6 
 
 
663 aa  157  5.0000000000000005e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.58 
 
 
692 aa  157  7e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>