More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1039 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  49.26 
 
 		 870 aa  736    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  53.47 
 
 		 927 aa  912    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  51.7 
 
 		 837 aa  788    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  48.21 
 
 		 884 aa  752    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  48.56 
 
 		 877 aa  746    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  51.58 
 
 		 862 aa  845    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  47.86 
 
 		 882 aa  733    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0740159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  100 
 
 		 865 aa  1717    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.31 
 
 		 852 aa  843    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2005  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  50.23 
 
 		 884 aa  800    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  54.05 
 
 		 854 aa  898    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.85 
 
 		 865 aa  857    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  48.97 
 
 		 930 aa  772    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1251  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  49.14 
 
 		 865 aa  782    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.249814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  50.46 
 
 		 891 aa  774    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0724  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  58.84 
 
 		 868 aa  948    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  53.71 
 
 		 859 aa  914    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.37 
 
 		 866 aa  842    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  52.2 
 
 		 927 aa  802    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  53.06 
 
 		 859 aa  902    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.23 
 
 		 855 aa  595  1e-168  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.05 
 
 		 882 aa  587  1e-166  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  42.24 
 
 		 883 aa  572  1e-161  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.44 
 
 		 677 aa  351  3e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.9 
 
 		 677 aa  349  1e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.75 
 
 		 677 aa  348  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.75 
 
 		 677 aa  348  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.9 
 
 		 677 aa  348  3e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  36.34 
 
 		 674 aa  344  4e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.32 
 
 		 683 aa  341  2.9999999999999998e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.7 
 
 		 677 aa  341  4e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.7 
 
 		 677 aa  340  5e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.7 
 
 		 677 aa  339  9.999999999999999e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  49.84 
 
 		 689 aa  332  2e-89  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  34.7 
 
 		 677 aa  330  8e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  36.2 
 
 		 674 aa  328  3e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.93 
 
 		 724 aa  326  1e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  49.69 
 
 		 689 aa  321  3.9999999999999996e-86  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.98 
 
 		 737 aa  320  9e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  49.84 
 
 		 688 aa  315  2.9999999999999996e-84  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  48.31 
 
 		 691 aa  310  5e-83  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  51.86 
 
 		 671 aa  303  6.000000000000001e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.17 
 
 		 656 aa  295  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  44.44 
 
 		 681 aa  295  3e-78  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.36 
 
 		 706 aa  295  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  47.35 
 
 		 706 aa  294  5e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.24 
 
 		 656 aa  291  4e-77  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.38 
 
 		 705 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.93 
 
 		 789 aa  287  5.999999999999999e-76  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.3 
 
 		 761 aa  273  1e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.59 
 
 		 700 aa  270  8.999999999999999e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.43 
 
 		 726 aa  257  6e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  29.21 
 
 		 762 aa  256  9e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  48.45 
 
 		 621 aa  256  1.0000000000000001e-66  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.74 
 
 		 657 aa  252  2e-65  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.85 
 
 		 708 aa  252  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.66 
 
 		 649 aa  246  1.9999999999999999e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.17 
 
 		 706 aa  243  7.999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.07 
 
 		 688 aa  242  2e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.74 
 
 		 628 aa  242  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.98 
 
 		 701 aa  238  3e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.8 
 
 		 675 aa  238  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.14 
 
 		 662 aa  237  8e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.09 
 
 		 703 aa  236  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  44.62 
 
 		 706 aa  236  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.43 
 
 		 677 aa  235  3e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  38.38 
 
 		 675 aa  234  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.36 
 
 		 662 aa  233  2e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  43.8 
 
 		 715 aa  232  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.56 
 
 		 683 aa  231  4e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  45.53 
 
 		 697 aa  229  2e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  41.23 
 
 		 682 aa  229  2e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  38.16 
 
 		 432 aa  228  3e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.7 
 
 		 723 aa  228  5.0000000000000005e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.89 
 
 		 687 aa  225  3e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  38.67 
 
 		 694 aa  224  7e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.55 
 
 		 635 aa  220  8.999999999999998e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.21 
 
 		 634 aa  220  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.31 
 
 		 636 aa  219  2e-55  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.76 
 
 		 634 aa  218  4e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  40.79 
 
 		 705 aa  218  5e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0268  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.79 
 
 		 364 aa  216  1.9999999999999998e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.56 
 
 		 702 aa  214  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  40.67 
 
 		 658 aa  213  2e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.49 
 
 		 739 aa  211  5e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0112  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.26 
 
 		 901 aa  207  6e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.91 
 
 		 731 aa  206  2e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  41.28 
 
 		 743 aa  205  3e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.49 
 
 		 757 aa  205  4e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.2 
 
 		 717 aa  201  7e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.73 
 
 		 895 aa  197  8.000000000000001e-49  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.245031  normal  0.105643 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2327  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.93 
 
 		 952 aa  195  3e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.648289 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.75 
 
 		 641 aa  188  3e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.8 
 
 		 649 aa  186  1.0000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  47.42 
 
 		 725 aa  182  2e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.58 
 
 		 632 aa  180  8e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0341  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.88 
 
 		 639 aa  177  8e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20739  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06716  hypothetical protein  33.33 
 
 		 707 aa  176  1.9999999999999998e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.91 
 
 		 641 aa  173  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000811  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  32.1 
 
 		 707 aa  173  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>