More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1634 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  58.7 
 
 		 675 aa  769    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  61.69 
 
 		 677 aa  794    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  62.48 
 
 		 677 aa  816    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  55.01 
 
 		 706 aa  652    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  57.21 
 
 		 705 aa  651    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  62.48 
 
 		 677 aa  816    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.17 
 
 		 706 aa  665    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  62.48 
 
 		 677 aa  816    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  62.48 
 
 		 677 aa  816    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  60.65 
 
 		 677 aa  788    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  54.35 
 
 		 697 aa  649    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 		 700 aa  1384    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.41 
 
 		 705 aa  669    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  59.56 
 
 		 674 aa  775    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.03 
 
 		 706 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  61.18 
 
 		 675 aa  785    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  59.2 
 
 		 674 aa  743    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  64.17 
 
 		 677 aa  770    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  57.47 
 
 		 702 aa  674    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  60.98 
 
 		 677 aa  799    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  56.26 
 
 		 708 aa  695    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  60.65 
 
 		 677 aa  790    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  60.8 
 
 		 677 aa  790    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  61.17 
 
 		 683 aa  806    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  55.8 
 
 		 701 aa  674    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.04 
 
 		 628 aa  446  1.0000000000000001e-124  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.46 
 
 		 656 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.58 
 
 		 656 aa  431  1e-119  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.39 
 
 		 724 aa  424  1e-117  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  41.29 
 
 		 658 aa  419  9.999999999999999e-116  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.56 
 
 		 657 aa  415  1e-114  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  39.74 
 
 		 694 aa  401  9.999999999999999e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.88 
 
 		 687 aa  402  9.999999999999999e-111  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.28 
 
 		 662 aa  386  1e-106  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.62 
 
 		 703 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.24 
 
 		 662 aa  370  1e-101  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.06 
 
 		 649 aa  372  1e-101  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.34 
 
 		 691 aa  366  1e-100  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.75 
 
 		 737 aa  365  1e-99  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.26 
 
 		 621 aa  365  1e-99  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  34.83 
 
 		 859 aa  365  2e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  38.19 
 
 		 682 aa  362  1e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  34.97 
 
 		 859 aa  361  2e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.47 
 
 		 683 aa  359  9.999999999999999e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  35.14 
 
 		 927 aa  358  1.9999999999999998e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.87 
 
 		 636 aa  357  3.9999999999999996e-97  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.82 
 
 		 706 aa  353  8e-96  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  34.75 
 
 		 854 aa  346  7e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.06 
 
 		 688 aa  343  4e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  35.75 
 
 		 688 aa  340  7e-92  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.13 
 
 		 723 aa  335  2e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  35.77 
 
 		 689 aa  332  2e-89  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  33.66 
 
 		 681 aa  331  3e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.2 
 
 		 789 aa  329  1.0000000000000001e-88  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.64 
 
 		 739 aa  323  9.999999999999999e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  36.14 
 
 		 715 aa  318  2e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.32 
 
 		 717 aa  314  2.9999999999999996e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0268  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  56.71 
 
 		 364 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403367  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.01 
 
 		 671 aa  311  2e-83  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.54 
 
 		 726 aa  311  2.9999999999999997e-83  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.35 
 
 		 855 aa  310  6.999999999999999e-83  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0269  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  56.03 
 
 		 316 aa  309  9e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.206578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.76 
 
 		 635 aa  306  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2673  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.72 
 
 		 647 aa  303  5.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.488379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.47 
 
 		 670 aa  301  2e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  37.11 
 
 		 743 aa  302  2e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.49 
 
 		 632 aa  300  7e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.29 
 
 		 757 aa  300  9e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.82 
 
 		 731 aa  297  4e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.79 
 
 		 649 aa  295  2e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  45.48 
 
 		 689 aa  285  2.0000000000000002e-75  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.09 
 
 		 634 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.4 
 
 		 634 aa  284  5.000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.58 
 
 		 725 aa  282  1e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.22 
 
 		 641 aa  273  9e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.71 
 
 		 761 aa  267  5e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.39 
 
 		 692 aa  267  5.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.25 
 
 		 641 aa  264  3e-69  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.54 
 
 		 865 aa  263  8e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3949  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.18 
 
 		 688 aa  263  1e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.772343  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.48 
 
 		 837 aa  260  6e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.67 
 
 		 762 aa  259  8e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  44.54 
 
 		 877 aa  259  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.25 
 
 		 870 aa  259  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.41 
 
 		 586 aa  258  4e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.781253  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2109  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.49 
 
 		 689 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.527307  normal  0.040839 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.79 
 
 		 852 aa  252  2e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  41.57 
 
 		 927 aa  251  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.46 
 
 		 862 aa  251  4e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.59 
 
 		 865 aa  250  5e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0724  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.58 
 
 		 868 aa  248  3e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  43.52 
 
 		 884 aa  248  3e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.37 
 
 		 882 aa  247  4.9999999999999997e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0740159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2005  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.05 
 
 		 884 aa  246  9e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3010  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.64 
 
 		 707 aa  244  3e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.783716  normal  0.957451 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.06 
 
 		 866 aa  242  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.33 
 
 		 930 aa  238  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0994  TRAP transporter  31.34 
 
 		 639 aa  235  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.166639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.62 
 
 		 891 aa  234  5e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3791  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.29 
 
 		 748 aa  230  7e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>