More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I0355 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011662  Tmz1t_0724  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  59.34 
 
 
868 aa  963    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1444  TRAP transporter  49.48 
 
 
884 aa  751    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.636964 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3840  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  54.34 
 
 
837 aa  823    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0404123  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001680  TRAP-type uncharacterized transport system fused permease component  85.1 
 
 
859 aa  1484    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1891  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  52.15 
 
 
930 aa  843    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1412  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  50.17 
 
 
877 aa  763    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.358678  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1555  transporter  55.29 
 
 
927 aa  855    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  48.39 
 
 
882 aa  739    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0740159  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1039  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.06 
 
 
865 aa  845    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2847  hypothetical protein  81.5 
 
 
854 aa  1405    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3482  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  51.87 
 
 
870 aa  742    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1765  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  55.36 
 
 
862 aa  921    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.219466  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2005  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  50.75 
 
 
884 aa  792    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2670  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  59.68 
 
 
865 aa  954    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00792  hypothetical protein  85.56 
 
 
927 aa  1481    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  65.05 
 
 
866 aa  1061    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.977688  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1251  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  53.51 
 
 
865 aa  879    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.249814  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0178  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  51.44 
 
 
891 aa  798    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0415874  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0355  integral membrane transport protein  100 
 
 
859 aa  1721    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.15446  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4445  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  57.26 
 
 
852 aa  913    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0306  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.13 
 
 
882 aa  602  1e-170  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0842  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.62 
 
 
855 aa  593  1e-168  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00254207  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0697  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  40.09 
 
 
883 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.740893  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0032  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.21 
 
 
737 aa  477  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.764201  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0315  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.54 
 
 
691 aa  433  1e-120  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.171628  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0081  transporter  40.06 
 
 
689 aa  409  1e-113  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.1356  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0648  N-carbamoyl-L-amino acid hydrolase (L-carbamoylase)  37.55 
 
 
688 aa  397  1e-109  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0538  transporter  38.98 
 
 
689 aa  398  1e-109  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2073  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.88 
 
 
706 aa  380  1e-104  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.748226  normal  0.29835 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1634  TRAP transporter transmembrane protein  34.77 
 
 
681 aa  372  1e-101  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0894778  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1062  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.92 
 
 
726 aa  357  6.999999999999999e-97  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.8788 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1634  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.09 
 
 
700 aa  355  2.9999999999999997e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73110  hypothetical protein  34.12 
 
 
674 aa  344  4e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6346  hypothetical protein  34.27 
 
 
674 aa  331  4e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0388  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  33.48 
 
 
724 aa  326  1e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.648814  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3624  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.42 
 
 
703 aa  325  3e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4100  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.96 
 
 
701 aa  317  4e-85  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.102466  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0291  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.41 
 
 
702 aa  310  5e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.658932  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3211  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.83 
 
 
656 aa  309  1.0000000000000001e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0986  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.26 
 
 
656 aa  305  3.0000000000000004e-81  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0127241  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1470  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  32.55 
 
 
789 aa  298  4e-79  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0938  C4-dicarboxylate transporter  33.33 
 
 
697 aa  290  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.944103  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2158  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  49.57 
 
 
671 aa  290  8e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362569  normal  0.151437 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0799  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.93 
 
 
657 aa  270  1e-70  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.897954  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4068  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.11 
 
 
708 aa  267  5.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.173161  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0663  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.36 
 
 
688 aa  262  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1466  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.15 
 
 
621 aa  260  9e-68  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0618  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.14 
 
 
649 aa  248  3e-64  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3382  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.31 
 
 
677 aa  248  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.672695  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2428  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.83 
 
 
683 aa  248  4.9999999999999997e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.865765  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1192  hypothetical protein  37.31 
 
 
682 aa  247  6.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4418  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  27.46 
 
 
761 aa  247  8e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.868477  normal  0.0895088 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3565  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.18 
 
 
683 aa  246  1.9999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.274322  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3902  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.88 
 
 
677 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4559  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.02 
 
 
675 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4025  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.88 
 
 
677 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3829  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.88 
 
 
677 aa  244  3.9999999999999997e-63  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.57 
 
 
677 aa  243  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0372  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.18 
 
 
636 aa  242  2.9999999999999997e-62  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3721  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  48.18 
 
 
628 aa  241  2.9999999999999997e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.457399  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0456  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.92 
 
 
677 aa  240  8e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0460  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.92 
 
 
677 aa  239  1e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3569  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.92 
 
 
677 aa  239  1e-61  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3955  transporter, putative  39.54 
 
 
675 aa  238  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.300174 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0432  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.18 
 
 
677 aa  237  8e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4399  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.74 
 
 
705 aa  236  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.859318  normal  0.285387 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0455  transporter  40.83 
 
 
677 aa  234  7.000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0290  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.61 
 
 
662 aa  233  1e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.433897  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4330  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.13 
 
 
706 aa  231  5e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.200779 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0359  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.7 
 
 
723 aa  231  5e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0524012  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4225  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.51 
 
 
706 aa  229  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.450059 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5001  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  43.51 
 
 
706 aa  228  3e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.140245  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1255  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  36.1 
 
 
662 aa  226  2e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3266  hypothetical protein  40.52 
 
 
715 aa  221  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.491727 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2595  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.01 
 
 
634 aa  221  5e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.379501 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0382  integral membrane protein  37.32 
 
 
658 aa  221  5e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0933  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.37 
 
 
634 aa  220  7.999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0743  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.23 
 
 
687 aa  219  2e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0748  TRAP-T family transporter fused inner membrane subunits  37.03 
 
 
694 aa  218  4e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.546913  normal  0.914898 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0847  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.33 
 
 
635 aa  217  9e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1230  DctM-like transport protein  38.65 
 
 
432 aa  217  9e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.44914  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1614  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  37.5 
 
 
705 aa  213  9e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0268  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  37.5 
 
 
364 aa  213  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.403367  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2349  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  42.96 
 
 
731 aa  209  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.179181  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0112  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  49.34 
 
 
901 aa  209  2e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0873  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.97 
 
 
757 aa  206  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.575747  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.77 
 
 
739 aa  206  2e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.512732  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2521  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  28.04 
 
 
790 aa  202  3e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2837  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  34.12 
 
 
717 aa  201  3.9999999999999996e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1194  TRAP transporter  42.22 
 
 
743 aa  200  9e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2327  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  41.42 
 
 
952 aa  194  4e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.648289 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0879  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  46.7 
 
 
895 aa  193  1e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.245031  normal  0.105643 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3796  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  38.1 
 
 
641 aa  188  4e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000778061 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4159  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  45.53 
 
 
649 aa  185  4.0000000000000006e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.876202  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2685  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.72 
 
 
632 aa  183  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.486304  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1091  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  40.91 
 
 
641 aa  182  2.9999999999999997e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.768429  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0467  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  30.59 
 
 
670 aa  181  4e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3439  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  31.92 
 
 
762 aa  179  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.13375 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3311  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  35.65 
 
 
692 aa  175  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.968927  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2409  TRAP transporter, 4TM/12TM fusion protein  39.33 
 
 
725 aa  175  3.9999999999999995e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.275658  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>