More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1230 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  85.25 
 
 
635 aa  644    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  100 
 
 
432 aa  880    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  66.57 
 
 
634 aa  451  1e-125  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  67.44 
 
 
634 aa  451  1e-125  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.03 
 
 
656 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.05 
 
 
636 aa  246  6e-64  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.66 
 
 
649 aa  239  6.999999999999999e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.64 
 
 
656 aa  238  2e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.45 
 
 
657 aa  236  8e-61  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.57 
 
 
662 aa  235  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.78 
 
 
865 aa  233  6e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  36.56 
 
 
689 aa  233  6e-60  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.56 
 
 
701 aa  228  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.55 
 
 
706 aa  228  2e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.44 
 
 
628 aa  227  3e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.84 
 
 
724 aa  226  8e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.68 
 
 
621 aa  225  1e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38 
 
 
677 aa  225  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.88 
 
 
852 aa  225  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  38.24 
 
 
682 aa  224  2e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40 
 
 
855 aa  223  4.9999999999999996e-57  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.02 
 
 
688 aa  223  7e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.15 
 
 
683 aa  222  9.999999999999999e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.27 
 
 
737 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.26 
 
 
675 aa  220  3e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.29 
 
 
691 aa  220  3.9999999999999997e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  36.62 
 
 
707 aa  219  7.999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  35.52 
 
 
688 aa  219  8.999999999999998e-56  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  35.94 
 
 
707 aa  218  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.14 
 
 
677 aa  219  1e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.29 
 
 
708 aa  219  1e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.83 
 
 
700 aa  218  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.61 
 
 
677 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.61 
 
 
677 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.04 
 
 
707 aa  217  2.9999999999999998e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.61 
 
 
677 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.57 
 
 
677 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.57 
 
 
677 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  38.65 
 
 
859 aa  217  4e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.61 
 
 
677 aa  216  5e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  37.7 
 
 
681 aa  216  5e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  38.86 
 
 
677 aa  216  9e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.92 
 
 
882 aa  215  9.999999999999999e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0740159  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  38.23 
 
 
927 aa  215  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.27 
 
 
662 aa  214  1.9999999999999998e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  38.23 
 
 
859 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.68 
 
 
870 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  37.43 
 
 
674 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  36.41 
 
 
877 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.75 
 
 
930 aa  213  5.999999999999999e-54  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.39 
 
 
891 aa  212  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  37.05 
 
 
675 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.92 
 
 
683 aa  210  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  37.62 
 
 
689 aa  210  5e-53  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.48 
 
 
882 aa  209  7e-53  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  39.87 
 
 
854 aa  209  7e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.94 
 
 
739 aa  209  9e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.29 
 
 
706 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0112  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.48 
 
 
901 aa  207  2e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.42 
 
 
717 aa  208  2e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.53 
 
 
641 aa  207  3e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  40.68 
 
 
715 aa  207  4e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.51 
 
 
705 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.67 
 
 
641 aa  206  5e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.27 
 
 
702 aa  206  9e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0646  TRAP-type uncharacterized transport system, fused permease components  40.41 
 
 
700 aa  204  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  37.99 
 
 
674 aa  204  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.23 
 
 
687 aa  204  3e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  45.95 
 
 
883 aa  203  4e-51  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.16 
 
 
865 aa  203  4e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  38.27 
 
 
884 aa  203  6e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.86 
 
 
677 aa  202  9e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  37.07 
 
 
705 aa  202  9e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.24 
 
 
862 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.51 
 
 
866 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2327  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.87 
 
 
952 aa  200  3e-50  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.648289 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.24 
 
 
706 aa  201  3e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1251  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.8 
 
 
865 aa  201  3e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.249814  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  40.25 
 
 
658 aa  201  3e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.75 
 
 
726 aa  200  5e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  36.07 
 
 
697 aa  199  6e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.77 
 
 
706 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  36.26 
 
 
694 aa  199  7e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.92 
 
 
703 aa  197  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.15 
 
 
895 aa  197  4.0000000000000005e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.245031  normal  0.105643 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  41.36 
 
 
743 aa  196  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  43.67 
 
 
927 aa  196  8.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0268  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.24 
 
 
364 aa  195  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403367  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.78 
 
 
671 aa  195  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.67 
 
 
789 aa  192  9e-48  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.86 
 
 
731 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.08 
 
 
723 aa  191  2e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.87 
 
 
632 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0724  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.68 
 
 
868 aa  189  8e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.43 
 
 
586 aa  189  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.85 
 
 
757 aa  185  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.18 
 
 
761 aa  184  3e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40 
 
 
647 aa  184  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1131  hypothetical protein  47.64 
 
 
577 aa  184  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.66 
 
 
762 aa  183  5.0000000000000004e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.13375 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>